Nach seinem letzten Kampf gegen den schwarzen Minotaurus ist es Bell Cranel trotz seiner Niederlage gelungen, auf Level 4 aufzusteigen. Jedoch ist das kein Grund für ihn, die Beine hochzulegen. Sein nächstes Ziel sind die unteren Ebenen des Dungeons und wie es der Zufall so will, bekommt er von der Gilde eine Expeditionsmission erteilt.

Bell und seine Kameraden haben sich auf den Weg zu den unteren Ebenen des Dungeons gemacht. Unterwegs werden sie von vielen gefährlichen Monstern angegriffen. Bells Freunde bemerken den Fortschritt, den ihr Kommandant durch seinen Levelaufstieg gemacht hat.

Im Dungeon stoßen Bell und seine Gefährten auf ein äußerst starkes Monster . Im Kampf wird Chigusa verwundet und Samen werden in ihrem Körper eingepflanzt, die ihre Lebenskraft rauben. Die Party beschließt, Jagd auf das Monster zu machen, um den Befall zu lösen.

Nach seinem Kampf gegen das Moss Huge wurde Bell von seinen Kameraden getrennt und durch die Strömung tiefer in den Dungeon getrieben. Dort begegnet er Marie, einer verspielten Meerjungfrau. Die beiden freunden sich zwar schnell an, aber Bell kann nicht bei ihr bleiben, denn seine Kameraden schweben immer noch in Gefahr.

Während Bell immer noch auf dem Weg zu seinen Kameraden ist, müssen diese sich mit unzähligen Monstern und dem verbesserten Exemplar herumschlagen. Alles scheint ausweglos zu sein, doch Haruhime nutzt ihre neue Magie, wodurch sich das Blatt letztlich doch wendet.

Nach dem Kampf gegen das Moss Huge kehren Bell und seine Kameraden in die sichere Stadt im Dungeon zurück. Dort erzählt Bell seinen Freunden, was er getan hat, während er von ihnen getrennt war. In der Zwischenzeit entscheiden die Götter über einen neuen Zweitnamen für Bell.

Cassandra hat wieder einmal einen fürchterlichen Traum, in dem es zu einer Katastrophe kommt. Bisher weiß sie noch nichts von dem Mord, den Shippu begangen hat, aber schon bald wird sie erkennen, inwiefern ihre Vorahnung und Shippus Taten miteinander in Verbindung stehen.

Bell hat sich Bors' Party angeschlossen, die tiefer in den Dungeon vordringt, um Ryu zu finden und das Kopfgeld für sie zu bekommen. Sie werden von vielen Monstern angegriffen und stoßen auf ein mysteriöses Loch, das von irgendetwas gegraben wurde. Bell glaubt nach wie vor an Ryus Unschuld.

Bell hat endlich Ryu gefunden, während sie Jura nach dem Leben trachtet. Bell ist sich unschlüssig, ob er Ryu aufhalten soll. Um Licht ins Dunkel zu bringen, will er eine ehrliche Antwort von ihr haben.

Jura und seine Leute haben einen perfiden Plan im Dungeon ausgeheckt. Mittels Flammensteine erzeugen sie eine gewaltige Explosion, der den Dungeon erzürnt. Dadurch wird ein schreckliches Monster geboren.

Nachdem Bell von Juggernaut fast getötet wurde, versucht Ryu ihn zu heilen. In der Zwischenzeit greifen Bors und die anderen Abenteurer Juggernaut an. Jedoch lässt sich das Monster nicht so leicht aufhalten und bald finden sich die Abenteurer in einer Zwickmühle wieder.

Bell und Ryu sind nach dem Kampf gegen Juggernaut auf den tieferen Ebenen gelandet. Bell bemerkt, das Juggernaut die Verfolgung aufgenommen hat. Die beiden sind so stark angeschlagen, dass sie überhaupt nicht mehr kämpfen können. In der Zwischenzeit muss es der Rest von Bells Party mit dem Monster Rex von Ebene 27, Amphisbaena, aufnehmen.

Bells Party befindet sich immer noch im Kampf gegen Amphisbaena. Obwohl sie kurzzeitig die Oberhand gewinnen können, gelingt es dem Monster, ihnen einen gewaltigen Schlag zu verpassen.

Bell gönnt sich fünf Minuten Schlaf, während Ryu ihn vor den Monstern beschützt, aber auch sie stößt schon bald an ihre Grenzen. In der Zwischenzeit ereignet sich im Kampf gegen Amphisbaena eine Tragödie.

Während Bell und Ryu in den tieferen Ebenen versuchen, sich etwas auszuruhen, kämpfen Welf und der Rest der Party gegen die unzähligen Monster, die der Dungeon auf sie entfesselt. Sie versuchen, weiter nach unten zu gelangen, aber die Monster versperren ihnen den Weg.

Welfs Kameraden haben ihr Leben in seine Hände gelegt und er setzt alles daran, sein neues magisches Schwert zu schmieden. In der Zwischenzeit kämpfen Bell und Ryu in den tieferen Ebenen um ihr Überleben.

Nachdem Bell und Ryu ein paar Ausrüstungsgegenstände bei den Leichen von Abenteurern gefunden haben, versuchen sie, dem White Palace zu entkommen. Ryu bringt Bell unterwegs alles bei, was sie bei ihren Abenteuern in den tieferen Ebenen gelernt hat.

Die Xenos sind Bells Kameraden zu Hilfe gekommen. Gemeinsam erledigen sie die Horden von Monstern, die sie angreifen. Auch Tsubaki und ihre Gefährten treffen am Ort des Geschehens ein und unterstützen sie.

Bell und Ryu haben den gefährlichsten Ort auf Ebene 37 erreicht, das Colosseum. Sie müssen einen Plan schmieden, um an den Horden von Monstern vorbeizukommen und einen Weg zurück auf die reguläre Route zu finden.

Ryu blickt zurück auf ihre Vergangenheit mit der Astrea-Familia und die Tragödie, die sich damals im Dungeon zugetragen hat. Bei ihrer Jagd auf die Rudra-Familia zeigt sich Juggernaut, der im Dungeon ein Hölleninferno entfesselt.

Bell und Ryu haben zufällig einen ruhigen Ort unter dem Colosseum gefunden. Dort finden sie Wasser und können etwas zur Ruhe kommen. Jedoch ist die Gefahr noch lange nicht gebannt. Bald zeigt sich eine neue Bedrohung vor ihnen.