Na Times Square zostaje odnaleziona kobieta, która cierpi na amnezję. Jej ciało w całości jest pokryte tatuażami, wśród których ukryte jest także imię agenta FBI. Okazuje się, że te malunki zawierają wskazówki pomocne przy rozwiązywaniu kolejnych zagadek kryminalnych.

Tatuaże na ciele Jane są wskazówką dla śledczych tropiących pilota wojskowego, który planuje zdradziecki atak. Kobieta przypomina sobie kilka niepokojących wydarzeń ze swojego życia. Weller sądzi, że zna prawdę odnośnie tożsamości Jane.

Jane dowiaduje się, że na jej ciele widnieje identyczny tatuaż jaki ma niedawno schwytany złodziej biżuterii. Odwiedza ją mężczyzna, który pojawia się w jej fragmentarycznych wspomnieniach. Weller i Mayfair zastanawiają się, czy Jane powinna być obecna w ich zespole.

Patterson i jej chłopak, specjalista od rozwiązywania skomplikowanych łamigłówek, odnajdują na tatuażu Jane wskazówkę prowadzącą do Centrów Kontroli Chorób. Okazuje się, że ta wiadomość może doprowadzić do ogólnoświatowej katastrofy.

Funkcjonariusze CIA i FBI prześcigają się, by szybciej schwytać tego samego przestępcę, który przetrzymywał zakładników. Carter ma wiele wątpliwości, co do obecności Jane w zespole. Wręcz nie ufa kobiecie. Tymczasem Jane spotyka się z rodziną Wellera.

Kolejne zabójstwo doprowadza śledczych do tajemniczej i niebezpiecznej aplikacji, dzięki której przestępcy mogą namierzać pojazdy rządowe. Aplikację może usunąć jedynie jej twórca. Jane i Weller starają się zachować profesjonalizm w pracy. Zapata zmaga się z problemami natury etycznej.

Jeden z tatuaży Jane doprowadza detektywów do odległego miejsca, gdzie muszą zmierzyć się z niebezpiecznym przestępcą. Sprawa ta jest także sprawdzianem dla związku Jane i Wellera. Dodatkowo na jaw mogą wyjść sekrety Mayfair. Patterson łamie obowiązujące zasady, by rozwikłać zagadkę tatuażu.

Ginie policjant. Patterson odkrywa, że na ciele Jane jest tatuaż przepowiadający to zdarzenie. Detektywi muszą zapobiec kolejnym atakom. Mayfair postanawia ujawnić swoją przeszłość Wellerowi.

Jane i Weller udają zabójców, by nie wyjawiono ważnych informacji. David stara się naprawić relacje z Patterson. Z kolei Carter i Mayfair mają inne podejście w kwestii postępowania z przestępcą.

Zapata ma ostatnią szansę, by podłożyć podsłuch w mieszkaniu Jane. Stale naciska na nią Carter. W międzyczasie zespół odkrywa rosyjską komórkę przestępczą, do której należy tajemnicza rudowłosa kobieta eliminująca osoby uznawane za wrogów Rosji. Carter uprowadza Jane i próbuje wyciągnąć od niej cenne informacje.

Śledczy sugerując się jednym z tatuaży Jane, docierają na opuszczoną wyspę. Na miejscu znajdują samolot, który zniknął z radaru i został oficjalnie uznany za zaginiony. Wkrótce detektywów atakują terroryści przetrzymujący pasażerów jako zakładników. Przestępcy zmuszają uprowadzonych do budowania urządzenia umożliwiającego wyłączanie satelity nawigacyjnej. Oscar chce, by Jane mu zaufała.

Za sprawą anonimowego donosu agenci FBI dowiadują się, że mają w swoich szeregach donosiciela. Inspektor Fischer utrudnia poszukiwania sprawcy - wszyscy są potencjalnymi podejrzanymi w sprawie. Wkrótce na jaw mogą wyjść mroczne sekrety.

Anonimowa wskazówka prowadzi zespół do zbadania sprawy skazanego na śmierć. Zapata prowadzi działania pod przykrywką. Podczas polowania na kreta Jane zostaje prawie zdemaskowana. Teraz zastanawia się nad odejściem z FBI

Z galerii ginie obraz przedstawiający identyczny wzór jak tatuaż Jane. Ekipa uważa, że Jane może stać się ofiarą przestępcy. Dla dobra zespołu Jane nie przychodzi do pracy.

Z opancerzonej ciężarówki ginie broń chemiczna. Detektywi szukają sprawców napadu, lecz walczą też z czasem. Jane prześladują dziwne wspomnienia dotyczące Wellera. Patterson odbiera tajemniczy telefon. Dzwoni do niej ktoś, kogo dawno nie widziała.

Patterson, rozwiązując krzyżówkę zamieszczoną w "New York Times", zauważa, że ktoś zaszyfrował w niej tajną wiadomość. Okazuje się, że ta sprawa powiązana jest z tatuażami Jane. Wkrótce Patterson wpada w kłopoty. Oscar decyduje się opowiedzieć Jane o jej przeszłości.

Przebywający w więzieniu Rich Dotcom uświadamia sobie, że jego dni na świecie są już policzone. Postanawia wydać FBI groźnego zamachowca, Sohida Ahtara. Przestępca finansuje większość organizacji terrorystycznych w różnych państwach. Jednak złapanie Ahtara wymaga od agentów pewnego podstępu. Muszą sfingować kradzież cennych obrazów.

Zespół bacznie obserwuje jeden z tatuaży Jane. W tym samym czasie na terenie pobliskiego kampusu dochodzi do strzelaniny. Śledczy wkraczają do akcji. Mayfair spotyka osobę z przeszłości.

Ekipa ochrania młodą dziewczynę, która ma związek z tatuażami Jane. Jednocześnie pilnowana przez nich kobieta ma kontakty wśród członków pewnej organizacji terrorystycznej. Jane musi podjąć ważną decyzję. Z kolei Borden i Petterson umacniają swoją przyjaźń.

Hakerzy włamują się do pilnie strzeżonego budynku FBI. Wkrótce agenci zostają odcięci od świata zewnętrznego. Z czasem między uwięzionymi funkcjonariuszami dochodzi do ostrych konfliktów.

Detektywi znajdują dziecko, które ma tatuaż pasujący do jednego z cielesnych malunków Jane. Próbują ustalić personalia malca. Podejrzewają, że młodocianych ofiar mogło być więcej. Jane kłóci się z Oscarem. Awantura dotyczy konsekwencji tajemniczych misji mężczyzny.

Jane decyduje się zwrócić o pomoc do jednego z byłych podejrzanych odnośnie sprawy Oscara. Reszta ekipy próbuje uratować przyjaciela. Z kolei Weller chce się dowiedzieć, czy jego ojciec majaczył, czy też mówił prawdę.