Após longos anos de guerra, a paz finalmente chegou a Gamindustri. Como de costume, porém, a deusa de Planeptune é um pouco pacífica DEMAIS - videogames são muito mais divertidos do que governar um país! Com o fim da Guerra dos Consoles, será a próxima guerra uma batalha entre Neptune e a inércia?!

Um dia no parque de diversões toma um rumo sinistro quando duas meninas (quase) inocentes são sequestradas por um monstro. Então um estranho com uma equipe de filmagem invade o Basilicom, e as coisas começam a ficar estranhas.

Vert convida todas as deusas para uma festa em Leanbox, mas quando elas chegam, ela está ocupada com outro grupo de pessoas. Então, assim que a comemoração finalmente começa, a equipe do Basilicom relata uma invasão monstruosa que faz com que todas as CPUs entrem em ação.

Nepgear, Uni, Rom e Ram são instruídas a voltar para casa após a captura de suas irmãs, mas elas não podem deixar suas famílias em perigo. Para recuperar as irmãs, elas terão que aprender a se transformar em deusas.

As irmãs mais novas partem para o resgate, enquanto Nepgear lidera a investida contra os monstros de Arfoire. Mas com as deusas cada vez mais sendo consumidas pela escuridão, será que elas conseguirão ajudá-las a tempo?

Noire está aprontando algo à noite, a portas fechadas, e Uni está morrendo de vontade de saber o que é. Felizmente, ela tem a especialista em tecnologia Nepgear para ajudá-la. Mas parece que Uni não é a única interessada no que a Noire está fazendo.

A turma aprende mais sobre Plutia, e a pior e mais odiada inimiga de Neptune aparece.

As CPUs visitam uma ilha só para adultos cheia de prazeres proibidos - por motivos de trabalho, é claro. Enquanto isso, Peashy fica de mau-humor depois de uma briga com Neptune.

Plutia fica irritada com Neptune. Porém, Gamindustri se vê diante de um problema ainda maior que a raiva de Plutia ...

O Éden faz uma proclamação ousada e invade Planeptune, mas Neptune está muito chateada para lutar, deixando Nepgear sozinha. As outras CPUs não são capazes de ajudar, porque elas também estão tendo problemas com o Éden.

Todos os problemas com o Éden terminaram e o mundo finalmente está em paz novamente - mas nem todos estão felizes com isso. Agora as shares das nações estão drasticamente desequilibradas, e isso nunca leva a nada de bom...