所谓的“Triage”是在伤病者同时多发出现的情况下，以五色的等级颜色区分重伤度及紧急度，并决定医疗行为的优先度之事。这正是生命的选择。其中，等级颜色“黑”是最为接近“死”的颜色。——而非合法组织“黑色标签”则正如其名一般，将如同恶性肿瘤一般侵蚀社会的犯罪者打上“死”的刻印，每日每夜都在暗中活跃……！

高中生·三神岚结束了第一次的恶性肿瘤切除“犯罪者的处刑”，正式成为了非合法组织“黑色标签”的处刑人。他为何会成为制裁罪恶的处刑人……真相隐藏于九年前发生的“国际医疗会议炸弹恐怖事件”当中。——另一方面，本应在任务中获救的被害者再度遭到绑架的事态发生了。“黑色标签”为了救出被害者，再度奔向黑暗——！

岚所就读的高中的学姐木场美琴，实际上是和岚一同在“黑色标签”与恶势力战斗的同伴。——美琴在偶然之下与神秘的转学生·绯崎千影交谈。她从千影的出身、境遇以及信念当中感受到了深刻的共鸣，两人之间的距离迅速缩短。此时，放火将人活活烧死的残忍放火事件开始在社会上频发。

知道了恶性肿瘤存在的美琴，为了救人质的性命，没有等岚和其他“黑色标签”成员到来就一个人赶往现场。在那里等着她的是使用新型毒品的极其危险的凶恶犯——还有另一个人是让美琴感到十分意外的人物……！？得知了真相而感到惊愕的美琴，她被迫进行的生命的选择是——！？

连边唱歌边跳舞的演技也能做到！？实力拔群的顶级偶像·梨田织叶的另一副面孔是非合法组织“黑色标签”的处刑人……！她身为“黑色标签”的炸弹娘，度过着制裁盘踞于世的邪恶的每一天。此时，在电视台新大楼完成纪念特别直播节目中出演的织叶，被卷入了凶恶犯引发的电视台劫持事件……！？织叶将要如何度过这一危机——！？

“——那么，表演开始了”电视台绑匪将偶像们劫为人质并展开困守。他们要求巨大金额的赎金，否则就将人质从电视台的18层推下去。面对恐怖，偶像们感到害怕。另一方面，织叶躲过犯人们的监视，终于知道了他们的真正目的——！？炸弹娘·织叶的银河舞台表演就此开幕！！

为了调查神秘的货船，“黑色标签”的狭雾友子、剑光姬、柩小夜三人造访了飞冈港。她们是岚、美琴、织叶他们“安瓿一号”的前身“安瓿零号”的成员。在乘上货船的她们面前出现的是称呼柩为“前辈”的双胞胎少女。自称为“注射器”的这对双胞胎，看来是以和柩展开战斗为目的——！？

柩失去理智而暴走，终于连对身为同伴的“黑色标签”成员也开始拳脚相向。岚等“黑色标签”打算阻止柩，但因不愿伤害柩而无法认真地战斗。同伴之间自相残杀……在这悲惨的现状当中，友子终于做出了命运的选择。——“拜托了，小夜……！不要——让你再一次被杀了。”

如同切除恶性肿瘤一般，将盘踞在街上的犯罪者处刑的非合法组织“黑色标签”——。刑警·铃江好实对其存在展开调查，但她却被某人掳走了。犯人的目的究竟是什么？前去营救好实刑警的“黑色标签”，等待着他们的究竟是——！？错综复杂的恶与恶，他们能否将其切除——！？

为了查明事件的真相，“黑色标签”众人互相交换所获得的情报。在他们互相对照各自带来的情报的过程中，新的恶性肿瘤的存在浮出水面——。而这一存在，与将名为犯罪的病灶切除的处刑人“黑色标签”生于世间的理由有着密切的联系……！？在岚等人不知道的地方，事件进一步地加速着。他们进行的命之选择“Triage”究竟想要传达什么——！？