Die Sommerferien sind fast zu Ende, doch Koro-sensei hat auch zu dieser Zeit eine Prüfung für seine Schüler parat. Um ihren Mut zu testen, schickt er sich jeweils zu Zweit in eine Höhle. Sein Plan: Jede Menge pikanten und interessanten Tratsch sammeln.

Kaede liebt Pudding. Und genau das will sie nutzen! Zusammen mit den anderen Schülern stellt sie einen gigantischen Pudding her, um ihn als Falle für Koro-sensei zu nutzen. Doch dann kommt alles ganz anders und Koro-sensei sieht sich erneut Itona Horibe gegenüber.

Itona versucht alles, um Koro-sensei zu töten. Aber ohne Erfolg. Wütend und von Shiro verlassen, fängt er an zu wüten. Können Koro-sensei und die Schüler ihn beruhigen?

Die Jungs der 3-E bauen ein fernsteuerbares Auto mit einer Fischaugenlinse und Waffen, um damit Koro-sensei anzugreifen. Die Mädchen kommen jedoch schnell dahinter, welchem Zweck diese neue Erfindung auch noch dienen soll. Außerdem erfährt die Klasse den wahren Namen eines ihrer Kameraden.

Isogai arbeitet nebenbei heimlich als Kellner. Dummerweise wird er dabei von den Asano und Co. entdeckt. Sie fordern Isogai und seine Mitschüler zu einem sportlichen Wettkampf heraus. Sollten sie verlieren, droht Isogai der Schulverweis!

Auch die Vorbereitungen auf die Zwischenprüfungen halten die E-Klasse nicht vom Training ab. Doch als sie versehentlich jemanden verletzen, straft Koro-sensei sie mit Lernverbot ab. Werden sie ihre Lektion lernen?

Irina hatte Geburtstag! Und Karasuma soll ihr Blumen schenken. Doch das geht gehörig nach hinten los. Zu allem Überfluss stellt sich der Florist auch noch als „Todesgott“ heraus, der Irina entführt hat. Gelingt es der E-Klasse sie zur retten?

Koro-sensei und Karasuma arbeiten als Team, um die E-Klässler zu retten, die vom Todesgott als Geisel genommen wurden. Mit Irina auf der Seite des Todesgottes haben sie einen fähigen Gegner mehr, der die Rettungsaktion erschwert.

Das Schuljahr schreitet immer weiter voran und langsam müssen sich die E-Klässler Gedanken machen, was sie in Zukunft machen möchten, um nach dem Mittelschulabschluss den richtigen Weg einzuschlagen. Dabei werden sie von den Lehrern ausgiebig beraten.

Das Schulfest der Kunugigaoka-Mittelschule steht an und bietet die perfekte Gelegenheit, um die Klassenkasse aufzubessern. Die E-Klasse beschließt, ihre besondere Lage auf dem Berg zu nutzen und etwas anzubieten, das so von keiner anderen Klasse angeboten wird.

Die Trimesterabschlussprüfungen fordern den Schülern bereits beim Lernen alles ab. Der Schuldirektor hat seine ganz eigenen Methoden, den Lehrstoff möglichst effizient zu lehren, doch damit ist sein Sohn nicht unbedingt einverstanden.

Die Prüfungen dauern an und die E-Klässler geben alles, um sie zu bestehen. Auch wenn alle ihr Bestes geben, entscheidet sich das Duell vor allem zwischen den hellsten Köpfen der Kunugigaoka-Mittelschule. Wer macht das Rennen?

Koro-sensei muss den Test bestehen, dem Gakuhou ihn unterzogen hat. Mit jeder weiteren Aufgabe begibt er sich in noch größere Gefahr. Wird er es schaffen, um die E-Klasse auch weiterhin unterrichten zu können, oder endet hier das Abenteuer?

Eine große Aufräumaktion ist angesagt, bei der alle E-Klässler mit anpacken müssen. Motiviert machen sich Nagisa und Kaede daran, Koro-sensei beim Aufräumen des Schuppens zu helfen. Doch der Frieden währt nicht lange …

Trotz des plötzlichen Angriffs und Kaedes Wutausbruch hat Koro-sensei ihre innere Stimme gehört, mit der sie um Hilfe flehte. Da er seine Schülerin nicht im Stich lassen will, spannt er die E-Klässler mit ein, um Kaede zu retten.

Nachdem die E-Klässler einen Teil von Koro-senseis Vergangenheit erfahren haben, erzählt er ihnen nun auch den Rest. Die restliche Geschichte umfasst auch das Schicksal von Kaedes älterer Schwester Aguri.

Die Mission der E-Klasse lautete, ihren Lehrer, Koro-sensei, bis zu ihrem Abschluss zu töten. Doch einige der Schüler wollen ihren Lieblingslehrer mittlerweile lieber retten. Ein Teamkampf soll das Schicksal Koro-senseis entscheiden.

Nachdem nur noch Karma und Nagisa übrig sind, will Karma die Schlacht zwischen ihnen in einem direkten Duell entscheiden. Welche Seite wird gewinnen? Wird die E-Klasse Koro-sensei töten, oder versuchen ihn zu retten?

Die E-Klässler haben beschlossen, eine Mission ins Weltall zu starten, um nach einer möglichen Rettung für Koro-sensei zu suchen. Jetzt gilt es, die geeigneten Mitglieder als Astronauten zu entsenden.

Der Valentinstag weckt viele Erwartungen, von denen sich einige erfüllten, andere nicht. Wer wird seine Schokolade bekommen? Und traut sich der ein oder andere, seinem oder ihrem Schwarm die Liebe zu gestehen?

Ohne sich um die falsche Berichterstattung der Medien zu kümmern, beschließen die E-Klässler, Koro-sensei auf eigene Faust zu retten. Nun setzen sie ihren Plan um, den Berg zu infiltrieren und zu Koro-sensei vorzudringen, der im alten Schulgebäude auf sie wartet.

Koro-sensei kämpft gegen Yanagisawa und den Todesgott. Er sagt seinen Schülern, dass sie sein größter Schatz wären und wichtiger als sein Leben. Wird er sie beschützen können?

Geschwächt von dem Kampf gegen Yanagisawa und den Todesgott bittet Koro-sensei seine Schüler, ihn zu töten, bevor die Waffe der Regierung ihn erwischt. Nagisa und die anderen müssen eine schwere Entscheidung treffen.

Die Schüler der 3-E machen ihren Abschluss. Nach der Feier erfährt Nagisa, dass Koro-sensei seine Eltern wieder zusammengebracht hat. Sieben Jahre später trifft sich der Großteil der Klasse wieder, um ihr altes Schulgebäude auf Vordermann zu bringen.