ゆきとくるみ、りーさん、みーくんの4人は、「学園生活部」の仲良しカルテット。この部活の目的は「授業だけでは触れられない学園のさまざまな部署に親しむ」こと！ 今日も、おいしいパスタに舌鼓を打ったり、園芸部の屋上庭園でプチトマトの収穫に励んだり、あるいは授業で居眠りしたり。なんだかんだと賑やかに、毎日を楽しんでいる。そんなある日、学園生活部のマスコット的存在、柴犬の太郎丸が行方不明に。学校中を探してまわるゆきたちだったが……？

今日も、朝から元気にカレー！ いつもと変わらぬ朝を迎えた「学園生活部」の4人。食事を済ませたゆきは、めぐねえの指導のもと、国語の補習授業を受けることになるのだった。しかし、窓の外はすっかり夏の気配。海に行って花火を遊んで、スイカ割りを楽しんで……。これから始まる夏休みに胸をワクワクさせるゆき。そして、夏といえばやっぱりキモ試し！ 部室に戻ってきたゆきはさっそくほかの3人に、今夜、キモ試しをやろうと持ち掛けるのだが……。

今日は、全校停電の日。料理を作ることも、シャワーを浴びることもできず、なんとなく暗い雰囲気の4人だが、ゆきが「キャンプをやろう！」と言い出したことをきっかけに、いつもの元気を取り戻す。部室にテントを張り、夜遅くまでおしゃべりで盛り上がる4人は、いつもとはちょっと違う時間を過ごす……。一方、学園生活部の顧問を務めるめぐねえは、「あの日」のことを思い出していた。いつも通りの毎日が当たり前じゃないと気付かされた、「あの日」のことを。

まだみーくんと出会う前の、ある日のこと。朝からご機嫌なゆきは、前の日の夜、とっておきのアイデアを思いついていた。そのアイデアとは、学校の外へ「遠足」に出かけること！ 「学校行事なら外に出たことにはならない」と主張するゆきに押し切られる形で、くるみとりーさんも遠足に同行することになってしまう。目的地は、郊外にあるショッピングモール。入念に計画を立て、めぐねえの車を借りて、学校の門を出ようとするが……。

「遠足」に出かけたゆきたち。彼女たちが向かったのは、郊外にあるショッピングモール、リバーシティ・トロン。そこで地下の食料品売り場に下りたくるみは、一匹の犬と出会う。それは、のちに「学園生活部」のマスコットとなる太郎丸だった。さらに太郎丸と一緒に探索を進める彼女たちは、モールの5階でひとりの少女と出会う。その少女とはほかでもない、このモールで籠城生活を続けていたみーくんだった。

「ゆく河の流れは絶えずして、しかももとの水にはあらず……」。古典が苦手なゆきは、今日もひとりで授業の居残り。そんなゆきにみーくんは、勉強のお手伝いを申し出る。『方丈記』の一文を読みながら、古典が「昔の人から送られた手紙だ！」と気付いたゆきは、興奮を隠せなかった。そんなある日、部室を整理中に一同は、レターセットを発見。ゆきの発案で学園生活部の4人は、学校の外にいるかもしれない誰かに向けて「手紙」を書くことにするのだった。

太郎丸が緑色の藻にまみれて帰ってきた！ なんと太郎丸は、屋上にある池で泳ぎまわっていたらしい。太郎丸をシャワーで洗うついでに、洗濯を済ませてしまうことにするゆきたち。晴れ上がった屋上で肩を並べ、風に揺れる洗濯物を眺めながら、4人は学校を「卒業」した後の、自分たちの将来について語り合う……。そしてその夜、寝付けないみーくんが部室を訪れると、そこにはりーさんの姿が。彼女の手には、めぐねえが残していった鍵が握られていた。

「みんな、お掃除しよう！」。部室に飛び込んできたゆきが、手にしていたのはデッキブラシ。彼女の発案で、4人は屋上の池を掃除することになる。貯水槽の魚たちを網ですくい上げた後、泥だらけの底をブラシでゴシゴシ。そうしてキレイになった池のなかで、ゆきたちは水遊び！ ビーチボールに水鉄砲、そして水風船にフリスビー……。4人は時間を忘れて思いっきりはしゃぐのだった。

外は雨。いつものように部室に顔を揃えた4人だが、そこには太郎丸の姿がなかった。食事にも戻ってこない太郎丸を心配して、校内を探索することになるくるみとゆき、そしてみーくん。太郎丸が残した足あとを追っていったくるみは、バリケードを乗り越え、学校の1階へと足を踏み入れるのであった。

突然の豪雨を避けるように《かれら》が殺到すると同時に、停電で真っ暗になってしまった校舎。学園生活部が拠点にしていた3階にも、ついに《かれら》の群れが押し寄せ始める。《かれら》に噛まれ、意識を失ったくるみを前に、りーさんは来るべきときを覚悟する。一方、地下の避難区画に薬を取りにいこうとしたみーくんだったが、太郎丸が《かれら》と化してしまった事実にそれまで張りつめていた気持ちが折れ、思わず座り込んでしまう。ゆきはそんな彼女を引きずるようにして、なんとか部室へと逃げ込むのだが……。

押し寄せる《かれら》の群れに、絶体絶命のピンチに陥る学園生活部のメンバーたち。教室に籠城するみーくんは、親友の圭を思い浮かべ、一方、衰弱するくるみを前にしたりーさんは、手にした包丁を強く握りしめる……。その頃、ゆきはめぐねえの幻に背中を押されるように、放送室を目指していた。《かれら》の群れを振り切り、ついに放送室へとたどり着くゆき。マイクのスイッチを入れたゆきが語りかけた言葉は……。