Haruka, Makoto et Nagisa, anciens camarades de club de natation pendant leur primaire, se retrouvent au lycée. Ils ont deux points communs : leur passion pour la natation et leurs prénoms féminins. Leur ancien club de natation devant être détruit, ils décident d'y retourner et y retrouvent leur ancien camarade Rin qui était parti en Australie pour devenir un véritable compétiteur.

Suite à leurs retrouvailles avec Rin, Nagisa persuade Makoto et Haruka de former un club de natation dans leur lycée pour l'affronter à nouveau lors de compétitions. Mais il leur faut un quatrième membre pour leur club. Ils lancent une vague de recrutement dans le lycée.

Gou, la petite sœur de Rin, est devenue manager du club de natation d'Iwatobi. Elle parvient à arranger un entraînement avec le lycée de son frère. Mais pour cet entraînement, ils doivent impérativement constituer une équipe de quatre nageurs. Nagisa retourne demander à Rei de rejoindre le club.

Rei a rejoint le club de natation mais il va falloir lui apprendre à nager.

Le tournois préfectoral approche et le club de natation décide d'organiser un camp d'entraînement sur une plage afin d'améliorer son endurance.

Durant le camp d'entraînement, Rei décide de s'entraîner plus que les autres et part en mer de nuit. Il est soudain pris dans la tempête. Makoto part à son secours mais il est paralysé en voyant Rei sur le point de se noyer. Nagisa et Haruka vont à leur tour les secourir.

Le tournoi préfectoral commence. Haruka parviendra-t-il à battre Rin au 100 m nage libre ?

Après la défaite amère de Haruka, Makoto, Rei et Nagisa ont bien du mal à se concentrer sur leurs épreuves. Aucun membre du club ne se qualifie pour les finales. Mais Gou leur apprend qu'elle les a inscrits en secret au relais quatre nages du lendemain. Persuaderont-ils Haruka de nager avec eux et gagneront-ils leur course de relais ?

Le club de natation a remporté sa course de relais et participera au tournoi régional. Ils profitent du jour de la fête du calmar pour fêter leur victoire et se détendre avant d'affronter de nouvelles épreuves.

Nous en apprenons davantage sur le passé qui lie Rin à Haruka, Makoto et Nagisa.

Après avoir appris ce qui liait Rin aux autres membres du club, Rei décide d'aller s'expliquer avec lui pendant leur entraînement quotidien. Nagisa couvre son absence en prétextant une intoxication alimentaire. Du coup, Goro les envoie tous les trois prendre des nouvelles du malade.

Rin qui souhaitait affronter à nouveau Haruka lors du relais quatre nages s'est fait retirer de l'équipe. Il ne se remet pas de la décision de son capitaine et ne la comprend pas. C'est dans cet état qu'il se lance dans la finale du 100 m nage libre.

Une nouvelle année s'ouvre, les recrutements pour le club de natation d'Iwatobi vont reprendre et Kou a une idée géniale pour attirer les premières années. Du côté de Samezuka, le capitaine fait ses adieux à l'équipe et passe le relais à Rin qui devra endosser son rôle.

Rin retrouve un ancien camarade de primaire, Sousuke. Il a décidé de rejoindre son lycée pour sa dernière année. Du côté de Haruka, Sasabe va inaugurer sa piscine et demande leur participation. Les quatre amis décident de clore l'événement avec une course de relais à quatre nages et invitent l'équipe de Rin en tant qu'adversaire.

Iwatobi lance son festival et le club de natation participe à leur relais interclubs afin de se faire remarquer et de trouver de nouveaux membres. Mais il s'agit d'une course à pied. Comment vont s'en sortir nos quatre nageurs ?

Les préfectorales approchent. Rin va devoir sélectionner les nageurs pour le relais quatre nages et Gou prépare Haru et ses amis physiquement. Elle a décidé de tout surveiller jusqu'à leur alimentation.

Quelques jours avant les préfectorales, l'entraînement s'intensifie. Mais Nagisa commence à se comporter de manière étrange. Inquiets, Haruka, Mako et Rei essaient de lui tirer les vers du nez.

Les préfectorales commencent. Qui de Rin ou Haruka l'emportera en nage libre ? Makoto a décidé lui aussi de se mesurer à Haruka en libre. Saura-t-il rivaliser avec lui ?

C'est enfin le jour du relais quatre nages. L'équipe de Haru l'emportera-t-elle face à l'équipe de Rin et se qualifiera-t-elle pour les régionales ?

Haru et ses amis sont bien décidés à l'emporter face à Samezuka lors de leur prochaine rencontre. Haru leur a préparé un entraînement spécial. Mais Makoto doit aider M. Sasabe à sa piscine. Cela nuira-t-il à ses entraînements ?

Les régionales commencent. Haru et ses amis vont devoir se sélectionner pour les finales des individuelles. Beaucoup de recruteurs sont présents. Réussiront-ils à passer les éliminatoires et intéresseront-ils les recruteurs ?

C'est enfin le moment du relais quatre nages. Qui de Iwatobi ou Samezuka l'emportera et seront-ils sélectionnés pour les nationales ?

Les nationales approchent et les deux équipes de relais s'entraînent. Mais Haru semble perdu et malgré les progrès de Makoto, Rei et Nagissa, le chrono du relais d'Iwatobi stagne. Réussiront-ils à sortir de l'impasse ?

Rin qui ne supporte de voir Haru dans l'impasse décide de l'emmener avec lui en Australie pour lui faire découvrir la scène mondiale et ce qu'il y a vécu pendant son enfance.

Rin et Haru reviennent d'Australie pour participer aux nationales. Samezuka et Iwatobi parviendront-ils à se classer à ce niveau ? Quel projet Haru a-t-il trouvé pendant son voyage ?

Maintenant à l’université, Haruka retrouve Asahi, un ancien copain nageur du collège. Tous les deux devront déjà faire leurs preuves dans leur nouvelle équipe de natation. Pendant ce temps, au club du lycée d’Iwatobi, l’heure est au recrutement.

Haruka et Asahi croisent Ikuya pendant la course des nouveaux. Nombreux sont les souvenirs avec ce dernier, lorsqu’ils étaient ensemble en équipe de natation au collège. Malheureusement, les choses ont bien changé…

À Sydney, un drôle de nageur d’origine japonaise insiste pour que Mikhail, l’entraîneur de Rin, le supervise. Au Japon, Haruka et ses camarades tentent de trouver une solution pour reprendre contact avec Ikuya.

Haruka, Asahi et Makoto essaient encore et toujours de croiser Ikuya pour lui causer. Toutefois, Hiyori leur mettra à nouveau des bâtons dans les roues, en leur proposant même un duel.

Iwatobi part en stage d’entraînement de natation pour plusieurs jours avec les clubs de Samezuka et Sofukan. L’occasion pour nos lycéens de se perfectionner, et pour certains, comme Romio, de vaincre les démons de leur passé.

Ikuya n’est pas dans son assiette, et cela se ressent dans ces temps lorsqu’il nage. Hiyori, qui le connaît depuis tout petit, ne sait plus comment faire pour que son ami oublie Haruka une bonne fois pour toutes.

Les sélections au tournoi universitaire approchent, et seuls les temps de nos nageurs leur permettront de se qualifier pour la suite. De son côté, Haruka a choisi de se faire coacher par Ryuji, en plus de ses entraînements habituels.

C’est l’heure du 200 m 4 nages où vont s’affronter Haruka et Ikuya. Ce dernier, toujours en admiration devant Haruka, va enfin avoir une révélation qui le poussera à se métamorphoser.

Rin est de retour au Japon. Haruka fait la rencontre d’Albert, un nageur étranger à l’air mystérieux, ainsi que d’Isuzu, la petite sœur de son capitaine et aussi nageuse. Cette dernière n’a d’ailleurs qu’une envie : affronter Haruka un jour !

Makoto est arrivé trop tard pour voir Haruka nager. Il ne peut que constater que le jeune prodige a perdu face à Albert, un nageur suédois. Pendant ce temps, Rin retrouve Sosuke, qui vient de se faire opérer de l’épaule.

L’heure du National des lycées a sonné ! Le club d’Iwatobi se rend à Tokyo pour la compétition où Nagisa et Rei se sont qualifiés dans leur catégorie. Haruka et Rin, en période d’entraînement intensif, pourront-ils venir les encourager ?

Place aux qualifications des sélections nationales de natation ! Tous dans leur catégorie, ils devront arriver dans les deux premiers pour espérer viser ensuite les Mondiaux, chacun leur objectif et leur rêve en vue.