Après avoir protégé un convoi de l'attaque de Noise, Chris et Hibiki sont en retard pour le nouveau concert de Tsubasa, en duo avec une nouvelle chanteuse nommée Maria.

Une nouvelle menace plane sur le monde après l'annonce de Maria pendant son concert avec Tsubasa. Une organisation mystérieuse annonce pouvoir contrôler les Noise et donc vouloir diriger le monde.

La vie semble avoir repris son cours à l'école Lydian, même si l'organisation Finé menace le monde. Après une enquête de la seconde division, les filles tentent d'attaquer le repaire ennemi.

Shirabe et Kirika tentent de s'incruster dans le concours de chant de Lydian. Pendant ce temps, Maria a quelques états d'âme concernant les attaques d'humains.

Après le combat contre Néphilim, Hibiki ressent les effets de Gungnir qui fusionne de plus en plus avec son corps.

La fusion entre Gungnir et Hibiki s'accentue. Le docteur Ver tente de donner plus de force à ses protégées pour qu'elles puissent battre Hibiki malgré sa puissance décuplée.

Après avoir avancé dans ses recherches, le groupe Finé tente d'activer le Frontier pendant que la seconde division essaie de convaincre Hibiki de se ménager.

Le groupe Finé tente de se rapprocher du gouvernement américain, mais les choses tournent mal. Pendant ce temps, Chris essaie de se rapprocher de Tsubasa, mais celle-ci n'a pas l'air d'apprécier.

Le combat s'engage entre les partisans du FIS et la seconde division. Les amies d'autrefois s'affrontent et se déchirent.

Le FIS a réussi à activer le Frontier et à le faire émerger. L'armée américaine et la seconde division doivent faire face à une puissance inégalée.

Pendant que les filles se battent entre elles, le docteur Ver continue à manipuler tout le monde pour son profit personnel.

Le combat contre Nephilim est engagé. Tout le monde lutte pour sauver la Terre.