Lisa Mishima està tenint problemes a l'institut i a casa quan dos nois misteriosos ingressen al seu institut i es veu embolicada en un atac terrorista.

While the police work hard to analyze Sphinx's first attack, Sphinx uploads a new video. Will they solve the new riddle in time?

Shibazaki joins the team working on the Sphinx Case while Sphinx tries to confirm suspicions of their own with their next riddle.

As Lisa recuperates at Nine and Twelve's place, Sphinx sets another bomb and posts another riddle, but things don't go as planned this time.

Five es fa càrrec de la batalla d'enginy contra Ninei Twelve mentre Lisa intenta trobar el seu lloc en el seu grup, però Shibazaki no està feliç de quedar-se sense fer res.

El joc comença en l'aeroport i hi ha vides en joc quan Shibazaki i el seu equip ensopeguen enmig del perillós joc d'escacs de Nine i Five.

After the incident at the airport, Nine and Twelve are forced to abandon their hideout, and Shibazaki is suspended but keeps searching for the truth.

Twelve se'n va a salvar la Lisa mentre el Shibazaki i Hamura aprenen més sobre el Pla Athena i l'Acadèmia Rising Peace.

Les coses arriben a un punt crític quan Nou i Dotze prenen camins separats i Shibazaki parla amb Mamiya, l'home darrere del Pla Athena.

Tòquio està en estat d'emergència mentre el país es prepara per a l'explosió de la bomba atòmica. Es resoldrà finalment el misteri de Sphinx?