Hibiki Tachibana faillit mourir sous les coups des Noise durant un concert de Zwei Wing. Kanade Amô, l’une des chanteuses du duo, lui sauva alors la vie en revêtant son Symphogear. Deux ans plus tard, Hibiki découvre que l’incident a laissé une trace indélébile en elle.

Hibiki est invitée à suivre les membres de la 2e division de la brigade de prévention antidésastre pour obtenir des explications sur ce qui s'est passé lors de l'attaque des Noise.

Hibiki a promis à Miku d'aller voir les étoiles filantes avec elle, mais son nouveau statut de membre de la brigade de prévention antidésastre l'empêche de vivre sa vie d'écolière tranquille.

Tsubasa a réchappé de peu à la mort. En soins intensifs, elle se remémore son passé et essaie de comprendre pourquoi elle se bat, en pensant à Kanade. De son côté, Hibiki est la seule à pouvoir sécuriser la deuxième division des affaires spéciales.

Pendant la convalescence de Tsubasa, Hibiki s'entraîne dur pour obtenir son Armed Gear afin de vaincre tous ses adversaires. Elle tente aussi d'expliquer à Tsubasa les raisons qui la poussent à combattre.

Chris continue à vouloir battre Hibiki qui se défend comme elle le peut. Miku a dû être mise au courant des activités secrètes de Hibiki et leur relation en pâtit.

Après une nouvelle attaque de Noise, Miku se retrouve à aider Chris sans savoir qui elle est. Hibiki va devoir combattre d'autres Noise pour sauver Miku.

Miku est enfin présentée officiellement à la deuxième division des affaires spéciales. Pendant ce temps, Genjûrô essaie de convaincre Chris de les rejoindre pour combattre les Noise et Tsubasa prépare son retour sur scène.

Chris dit à Genjûrô qu'elle a entendu que Kadingir était complète. La deuxième division des affaires spéciales doit se renseigner pour savoir comment répliquer, quand une attaque de Noise volants menace la ville.

Lydian est attaquée, et Hibiki et ses amies font tout ce qu'elles peuvent pour sauver le plus de monde possible des attaques de leur ennemie qui est maintenant identifiée.

Chris s'est sacrifiée pour tenter de détruire Kadingir, mais Hibiki et Tsubasa n'ont pas dit leur dernier mot. Le combat continue pendant que les survivants de l'école tentent d'aider les combattantes.

Les trois Symphogear se liguent contre leur ennemie pour un combat à mort et la survie de la Terre.