Als sich die Coopers mit Marisa in Rio die Janeiro auf der Flucht vor Zane befinden, versuchen sie mit vereinten Kräften, einem berüchtigten Vogel-Schmuggler das Handwerk zu legen.

Noch immer auf der Flucht vor Zanes Handlangerin, geben K.C., Marisa und Ernie alles, um den Weg zum Dschungel-Austauschpunkt zu finden.

Als Zane versucht, den Helikopterflug der Cooper-Familie zu sabotieren, muss K.C. sich selbst und ihre Familie retten.

K.C. ist überrascht, als sie ihre Testergebnisse für die Uniprüfung erhält. Währenddessen bekundet Marisa ihr Interesse, auch eine Spionin zu werden.

K.C. bemüht sich nach ihrem Streit um eine Versöhnung mit Marisa, diese verlangt von K.C. eine Empfehlung für die Organisation.

K.C. ist in geheimer Mission als Bauarbeiterin unterwegs und wird von den Kollegen auf der Baustelle unfair behandelt.

K.C. hat den Auftrag, ein gefährliches Gerät aufzuspüren, das das Wetter kontrollieren kann. Und die Mission findet ausgerechnet am gleichen Abend statt, wie ihr Schulabschlussball.

K.C. verschweigt der Organisation, dass ihr die Pläne für den Sturm-Macher geklaut wurden. Und ausgerechnet sie wird zusammen mit Craig auf eine neue Mission geschickt. Sie sollen die Energiequelle der Wettermaschine wieder aktivieren.

K.C. ist kurz davor, Bradys geheime Identität preiszugeben, aber ihr Plan geht schief.

Brady ist in Wahrheit Agent bei der Alternative. K.C. informiert ihre Familie und die Organisation darüber. Sie schlägt der Organisation vor, Marisa als Junioragentin anzuwerben.

K.C. flieht aus der Zelle, in der sie von Brady als Geisel gehalten wird und trifft auf Gwen Pepper, eine junge Wissenschaftlerin, die von Brady gekidnapped wurde, um für ihn am Stormmaker zu arbeiten.

Als Judy ankündigt, dass ihr Erinnerungsspeicher fast voll ist, muss sie zur Organisation, um ihre sämtlichen Erinnerungen hochzuladen. Doch ob das so eine gute Idee ist

K.C. vermisst Darien. Als sie ihm das sagen will, erfährt sie, dass er eine neue Freundin hat. Sie behauptet, auch einen Freund zu haben und sie verabreden sich zu einem Doppel-Date.

K.C. fährt in die Schweiz zu einer geheimen internationalen Konferenz für Nachwuchsagenten. Ernie dagegen bleibt zurück, um eine Gruppe internationaler Agenten zu betreuen.

K.C. ist es leid, mit Darien nur befreundet zu sein, obwohl sie am liebsten seine feste Freundin wäre. Sie möchte es wenigstens auf einen Versuch ankommen lassen.

K.C. ist damit beauftragt, einen ausländischen Diplomaten während einer Zeremonie in der Universität zu beschützen. Um in der Nähe des Diplomaten zu bleiben ohne aufzufliegen, muss sie in die Schulband der Trommler eintreten.

Während Byron auf eine Antwort von K.C. wartet, gibt sie vor, ihre eigene Cousine Cassandra zu sein. Als er ihr nicht glaubt, schlägt sie ein gemeinsames Abendessen zu dritt vor und steht nun vor einem Problem. Sie entscheidet, Bernice aus dem Gefängnis zu holen und sie als Cassandra auszugeben.

Das Team überlegt gerade, wie es Bernice finden kann, als Ernie in den Nachrichten ein Phantombild von K.C. sieht. Bernice hat Supermärkte in der ganzen Stadt ausgeraubt.

Die Coopers spüren feindliche Agenten auf, die Waffen an feindliche Organisationen liefern. Bei der Ergreifung der Waffenhändler stellen sie fest, dass diese die Eltern einer Mitschülerin K.C.s sind.

K.C. vertieft ihre Freundschaft mit Amy, damit sie das Haus der Bishops verwanzen kann und so Zugang zur Waffen-Käuferliste bekommt.

Marisas Auftritt führt zum Abbruch des Barbecues. Da K.C. sich für Marisas Verhalten verantwortlich fühlt, geht sie zum Haus der Bishops, um Ernie aus der Bredouille zu helfen. Die Coopers erfahren, dass die Bishops auch ihre Wohnung verwanzt haben, und dass jemand namens „Die Maske“ der Kopf der Organisation ist.

K.C. und Marisa nehmen Amy mit auf einen Ausflug nach New York, damit sie nicht zuhause ist, wenn ihre „Eltern“ von der Organisation verhaftet werden.

K.C. und Ernie setzen ihre Jagd nach der Maske und der Waffen-Käuferliste fort.