ある日の朝、A組のホームルームが始まろうとしたその瞬間、雄英高敷地内に敵ヴィランが侵入したとの警報が鳴り響く！A組全員が緊急出動、果たして立ちはだかる敵ヴィランとは！？

脳無\"ハイエンド\"をなんとか倒したエンデヴァーとホークスだったが、そこに新たに荼毘が現れる。一方、デクは夢の中で、あの“巨悪”らしき男と、もうひとりの男の姿を目の当たりにする。

デクが不思議な夢を見た翌日の午後、１年A組の生徒は運動場γへ。そこで１年B組との合同戦闘訓練「対抗戦」が始まる！そしてそこには、普通科C組の心操人使の姿も…！"

A組vsB組の対抗戦がスタート！梅雨ちゃんや切島ら４人と同じチームとなった心操は、B組チームに対し新技「ペルソナコード」で応戦する。しかし個性派揃いのB組も反撃に出る！

A組vsB組の対抗戦第２セット、職場体験を共に過ごした八百万と拳藤、そして同じ「闇」を駆使する“個性”を持つ同士の常闇と黒色。ライバル同士の負けられない戦いが始まる！

お互いの"個性"で第2試合は一進一退。そんな中、八百万と拳藤のライバル対決が!

対抗戦第3試合。轟の広範囲の氷結で先手を狙うA組、それに対してB組は正面突破の鉄哲、そして推薦入学の実力者・骨抜の“個性”で応戦。そこからそれぞれ1対1の怒涛の展開へ！

骨抜の“個性”を打開すべく、飯田は新技「レシプロターボ」を発動！一方、轟は鉄哲の正面突破を受け、氷結・炎熱共に鋼質化で防ぐ鉄哲に苦戦する。果たして轟の秘策とは…！？

第4試合、爆豪率いるA組チームと、推薦入学者の取蔭を中心とするB組チームの対戦。爆豪が先行するA組に対し、取蔭による戦略で迎え撃つB組は、爆豪の独断先行を利用しようと…。

「黒鞭」が発現したデクは我に返り、試合は大乱戦へ！それぞれの“個性”の連携で拮抗した戦いが繰り広げられる中、いよいよデクと心操の直接対決が迫る。対抗戦、決着！

A組とB組の対抗戦が終わった。果たして、心操のヒーロー科編入はあるのか…？そしてデクに発現した“個性”「黒鞭」とは…？数日後、爆豪と轟がプロヒーロー仮免補講最終日に臨む！

A組生徒たちは特別講師を招いてのメディア講習に臨む。そして敵（ヴィラン）の影を受け、プロヒーローインターン活動再開の動きが。そしてA組はクリスマスパーティーでメリる！

年が明け、デク、爆豪、轟の3人はエンデヴァー事務所でのインターンへ。エンデヴァーと合流した早々に、敵ヴィラン事件が発生！駆け出したエンデヴァーを、3人は必死に追う―！

謎の敵(ヴィラン)組織にスパイとして入り込んだホークス。その組織にはなんと以外な人間の姿が…！そしてホークスからのメッセージを読み解いたエンデヴァーはデク・爆豪・轟を鍛え始める!

デクたちと同じく、お茶子と梅雨ちゃんもねじれと共にリューキュウ事務所にインターンへ！そこへ、以前梅雨ちゃんが職場体験でお世話になった海難ヒーロー・セルキーからチームアップの要請が…！

エンデヴァーの下でインターン活動中のデク、爆豪、轟は、必死にその背中を追いかけ、経験を積み上げていく。そんな中、パトロール後に3人がエンデヴァーに連れられたのは、なんと轟家だった！

轟家から帰る道中、“エンディング”を名乗る敵(ヴィラン)が急襲！そしてその傍らには、捕らえられた轟の兄・夏雄の姿が。エンデヴァー、そしてデク・爆豪・轟の3人は夏雄を救い出せるのか!?

デクたちの新年最初の授業、しかしそこに担任の相澤の姿がなかった。塚内警部の連絡を受け、敵(ヴィラン)収容施設・タルタロスに向かった相澤とプレゼント・マイクは、衝撃的な再会を果たす。

死柄木たち敵(ヴィラン)連合の前に突如現れた巨人・ギガントマキアとドクター。オール・フォー・ワンの忠実なしもべの2人は、死柄木がその後継にふさわしいかどうか試練を与える！

義爛を人質にとったリ・デストロ率いる「異能解放軍」の宣戦布告を受ける死柄木たち敵ヴィラン連合。激しい戦闘が始まり、解放軍幹部・キュリオスからの攻撃と“取材”を受けたトガは!?

キュリオスとの戦いで重傷を負ったトガを見つけたトゥワイスだったが、解放軍幹部・スケプティックの襲撃を受ける！トラウマをむき出しにされたトゥワイスの“個性”がいま爆発する―！

ついに死柄木とリ・デストロの直接対決！自身の“異能”を発揮して死柄木に容赦ない攻撃を加えるリ・デストロ。その中で、死柄木に忘れていたはずの記憶がよみがえっていく！

リ・デストロとの戦いの中で、自分と家族に起きたこと、オール・フォー・ワンとの出会い、忘れていた過去をすべて思い出した死柄木。これまでにはない凄みをまとい、死柄木が覚醒する―！

雄英1年生として3学期を迎えたデクは、更なる成長を続ける。超常解放戦線の頂点に立った死柄木は、更なる破壊の力を求める。ヒーローと敵ヴィランの戦いは、新たなステージへ。