很久之前强风吹拂的彼方。史前文明时期。在一片沙尘的荒野附近的某个设施内的暗处，有个浑身是血，在地下攀爬着的男子用自身的权限启动了某个装置，留下个某个熟人（菲尼）的名字后就离世了……时间跳转到现代。S.O.N.G.本部浮出南冰洋，展开作战行动。此行的目的是对被称为“棺”的遗迹进行考察和对策探讨。但是，本应该是守护俄罗斯的南极科考队的，却发生了预想之外的事态——和“棺”自身进入直接对决！盛夏季节仍处于零度以下的湖面上，新生重制的Symphogear的机能发挥得完美无缺。虽然是无机质但是“棺”的攻击跟以前的强敌一样异常猛烈。超出物理学法则的超低温攻击立即将装者们击垮。6人全部昏倒。意识渐渐薄弱之际，立花响回想起了事情的开始。那是自己被问及相信什么、掌握什么，未曾见过的残酷的开幕！

在南极浮上的“棺”，被推定收容着阿努纳基的神秘遗体。在最高级别的警戒状态下，以遗体为目标的巴伐利亚光明结社残党强势袭来。埃尔莎利用空间狭窄、光线不足的场所，封锁长兵器和机动力，而调和切歌凭借联携技，以至今积累的经验成功将对方击退。美国面对这一连串的事态毫不客气地介入其中，负责遗体的分析，这让讣堂的焦虑溢于言表。翼被新的威胁所困扰，彩排时毫无热情。玛利亚敲了敲翼的额头，告诉她舞台也是她的战场。翼接受玛利亚的批评，并向玛利亚提出一个条件。是可容纳100万人，眺望的空中庭院。作为开场的惊喜，和翼一同登场的玛利亚的身影让观众大吃一惊，接着是的曾为完成的布景，让听者心中沸腾起来。在声与光交融的空间让人想起那一天的奇迹。然后，悲剧开始上演……

虽然翼、玛利亚、绪川从恐怖之夜逃脱，但是心灵受到重创的翼恢复缓慢。据统计死者超过7万，巴伐利亚光明结社残党的罪恶让人无法容忍。米拉阿尔克和埃尔莎和2名黑子男子交易的一幕被飙车族看到，她们毫无留情地对其露出獠牙。目击者正要被肢解的时候，响和克莉丝从天而降。在装者二人的活跃下再加上状态不佳，米拉阿尔克和埃尔莎节节败退。为了把交易的公文包带回而选择撤退，但是空中毫无遮掩物，准确的克莉丝的枪弹。虽然响和克莉丝放跑了米拉阿尔克和埃尔莎，但从回收到的公文包里的稀有血液，可窥探出残党目的的冰山一角。根据状况和过去的经历来看，S.O.N.G最初认为是美国政府在背后支援残党，可是，研究圣骸的美国洛斯阿拉莫斯研究所却又遭到了残党的袭击推翻这一猜测。而那晚，调和切歌目击到为了获得血液而准备袭击医院的米拉阿尔克的身影。

妄想得到神之力的风鸣讣堂，与巴伐利亚残党汇合，但是在启动Shemha护腕的仪式上发生爆炸意外。试图掩盖仪式，释放Alca-Noise引来Symphogear装者们。为了让同伴逃跑争取时间，凡妮莎与赶来的响、玛利亚展开战斗。虽然被对方压制着，但凡妮莎凛然拒绝响的相互交流相互理解的要求。撤退后的凡妮莎和米拉阿尔克、埃尔莎汇合，失去基地的Noble Red3人组只能在垃圾场露宿过夜，但在前战斗中凡妮莎被玛利亚放上了信号发生器，她们的所在地已被S.O.N.G.所捕获。无路可走的Noble Red三苦逼决定背水一战，在Symphogear装者6人的将落地面埋下地雷，再用“哲学迷宫”将6人囚禁，在封闭空间中将能源压缩并引爆，瞬间把6人轰趴在地。意识朦胧下，响听到圣日耳曼的声音，启动黄金Symphogear外挂——Amalgam，开始对Noble Red的大反击。

装者对Noble Red的战斗已经胜券在握，偏偏这时S.O.N.G.总部遭到以“监察”为名的日本政府突然而来的武装镇压，不得不把Noble Red放走，这是风鸣讣堂干预的结果。因为是自家政府的命令，只能配乖乖听令配合监察，装者们被迫休假待命。弦十郎已意识到是亲爹在资助Noble Red。趁着假日，响约了未来、艾尔芙娜茵、翼4人逛街，然而翼无法走出演唱会悲剧的阴影，责备自己过于弱小而无法保护人们，根本无心玩乐。这时Alca-Noise在街市闹事，响和翼出动，在战斗中翼产生幻觉，将无数的Alca-Noise看成了米拉阿尔克，对Alca-Noise一顿暴击，其破坏力竟波及周围。而真正的米拉阿尔克却正把魔爪伸向未来和艾尔芙娜茵两人。

S.O.N.G.由于遭到突袭式的查察导致机能不全，其结果不仅是被强行剥夺行动权，还让非战斗人员卷入危险。未来和艾尔芙娜茵失踪的现场只留下一大摊血，现在装者们都为未来和艾尔芙娜茵担忧。精神疲惫不堪而的翼不理会玛利亚的关心，与周围人发生争执并孤立自己，这时收到亲爹风鸣讣堂的联络……另一方面，未来和艾尔芙娜茵被米拉阿尔克带到了蒂福日城，从Shemha护腕抽取神之力并将其控制的计划正稳步推进。S.O.N.G.终于掌握到了风鸣与Noble Red共事的证据，为了销毁证据凡妮莎紧急出击，却不过绪川的谜之忍法。这时玛利亚和克莉丝赶来歼敌，在平民车辆奔驰的道路上和凡妮莎展开战斗。就在Symphogear胜利在即之际，从蒂福日城上升起一道光柱……

复活的卡萝·玛尔斯·迪恩海姆身披达乌尔达布拉的浮士德法衣大显神威，把Noble Red三人组击退。卡萝接受艾尔芙娜茵（背后灵……）所托，试图拯救小日向未来。卡萝向S.O.N.G.提出合作去消灭神之力具象化的Sham-ha，但是翼等5人的绝唱无法激发巨大圣遗物蒂福日城，而这时卡萝也被Noble Red三人组的哲学迷宫所囚禁。为了摆脱困境，卡萝放手一搏，将全力激发的Phonic Gain托付给Symphogear装者们，而苏醒的响也火速赴往战场。当她用蕴含弑神之力的拳头将敌人粉碎时，看到的是身披神兽镜Symphogear的未来……。

以小日向未来作为容器让Sham-ha复活，并借由神兽镜Faust-Robe试图将神之力控制。讣堂的计划按部就班地进行，并启动刻印操控翼。翼背叛众人，抱着未来离开战场。响因为在战斗中未经许可使用Amalgam而接受处分，内心彷徨地回到父亲身边。对讣堂所作所为事先有所察觉的八紘已展开行动，因讣堂违反护国灾害派遣法而将对强制执法。试图逆转的S.O.N.G.和日本政府迅速前往风鸣老窝，但那里已变成了万魔殿。同往执行任务的玛利亚和翼开始战斗，而另一边，弦十郎和老爹讣堂也开始了打斗。

Sham-ha摆脱束缚，一个名为“世界树”的巨大构造物从凤鸣家地下涌现。附身于小日向未来的Sham-ha和复活的Noble Red3人组出现在众人面前。数日后，接受完的翼终于归队，响等人都高兴地接纳了翼。S.O.N.G.意识到Sham-ha的目的跟月球遗迹有关，与日本合作的美国正着手准备派遣队伍去调查月球遗迹。装者们执行美国的探月火箭的宝物任务期间，Alca-Noise和Noble Red3人组如期袭来。借助神之力而完全怪物化的Noble Red3人组，变回人类的梦想已破灭，无可奈何地效忠于Sham-ha，再次和Symphogear装者们展开战斗。

圣遗物“银腕Argetlaim”让玛利亚梦见到史前文明时期恩基和Sham-ha这两位神仙打架的场景。Sham-ha突袭的光束攻击击中恩基，让其身体结构逐渐转变成银。恩基砍掉左臂阻止这个转换，并用最后的力量葬送了Sham-ha。借助Noble Red3人组的转送装置，6名Symphogear装者到达月球遗迹。翼和玛利亚为寻找失散的同伴一起行动。Argetlaim射出的光线引导二人避开遗迹的防卫系统，来到了中枢部位。在那里，通过持有恩基意识的交互系统，她们知道了隐藏在人类历史背后的真相，这也涉及到Sham-ha所做一切的威胁。这时米拉阿尔克出现咋i她们面前并开始战斗，翼和玛利亚被对方完全怪物化后的强大力量和技能所压制。为了扭转局面，玛利亚和翼以合唱反击，唱起了二人首次同台演出的那首回忆的歌曲。

装者不在的地球仍面临Sham-ha的威胁。弦十郎决意去单挑Sham-ha，但艾尔芙娜茵阻止了他，并提出一个策略。那就是通过炼金术启动蒂福日城的分解机能来弑神。卡萝和艾尔芙娜茵直面Sham-ha，身披达乌尔达布拉的浮士德法衣开始战斗。即便有着绝对压倒性的战斗力差距，身处险境的卡萝逆转困局，即将时候完成弑神之际……Sham-ha却身披神兽镜Faust-Robe，以驱邪之力扼杀了炼金术的力量。而这时向地球核心推进的世界树系统正式运作。另一方面，响和克莉丝正在和意图破坏月球遗迹的凡妮莎展开战斗。对身世自卑、尽所人利用的Noble Red3人组被打回本性。但是Sham-ha控制凡妮莎的意识完成对月球遗迹爆破，扰乱人类统一语言以封印Sham-ha的“混乱诅咒”得以解除。借助Noble Red搭建的哲学迷宫通道，6名Symphogear装者离开了月球，奏起最后的绝唱，如同六颗流星降临地球。

归来的6名Symphogear装者以X-DRIVE姿态出现在Sham-ha面前。这里有着炼金术和持有神话的国家的尖端技术——并且还有永恒之枪，讨伐神明的可能性都集合起来。正如卡萝所言“颠覆神之法则”，装者们的攻击对Sham-ha造成了伤害。感觉受到威胁的Sham-ha将Faust-Robe重塑成最终决战形态，展现力量以显神之威名。卡萝挺身而出，化解了Sham-ha对装者们致命的一击，但危机依然没有改变。混乱诅咒被解除的如今，人类无法拒绝Sham-ha的强制连接，网络已经完成。拼凑生物运算终端群（人类基因）的数据片段，Sham-ha终于要以完全体复活了。即便如此，借助弑神之力的立花响孤身一人抵抗着连接，毫无畏惧地向Sham-ha挑起最后的激战。一心想夺回挚爱小日向未来，通过聚合追求被神夺走未来的人类本能，将蕴含弑神之力的拳头的诅咒，逆转成夺回“未来”的祝福。向战栗的Sham-ha直伸过去的是——为了和某人牵手而绽放之花，始终是立花响的Armer Gear。