居住在北海道旭川市的高中生馆胁正太郎，与以美人自居且非常喜爱骨头的大小姐九条樱子相遇了。樱子小姐基本不喜欢人类，她从小就迷恋上了所有存在的生物骨头。为了寻找新的素材，两人来到海边捡骨头，却意外发现了人的骸骨。从头骨的形状判断，樱子小姐肯定这是一位百年前女性的尸骨……

夏天的深夜，正太郎与光脚的小女孩相遇了。在警察局，这位名叫小依的女孩子的身份仍然不明，眼尖的正太郎在小依的背包上看到了血色手印，事情变得诡异起来。正太郎带着小依和警察求助樱子小姐，樱子小姐发现小依疑似遭受虐待，而那个血印似乎就是她妈妈留下的。

正太郎迎来暑假，在“传助西瓜”的诱惑下，他和樱子小姐来到当麻，前往森林公园寻找素材。就在正太郎准备询问樱子小姐有关惣太郎的事时，一对情侣突然称在森林深处发现了尸体。兴奋的樱子小姐拉着正太郎来到尸体边上，这是一位在秋天死亡的老人。让正太郎没想到的是，这位老人竟是百合子的奶奶……

雨季的某天，在内海警官的拜托下，正太郎和他一同来到樱子小姐家，请求樱子小姐帮助内海的朋友藤冈。藤冈家的每一代男人似乎都很短命，藤冈认为这种诅咒下次就轮到自己了，因此十分不安。除此之外，藤冈家还有一只被诅咒的狗，内海称其为地狱的看门狗。为了解除藤冈的心病，樱子小姐等人来到藤冈的家。

正太郎和樱子小姐在内海巡警的委托下，前来解开藤冈家族的诅咒之谜。在藤冈的书房里，大家见到了“诅咒之画”，一幅描绘着森林的古画。樱子小姐一眼就看出了这幅画的端倪，画上布满了霉菌，正是霉菌散发出的砷气导致了藤冈重金属中毒。就在大家以为一切都真相大白时，樱子小姐察觉到了异常……

旭川夏日祭开始了，百合子和闺蜜们一同前往，周围全是情侣，只有她是孤身一人。百合子不小心和闺蜜走散，就在此时一个神秘的黑衣女子引起了她的注意。黑衣女子满脸愁容，手上还拿着一封信。等百合子再回头看时，黑衣女子早已不见踪影，原地只有那封信。信封里有一个婚戒，而百合子根据信上的内容猜测该女子打算自杀。

明圣高校举办文化祭，樱子小姐前来给正太郎捧场。趁正太郎不注意的时候，樱子小姐来到一间放满骨头标本的理科教室。因为放满了骨头，这间教室被传闻会闹鬼，于是矶崎老师拜托樱子小姐处理这些标本，正太郎也前来帮忙。突然正太郎想起了樱子小姐家的某个标本，两人为此发生了争执。

理科教室里的骨头标本都是佐佐木老师的遗物，对于把女性骨头放在这里的佐佐木老师，正太郎充满好奇。他找到樱子小姐，两人一同把遗物送往老师的家里。接待他们的是佐佐木老师的姐姐春间小雪，在看过所有的遗物后，春间称应该还有一件特殊的遗物，那是婴儿的一块骨头。

百合子在准备祭祀奶奶的途中偶遇樱子小姐和正太郎，她拜托两人帮她整理遗物，找出奶奶留给她的那幅画。遗物中一共有三幅画，一幅画着骏马，一幅画着百合花，最后一幅画着一座岛。尽管樱子小姐一番推论，但她也不知道究竟是哪幅画。感情的谜团无法解开，只有回忆之中的人才能了解其真谛。

秋季已过冬季将至，正太郎、樱子小姐以及矶崎老师来到森林，开始了今年最后一次的寻骨之旅。矶崎突然接到学生家长的来电，于是三人火速赶回城里。圆一重、西泽二叶、津津见三奈美是前年的毕业生，三人关系特别亲密，然而随着西泽二叶的突然失踪，一重和三奈美不再友好，现如今一重也神秘失踪了，事态更加复杂。

三奈美带樱子小姐、矶崎老师、正太郎来到三人的秘密基地，找到了服用过量安眠药的一重，以及下落不明的二叶的尸体。一重和三奈美坚持二叶是自杀的，但在樱子小姐的分析下，事实逐渐浮出水面，二叶并非自杀，而是被一重勒死的。尸首的蝶形骨被某人拿走，事件牵扯出了另一位蝶形骨收藏者。

在旭川初雪晚降的那一天，樱子小姐向正太郎告了别，自此两人再没见过。新年就要到了，尽管正太郎对樱子小姐满是迷恋，却没有勇气去找樱子小姐。在这种情绪下，正太郎回忆起了两人的初次邂逅。白衣飘飘的美丽少女，初动凡心的稚嫩少年，煮着骨头的大铁锅，一切都从这里开始……