28만 인구의 미카도시에 이(異)세계로의 게이트가 생겨 이세계로부터의 침략자들인 근계민(네이버)의 습격을 받게 된다.

네이버들에게 이쪽 세계의 무기가 잘 통하지 않아 난관에 처한 인류였으나, 수수께끼의 조직이 돌연 나타나 네이버를 격퇴하기 시작한다.

경계방위기관 '보더'라는 그 조직은 네이버들의 기술들을 연구하여 그 기술로 그들을 맞대응한 것이었다.

문이 열리고 4년 뒤, 여전히 네이버들의 침략은 멈추지 않았으나 보더의 활약 덕분에 도시는 안정을 되찾고, 사람들은 미카도시에 계속 남아있을 수 있었다.

그리고 어느 날 이 미카도시에 전학을 온 "쿠가 유마"라는 소년과 정의감이 강한 소년 "미쿠모 오사무"와 만나게 된다...