Trotz all der kürzlichen Rückschläge beschließt Shirou den Kampf um den Heiligen Gral fortzusetzen. Rin schlägt eine außergewöhnliche Allianz mit Illyasviel vor.

Illyasviel hat eine sonderbare Begegnung mit ihrer Mutter. Im Gespräch mit ihr erfährt sie die Geheimnisse ihrer Familie und deren Rolle im Kampf um den Heiligen Gral.

Die Gruppe um Shirou zieht in den Kampf gegen Shinji. Eine Schlacht auf Leben und Tod entbrennt an deren Ende sogar die Identität von Shinjis Servant enthüllt wird.

Rin und Shirou stellen sich erneut Caster und seinem Master. In der Zwischenzeit gibt Archer gegenüber Lancer seinen Plan preis, woraufhin dieser sich in seinem Kampf gegen Archer bestärkt sieht.

Shirou und Saber versuchen die entführte Rin aus Illyasviels Anwesen zu retten. Dabei bekommen sie Unterstützung von unerwarteter Seite.

Archer und Saber enthüllen ihre Vergangenheit und versuchen zu bestimmen, wer seine Ideale erfolgreicher erreicht hat. Ebenso zeigt Archer die Parallelen zwischen Shirous und seiner eigenen Motivation auf.

Nachdem Archer seine wahre Identität preisgegeben hat liefert er sich eine blutige Schlacht mit Shirou. Gleichzeitig haben Rin und Lancer weiterhin große Probleme mit Shinji.

Shirou droht den Kampf gegen Archer zu verlieren. Beide werden jedoch immer wieder von Fragmenten ihrer Erinnerung heimgesucht. Shirou versucht sich dies zu Nutzen zu machen.

Es scheint als ob der Heilige Gral im Ryudou Tempel beschworen werden soll. Rin vermutet, dass Shirou nur mit Hilfe von Unlimited Blade Works im finalen Kampf bestehen kann.

Rin und Shirou versuchen den Heiligen Gral im Ryudou Tempel zu zerstören, während Saber sich ein heftiges Duell mit dem Tempelwächter liefert.

Alle verbliebenen Teilnehmer am Krieg um den Heiligen Gral stehen sich in einem Kampf auf Leben und Tod gegenüber. Wer wird als Sieger aus dem finalen Kampf hervorgehen?

Einige Monate nach den Ereignissen in Japan sind die Überlebenden des Krieges mittlerweile Mitglieder der Magierschule in London. Hier kreuzen sich die Wege alter Bekannter und neue Protagonisten betreten das Spielfeld.