ある日の朝、A組のホームルームが始まろうとしたその瞬間、雄英高敷地内に敵ヴィランが侵入したとの警報が鳴り響く！A組全員が緊急出動、果たして立ちはだかる敵ヴィランとは！？

脳無\"ハイエンド\"をなんとか倒したエンデヴァーとホークスだったが、そこに新たに荼毘が現れる。一方、デクは夢の中で、あの“巨悪”らしき男と、もうひとりの男の姿を目の当たりにする。

デクが不思議な夢を見た翌日の午後、１年A組の生徒は運動場γへ。そこで１年B組との合同戦闘訓練「対抗戦」が始まる！そしてそこには、普通科C組の心操人使の姿も…！"

A組vsB組の対抗戦がスタート！梅雨ちゃんや切島ら４人と同じチームとなった心操は、B組チームに対し新技「ペルソナコード」で応戦する。しかし個性派揃いのB組も反撃に出る！

A組vsB組の対抗戦第２セット、職場体験を共に過ごした八百万と拳藤、そして同じ「闇」を駆使する“個性”を持つ同士の常闇と黒色。ライバル同士の負けられない戦いが始まる！

お互いの"個性"で第2試合は一進一退。そんな中、八百万と拳藤のライバル対決が!

対抗戦第3試合。轟の広範囲の氷結で先手を狙うA組、それに対してB組は正面突破の鉄哲、そして推薦入学の実力者・骨抜の“個性”で応戦。そこからそれぞれ1対1の怒涛の展開へ！

骨抜の“個性”を打開すべく、飯田は新技「レシプロターボ」を発動！一方、轟は鉄哲の正面突破を受け、氷結・炎熱共に鋼質化で防ぐ鉄哲に苦戦する。果たして轟の秘策とは…！？

第4試合、爆豪率いるA組チームと、推薦入学者の取蔭を中心とするB組チームの対戦。爆豪が先行するA組に対し、取蔭による戦略で迎え撃つB組は、爆豪の独断先行を利用しようと…。

対抗戦の最終戦、デクたちA組チームと物間たちに心操を加えたB組チームの戦い。チームを引っ張るデクは先行して物間と対峙するが、物間の言葉を受けたその瞬間、異変が…！

「黒鞭」が発現したデクは我に返り、試合は大乱戦へ！それぞれの“個性”の連携で拮抗した戦いが繰り広げられる中、いよいよデクと心操の直接対決が迫る。対抗戦、決着！

A組とB組の対抗戦が終わった。果たして、心操のヒーロー科編入はあるのか…？そしてデクに発現した“個性”「黒鞭」とは…？数日後、爆豪と轟がプロヒーロー仮免補講最終日に臨む！

A組生徒たちは特別講師を招いてのメディア講習に臨む。そして敵（ヴィラン）の影を受け、プロヒーローインターン活動再開の動きが。そしてA組はクリスマスパーティーでメリる！

年が明け、デク、爆豪、轟の3人はエンデヴァー事務所でのインターンへ。エンデヴァーと合流した早々に、敵ヴィラン事件が発生！駆け出したエンデヴァーを、3人は必死に追う―！

謎の敵(ヴィラン)組織にスパイとして入り込んだホークス。その組織にはなんと以外な人間の姿が…！そしてホークスからのメッセージを読み解いたエンデヴァーはデク・爆豪・轟を鍛え始める!

デクたちと同じく、お茶子と梅雨ちゃんもねじれと共にリューキュウ事務所にインターンへ！そこへ、以前梅雨ちゃんが職場体験でお世話になった海難ヒーロー・セルキーからチームアップの要請が…！

エンデヴァーの下でインターン活動中のデク、爆豪、轟は、必死にその背中を追いかけ、経験を積み上げていく。そんな中、パトロール後に3人がエンデヴァーに連れられたのは、なんと轟家だった！

轟家から帰る道中、“エンディング”を名乗る敵(ヴィラン)が急襲！そしてその傍らには、捕らえられた轟の兄・夏雄の姿が。エンデヴァー、そしてデク・爆豪・轟の3人は夏雄を救い出せるのか!?

デクたちの新年最初の授業、しかしそこに担任の相澤の姿がなかった。塚内警部の連絡を受け、敵(ヴィラン)収容施設・タルタロスに向かった相澤とプレゼント・マイクは、衝撃的な再会を果たす。

死柄木たち敵(ヴィラン)連合の前に突如現れた巨人・ギガントマキアとドクター。オール・フォー・ワンの忠実なしもべの2人は、死柄木がその後継にふさわしいかどうか試練を与える！

義爛を人質にとったリ・デストロ率いる「異能解放軍」の宣戦布告を受ける死柄木たち敵ヴィラン連合。激しい戦闘が始まり、解放軍幹部・キュリオスからの攻撃と“取材”を受けたトガは!?

キュリオスとの戦いで重傷を負ったトガを見つけたトゥワイスだったが、解放軍幹部・スケプティックの襲撃を受ける！トラウマをむき出しにされたトゥワイスの“個性”がいま爆発する―！

ついに死柄木とリ・デストロの直接対決！自身の“異能”を発揮して死柄木に容赦ない攻撃を加えるリ・デストロ。その中で、死柄木に忘れていたはずの記憶がよみがえっていく！

リ・デストロとの戦いの中で、自分と家族に起きたこと、オール・フォー・ワンとの出会い、忘れていた過去をすべて思い出した死柄木。これまでにはない凄みをまとい、死柄木が覚醒する―！

雄英1年生として3学期を迎えたデクは、更なる成長を続ける。超常解放戦線の頂点に立った死柄木は、更なる破壊の力を求める。ヒーローと敵ヴィランの戦いは、新たなステージへ。

ホークスの内偵により、死柄木率いる敵（ヴィラン）勢力“超常解放戦線線”の決起の情報を得たプロヒーローと警察は、敵（ヴィラン）一斉確保のために集結、最大規模の作戦に臨む。そこには、デクたち雄英高校ヒーロー科の生徒たちの姿もあった。そしていよいよヒーローたちが“超常解放戦線”のアジトである群訝山荘と、ドクターこと殻木球大のいる蛇腔病院に突入！エンデヴァーたちは早速ドクターを補足するが、そこに大量の脳無が出現！一気に戦いへとなだれ込んでいく。いよいよ、ヒーローと敵（ヴィラン）の全面戦争へ―！

ドクターを確保すべく蛇腔病院に突入したエンデヴァーたちは大量の脳無と交戦。No.5ヒーローのミルコは先行してドクターを追うが、ドクターは最強の脳無“ハイエンド”を目覚めさせる。圧倒的な力を持つハイエンドに、ミルコはひとり立ち向かうが…!? 一方の群訝山荘を目指すヒーローたちの中には、遠距離・広域攻撃が可能な常闇と上鳴の姿も。クラスメイトたちはサポート役の後衛にもかかわらず前衛を任された上鳴は不安に駆られる。その時ミッドナイトが声をかけて…。すると、超常解放戦線の強力な“個性”を持つ敵（ヴィラン）が現れる！

超常解放戦線の幹部の“個性”による電撃を上鳴が無力化！勢いに乗るヒーローたちは群訝山荘へ到着、敵（ヴィラン）たちを倒していく。そしてその群訝山荘では、ホークスが要注意人物のトゥワイスを拘束。人の良い性格のトゥワイスに対し投降を促すホークスだったが、彼に騙され仲間を危機に陥らせてしまった自分と、騙したホークス、そしてヒーローに絶望するトゥワイス。そこに現れたのは、不敵な笑みを浮かべる荼毘だった。荼毘の蒼い炎によってホークスは窮地に陥り、荼毘に背中を押されたトゥワイスはトガら仲間を救うべく走り出す―！

群訝山荘でのヒーローと敵（ヴィラン）の戦い。トゥワイスを殺したホークスを、荼毘が不気味な笑みを浮かべながら“個性”の蒼炎で追い詰める。素性など一切が謎に満ちた荼毘にホークスが問い掛ける。「誰だ お前は―!?」 一方、蛇腔病院ではエンデヴァーや相澤たちがドクターを追い、ハイエンド脳無と戦っていた。先行し、カプセルに入った死柄木を目撃したミルコに戦慄が走る。「これは出しちゃいけねェ!! 何を差し置いても!!」死柄木の覚醒を食い止めるべく、プレゼント・マイクが叫ぶ。そして、眠っている死柄木の脳裏に去来するものとは…!?

荼毘に追い詰められていくホークスの窮地に、常闇が飛び込んできた！ホークスがトゥワイスを殺したことを嬉々として話し、ヒーローの汚さと現実を常闇に突きつける荼毘。常闇は、ホークスを救えるのか…!? そして、蛇腔病院では、ミルコとプレゼント・マイクの攻撃を受けながらも、死柄木がついに目覚めてしまった。死柄木の“個性”が伝播し、一気に崩壊していく蛇腔病院、そしてヒーローたち。その崩壊は、デクたちが市民の避難誘導に当たっていた市街地にまで及んでいく！いよいよ、死柄木が動き出す―。「今ここから 全てを壊す」

目覚めた死柄木にエンデヴァーが攻撃するが、オール・フォー・ワンの“個性”を移植された死柄木は「超回復」で怯まない。その死柄木の頭の中に響く「ワン・フォー・オールを…」の声。以前オール・フォー・ワンが奪ったラグドールの「サーチ」でデクの位置を把握した死柄木は、高速で移動する。後を追うエンデヴァーとの無線のやりとりから、死柄木の狙いが自分だと察知したデクは、自分が囮となるべく爆豪と共に移動する。死柄木と接触したその時、グラントリノたちプロヒーローも駆けつける。いよいよ、死柄木との戦いが始まる！

死柄木と脳無“ニア・ハイエンド”たちがデクたちの前に現れた。デクから「ワン・フォー・オール」を奪おうとする死柄木だったが、相澤の「抹消」により“個性”が発動できない。しかし、死柄木はドクターによる手術によって“個性”を使わずともオールマイト並みの身体能力を発揮できるようになっていた。脚を負傷している相澤を守るべく、デクと爆豪、エンデヴァーらが死柄木に立ち向かう！一方、死柄木の命令によりギガントマキアが木々をなぎ倒しながら前進。ミッドナイトやMt.レディらプロヒーローがその前進を食い止めようとするが―!?

ミッドナイトやMt.レディらプロヒーローたちでも止められない、ギガントマキアと荼毘たちの前進。ギガントマキアを止めるには、眠らせるしかない。八百万を中心とした雄英高校ヒーロー科の生徒たちは、決死の作戦の敢行を決意！八百万の「創造」による麻酔薬を切り札に、それぞれの“個性”を活かして迎え撃つ！一方、相澤の「抹消」とプロヒーローたちによる攻撃を受けてもなお、執念に揺り動かされ、襲い来る死柄木。その手には、かつてミリオの“個性”を消した弾丸が。死柄木の執念が、相澤を、グラン・トリノを襲う!

相澤にダメージを負わせた死柄木が“個性”を使ってヒーローたちに迫る。そこに轟も駆けつけ、デクたちが死柄木と対峙する中、死柄木の身体に綻びが見え始める。蛇腔病院へのヒーローたちの突入により、身体を完成させるのに必要な4ヵ月を待たずして目覚めたため、力が定着していなかったのだ。それでも今の死柄木の「崩壊」の“個性”は、その力を触れるものから伝播させる。その時、デクが新たな“個性”を発動！空に死柄木を留め、攻撃を仕掛ける！そのデクの捨て身の攻撃を見た爆豪は、エンデヴァーと轟と連携し、デクをサポートしようとするが…!?

突然死柄木にオール・フォー・ワン(AFO)の意識が発現！「鋲突」の“個性”がデクを貫こうとしたその時、身を挺してデクを守ったのは爆豪だった。怒りを爆発させるデクが死柄木とAFOに触れられたその瞬間、デクと死柄木は“「ワン・フォー・オール(OFA)」の中”へ…！そこには、初代OFAと七代目・志村菜奈、そしてAFOの姿があった。AFOの支配に抗う死柄木、初代OFAと志村に残忍な言葉をぶつけるAFO、初代OFAが語る緑谷出久。一方、ギガントマキアに乗って移動していた荼毘とトガは、ある行動に出る。

一般人に変身していたトガと交戦するお茶子。トガは「同じ人を好きな女の子」としてお茶子に言葉を投げかけていく。彼女の想いとは…!? 一方、瀕死の重傷を負ったデクと死柄木。オール・フォー・ワン(AFO)は退散を促すが、死柄木の意志がそれを許さない。そんな死柄木とAFOを轟たちが追い詰めていく！しかし、圧倒的なパワーと巨体を持つギガントマキアが現れたことで戦いの状況は逆転する。そして、ギガントマキアの肩の上から、荼毘が轟とエンデヴァーを見下ろしながら、2人に対し衝撃の事実を告白する…。

荼毘の正体は、轟家の長男で、事故で死んだと思われていた燈矢だった。No.1ヒーローの息子が敵ヴィラン、その事実は日本国民の心を揺るがせる。燈矢がエンデヴァーに向かって炎を放とうとしたその時、死んだはずのベストジーニストが現れ、“個性”でギガントマキアに立ち向かう。しかし、燈矢の炎によって轟やねじれが焼かれ、ギガントマキアのパワーでジーニストが苦戦。その時、復活した雄英ナンバーワン、BIG3のルミリオンが駆けつける！さらに負傷した爆豪も自らのヒーロー名と共に飛び出し―! 全面戦争の決着が迫る!

ベストジーニストとルミリオンの加勢と、八百万たちがギガントマキアに敢行した決死の作戦の効果により、ヒーローたちは敵ヴィランを追い詰めていく。その時、死柄木を、仲間を救うため、Mr.コンプレスが自らを犠牲にした一世一代の脱出ショウを見せる！さらに状況が変わる中、死柄木の体を一時的に乗っ取ったオール・フォー・ワン(AFO)の命令により、大量の脳無たちが出現し、AFOはコンプレスたちを捨て、動ける者のみを連れての撤退を狙う。それを追うデク、そしてデクの中に芽生えたある思いとは…!?

大きなダメージを負った死柄木が逃走したことで、ヒーローと敵(ヴィラン)の全面戦争は一応の結末を見た。しかし、この戦いで雄英教師のミッドナイトらが命を落とすなど、ヒーロー、そして一般市民と街も多大な被害と犠牲者が…。その被害状況と、荼毘＝轟燈矢の独白により、ヒーローに対する信頼は崩れつつあった。そしてヒーローたちの中にも心が折れてしまう者も出始める。そんな中、死柄木から顕在しているオール・フォー・ワンの意識が、自らの本体を解き放つべく、間髪入れずに次なる動きを見せ始める！

オール・フォー・ワンの本体を解放するために、彼の意識が顕在した死柄木が脳無たちと共に敵ヴィラン収容施設・タルタロスを強襲！虚を突かれたタルタロス側は脳無たちの攻撃を受けて、次々と敵ヴィランたちが脱走していく。その中には、かつてヒーローとして活躍したレディ・ナガンや、デクと戦った治崎廻の姿も。そして、ついにオール・フォー・ワンが解放された。一方、全面戦争で負傷したヒーローたちが入院している病院。荼毘＝兄・燈矢との戦いを決意する轟、重傷から目覚める爆豪、そして目を覚まさず眠り続けるデクの姿が…。

大きなダメージを負ったヒーローたち。荼毘の蒼炎で重傷を負ったホークスは、ベストジーニストと共に行動。2人は、荒れる街で暴れる敵ヴィランを撃退しながら、ある場所へと向かう。そんな中、ホークスは、幼少期の自分、両親との過酷な生活を思い出していた。自分がヒーローの道に進むことになったきっかけ、そして自分の原点を…。一方、入院するエンデヴァーは、荼毘が自分の息子・燈矢であったこと、彼に焦凍が焼かれている時に動けなかったこと、そして過去にしてきたことから、病室でひとり涙を流す。そこに現れたのは…!?

エンデヴァーと氷結の“個性”を持つ冷との間に生まれた長男・燈矢は、氷結の“個性”はなかったものの凄まじい火力を宿し、エンデヴァーも期待をかけていた。しかし燈矢は炎熱の耐性がない体質だったため、燈矢の身を案じエンデヴァーはヒーローから遠ざけようとする。しかし、それが逆に燈矢の心をヒーローへ、そして父親へと向かわせてしまう。三男・焦凍が生まれ、その執念をより深くする燈矢だったが、それが自身の身を焼くことに繋がり、そこから荼毘へ…。そして今、過去と向き合ったエンデヴァーと轟家は、皆で燈矢を止めようと決意し―。

病院で眠り続けるデクは、ワン・フォー・オール(OFA)の世界の中で歴代継承者たちと向き合っていた。初代をはじめ、次々と口を開く継承者たち。力に加え“個性”も受け継ぐOFAは、継承者の体に大きな負担を強いてしまい寿命を縮めてしまう。一方でオールマイトやデクのような元が“無個性”の人間こそOFAの真価を引き出せる。それは“個性”を持つのが当たり前の現代で、デクが最後の継承者になることを意味していた。その中で7代目の志村が問う。「死柄木弔を殺せるか？」デクの答えは…!? そして、デクが起こした行動とは…!?

ワン・フォー・オール(OFA)をオール・フォー・ワンが狙っている。周囲の人間を危険に巻き込むわけにはいかないと、雄英高校から姿を消したデクは、オールマイト、エンデヴァー、ホークス、ジーニストの4人とチームアップしヒーロー活動を開始する。タルタロスから解き放たれた敵ヴィラン“ダツゴク”たちが暴れまわり、かつてデクが戦ったマスキュラーも出現。傑物高校の真堂揺が戦うが、その力になすすべがない…。そこに現れたのは、マスクで顔を覆い、歴代OFA継承者の“個性”を操るデク！マスキュラーとの再戦が始まる！

デクは、オールマイトたちとチームアップしながらも、自身は単独行動で死柄木やオール・フォー・ワン(AFO)の情報を掴もうと“ダツゴク”たちを追っていた。しかし、情報は一切つかめず、デクの焦りは募っていく。すると、デクを鋭い弾丸が襲う！その狙撃手は、元プロヒーローでありながら、ある事件によりタルタロスに収監されていたレディ・ナガン。AFOが手引きする“ダツゴク”のひとりとして、デクを生け捕りにすべく“個性”の「ライフル」の弾丸を次々に放っていく。デクはこの強敵に勝つことはできるのか―!?

“ダツゴク”としてデクを狙うレディ・ナガン。「ライフル」とオール・フォー・ワンから与えられた空中歩行ができる「エアウォーク」という2つの“個性”でデクを追い詰めていく。かつてトップクラスのプロヒーローだったナガンは、裏では公安として、世には出せない、ヒーロー社会の闇を隠すような極秘任務を遂行していた。その中で「作られた正義」に絶望し、公安委員長を殺害するという事件を起こしていたのだ。闇深き彼女に対し、デクはワン・フォー・オール3代目の“個性”である「発勁」を初めて発動させる！デクは、彼女の心を救えるのか…!?

デクの姿勢に心を動かされたナガンだったが、裏切った時に備えたオール・フォー・ワン(AFO)の仕掛けで体が爆発してしまう。デクたちはナガンから得た情報である洋館に向かうが、そこにはデクを挑発するAFOの映像が残されていただけだった。自分が狙われるせいで、周囲の人間が傷ついていく…。焦燥感を募らせるデクはオールマイトの声すらも振り払い、独りで戦うことを誓う。戦い続けていくデクの姿は、血と汚れでヒーローのそれですらなくなっていた。そして新たな“ダツゴク”が刺客としてデクを襲う。デクの危機に現れたのは―!?

死柄木とオール・フォー・ワンを追うため、たったひとりで戦うデク。血と汗に汚れ、疲弊していくデクを“ダツゴク”ディクテイターが襲う！その危機を救ったのは、爆豪たち1-Aのクラスメイト19人だった。爆豪たちはデクの身を案じ、そしてデクを独りにはせず共に戦うことを誓い、彼を雄英高校に戻そうとする。しかし、デクは彼らが傷つけられることを恐れ、離れようとする。1-Aメンバーたちはデクに必死に呼びかける。「戻ってこい！」そんな中、かつてデクに救われた飯田が手を伸ばし、そして爆豪がこれまで言えなかった言葉を口にする…。

1-A全員の必死な言葉と気持ちを受けて、デクは閉じていた想いを開く。しかし、皆の気持ちに応えられない、雄英には戻れない理由があった。雄英は、強固なシステム“雄英バリア”を搭載したことで避難民を受け入れていた。しかし、デクがいることで自分たちに危険が及ぶだろうと、避難民たちの厳しい反発の声がぶつけられる。すると、お茶子が拡声器で訴える。デクが雄英を離れた理由、独りで戦い続けていたこと、傷つき疲弊していること…。お茶子は叫ぶ。「ここを彼のヒーローアカデミアでいさせてください！」その声は、届くのか―!?

お茶子の必死の訴えに避難民は心を動かされ、デクは雄英に戻ってきた。一方で、オールマイトはデクを追い詰める結果になったことを悔い、何の役にも立たなかった自分に失望していた。するとそこへ“ヒーロー殺し”ステインが現れる。オールマイトに対して「お前はオールマイトじゃない」と言い放つステイン。それが意味するものとは…。そしてデクはクラスメイトたちと疲れた心と体をほぐしていく。一時の休息、そして見据えるのは死柄木とオール・フォー・ワン、敵ヴィランとの決着。「PLUS ULTRA」ヒーローたちは次なる戦いへと向かう！