Z 市遇到了灾害等级龙级的危机,从宇宙飞来的巨大陨石突然开始朝著Z市落下。英雄协会虽然请求 S 级的英雄们前去应付,但面对陨石他们也是束手无策,情况令人感到绝望。杰诺斯也被召集前往英雄协会分部,但那里的职员全都已经去避难了,大楼只剩下一个空壳。同样也来到那里的S级英雄银牙告诉杰诺斯,再这样下去陨石将撞击地面,毁灭Z市。杰诺斯为了守护恩师埼玉所居住的城市,决定竭尽一己之力对抗巨大陨石。
受到深海王的袭击,灾害避难所里陷入一片恐惧,这时杰诺斯独自一人出现了。他那与深海王战得难分高下的英姿,让避难所的人们感到兴奋激动,但杰诺斯为了保护一个孩子,而被深海王所喷出的溶液击中,形势一举恶化。就在深海王要给杰诺斯无情的最後一击时,另一位英雄出现了,但那是无照骑士。身为 C 级英雄的无照骑士,跟深海王的实力相差太大,使得人们感到很失落。但即使如此,无照骑士仍是勇敢地前去与深海王对抗。
S 级英雄们突然接到紧急召唤。埼玉与杰诺斯刚好前去拜托银牙的道馆,也跟银牙一同前去。来到位于 A 市的英雄协会总部,各个杰出的 S 级英雄都已经集结于会议室 。而在他们面前,英雄协会的干部开口了,说预言百分之百会命中的先知席芭芭瓦,在预言半年以内“地球有难了”之后,就过世了。正当会议室里的气氛紧张的时候,总部的大楼发出巨大声响并剧烈震动,四周被黑暗所包围。不久,切换到紧急电源之后,在会议室等待着他们的是,刚刚那一瞬间 A 市已近乎完全毁灭的这个事实。
战斗员梅尔萨加德,从飞到 A 市上空的巨大太空船当中,降落到地面,并一脚踢开了 A 级英雄居全铁。原子武士、金属球棒、银牙,与水嫩嫩囚犯等 S 级英雄前去应战,但梅尔萨加德的肉体,受到攻击也会立刻再长出来,无法对他造成致命的伤害,他们陷入了苦战。另一方面,埼玉一个人进入大太空船内部,横扫敌军破坏船舰内部,同时朝着中枢部位走过去。敌方干部格流刚许普,对埼玉的暴行感到愤怒,他为了扭转这个局面,决定再次轰炸地面。城市瞬间被毁,这种恶梦般的惨剧再度威胁着 A 市。