Il chimico Cucaracha consegna un carico di stupefacenti al contrabbandiere Pablo Escobar. L'agente della DEA Steve Murphy si unisce alla lotta contro la droga a Bogotà.

Il gruppo comunista radicale M-19 sfida i narcos, mentre Murphy scopre i metodi delle forze dell'ordine colombiane dal suo nuovo collega Peña.

Murphy comprende la portata della corruzione del governo quando lui e Peña cercano di sabotare le ambizioni politiche di Escobar dimostrando che è un narcotrafficante.

Nonostante un nuovo trattato di estradizione, il governo USA investe più fondi nella lotta al comunismo, creando nuovi intralci per Murphy e Peña nella caccia a Escobar.

I narcos sono sull'orlo di una guerra con Carillo e il governo, a causa dei metodi estremi di Escobar. Peña cerca di proteggere la sua testimone Elisa.

Peña e Carillo sono alle costole di Gacha, mentre Murphy cerca di proteggere il candidato Gaviria, favorevole all'estradizione, da un famigerato sicario legato a Escobar.

Il mondo politico si schiera contro Escobar, il quale si nasconde, ma poi trova un modo per rifarsi. Murphy e Peña ottengono finalmente l'aiuto della CIA.

Un tragico errore costringe il governo a cambiare tattica nella battaglia contro Escobar, che comunque deve affrontare minacce ben più gravi all'interno del suo impero.

La caccia a Escobar sembra conclusa dopo il suo accordo con il governo, ma Murphy e Peña la pensano diversamente. E anche il cartello di Cali.