人類の不妊化という犠牲を払い、突然変異した動物の治療薬が作られてから10年。人造種という新たな脅威を前にジャクソンたちチームが再結集する。

ポートランドとニューヨークで起きた爆破事件をつなぐ共通点が判明。エイブの不妊研究により家族が危険にさらされ、ミッチは娘と名乗る女性と話す。

連れ去られた息子を取り戻すため、ある取引を持ちかけられるエイブとダリエラ。同じ頃、ジェイミーとクレメンタインはミッチに危険な脳手術を行う。

新種の人造種を解明すべくエイブとダリエラがチームに合流。謎の信号灯に操られた人造種の群れが、ニューヨークに向かっているという事実が発覚する。

拘束されたジェイミーはミッチとローガンの力を借り、シェパーズを追跡しようとする。メキシコでは、ジャクソンが家族に起きた悲劇をテッサに明かす。

レイデン社に連れ去られたクレメンタインを救おうと、ミッチが競売会場に乗り込む。そんな中、アビゲイルの過去から人造種誕生の起源が明らかになる。

チームはエイブとダリエラの息子たちを救い出すため、研究施設に侵入することに。ペルーに向かったミッチとジェイミーは、そこである人物と再会する。

ある目的を持ったアビゲイルがジャクソンを拘束し、尋問を繰り返す。人造種が引き起こしたトラブルにより、チームの飛行機は墜落の危機に直面する。

バイオ・ドライブで操られたミッチの別人格ダンカンを追跡し、ジェイミーたちはコペンハーゲンへ。人造種の巣を調べるため、ローガンは韓国に出向く。

ひん死状態のアビゲイルを搬送したジャクソンは、彼女を治療して命を救うようエイブに頼む。その頃、ジェイミーはダンカンに取引を持ちかけていた。

人造種の有毒胞子が飛行機に迫り、機内から出られずにいるチーム。臨月を迎えてタンクを出たクレメンタインが産気づくが、出産を前に問題が発生する。

アビゲイルの攻撃により、チームの飛行機が防壁を通り越した人造種地帯に不時着してしまう。知らせを受けたダリエラとテッサがチームの救出に急ぐ。

人造種の大群が防壁を打ち破ろうと集まってくる中、ジャクソンたちチームは最後の信号灯を止めようと奔走。アビゲイルがクレメンタインの息子を奪う。