Une nouvelle année s'ouvre, les recrutements pour le club de natation d'Iwatobi vont reprendre et Kou a une idée géniale pour attirer les premières années. Du côté de Samezuka, le capitaine fait ses adieux à l'équipe et passe le relais à Rin qui devra endosser son rôle.

Rin retrouve un ancien camarade de primaire, Sousuke. Il a décidé de rejoindre son lycée pour sa dernière année. Du côté de Haruka, Sasabe va inaugurer sa piscine et demande leur participation. Les quatre amis décident de clore l'événement avec une course de relais à quatre nages et invitent l'équipe de Rin en tant qu'adversaire.

Iwatobi lance son festival et le club de natation participe à leur relais interclubs afin de se faire remarquer et de trouver de nouveaux membres. Mais il s'agit d'une course à pied. Comment vont s'en sortir nos quatre nageurs ?

Les préfectorales approchent. Rin va devoir sélectionner les nageurs pour le relais quatre nages et Gou prépare Haru et ses amis physiquement. Elle a décidé de tout surveiller jusqu'à leur alimentation.

Quelques jours avant les préfectorales, l'entraînement s'intensifie. Mais Nagisa commence à se comporter de manière étrange. Inquiets, Haruka, Mako et Rei essaient de lui tirer les vers du nez.

Les préfectorales commencent. Qui de Rin ou Haruka l'emportera en nage libre ? Makoto a décidé lui aussi de se mesurer à Haruka en libre. Saura-t-il rivaliser avec lui ?

C'est enfin le jour du relais quatre nages. L'équipe de Haru l'emportera-t-elle face à l'équipe de Rin et se qualifiera-t-elle pour les régionales ?

Haru et ses amis sont bien décidés à l'emporter face à Samezuka lors de leur prochaine rencontre. Haru leur a préparé un entraînement spécial. Mais Makoto doit aider M. Sasabe à sa piscine. Cela nuira-t-il à ses entraînements ?

C'est enfin le moment du relais quatre nages. Qui de Iwatobi ou Samezuka l'emportera et seront-ils sélectionnés pour les nationales ?

Les nationales approchent et les deux équipes de relais s'entraînent. Mais Haru semble perdu et malgré les progrès de Makoto, Rei et Nagissa, le chrono du relais d'Iwatobi stagne. Réussiront-ils à sortir de l'impasse ?

Rin qui ne supporte de voir Haru dans l'impasse décide de l'emmener avec lui en Australie pour lui faire découvrir la scène mondiale et ce qu'il y a vécu pendant son enfance.

Rin et Haru reviennent d'Australie pour participer aux nationales. Samezuka et Iwatobi parviendront-ils à se classer à ce niveau ? Quel projet Haru a-t-il trouvé pendant son voyage ?