빌런연합의 USJ 습격사건 이후 유에이 고교 교사들은 막연한 불안감에 휩싸이고 미도리야는 ‘원 포 올’을 완벽히 자기 것으로 만들기 위해 마음을 다잡는다. 빅 이벤트 ‘유에이 체육대회’가 다가오는 가운데 유에이 학생들은 우승을 향한 전의를 불태우고 우라라카는 히어로를 꿈꾸는 이유를 털어놓는다.

유에이 체육대회에 대한 올마이트의 기대를 들은 미도리야는 마음이 복잡해지고 1학년 A반 친구들은 각자 열심히 체육대회를 준비한다. 미도리야가 다른 과 학생들의 열의, 토도로키의 선전포고, 바쿠고의 진지함에 자극을 받은 가운데 드디어 체육대회가 시작된다.

드디어 시작된 유에이 체육대회의 제1종목은 장애물 경기. 토도로키가 선두로 나선 가운데 1학년 A반을 비롯한 다른 과 학생들도 각자 나름의 개성과 아이템으로 전력 질주한다. 무사히 첫 번째, 두 번째 관문을 통과한 미도리야는 마지막 관문 앞에서 계획을 세운다. 과연 미도리야는 제1종목을 무사히 통과할 수 있을까?

유에이 체육대회의 제1종목에서 천만 포인트를 획득한 미도리야는 제2종목인 기마전에서 팀 결성에 어려움을 겪는다. 우여곡절 끝에 우라라카, 토코야미, 하츠메와 한팀이 되고 팀원들의 능력으로 포인트를 지켜간다. 1학년 A반 모두가 미도리야 팀을 공격하는 가운데 1학년 B반의 계획이 드러나고, 미도리야 팀 앞을 토도로키 팀이 가로막는다.

유에이 체육대회의 제2종목인 기마전에서 포인트가 가장 높은 미도리야 팀은 모든 팀의 표적이 되고, B반인 모노마 팀은 바쿠고 팀을 계속 자극한다. 미도리야 팀은 천만 포인트를 되찾기 위해 토도로키 팀에게 달려들고 바쿠고 팀까지 합세한 가운데 시합은 종료된다. 각자 시합 결과에 아쉬움을 갖는 중에 최종 종목에 진출할 16명이 발표된다.

유에이 체육대회의 새 종목은 1대 1 토너먼트. 미도리야에 대한 올마이트의 총애를 느낀 토도로키는 미도리야를 출구로 불러서 미도리야 만큼은 꼭 이기겠다는 의지를 보이는데…

신소의 개성인 ‘세뇌’에 걸려든 미도리야는 장외패의 위기에서 알 수 없는 힘의 도움을 받아 2회전에 진출한다. 토도로키는 아버지인 엔데버와 신경전을 벌인 후 세로와의 시합에 나선다.

결승 토너먼트에 올라간 유에이 학생들은 각자 최선을 다해 승부를 겨룬다. 한편 바쿠고와의 시합을 앞둔 우라라카는 잔뜩 긴장해 있지만 이이다와 미도리야에게 자극을 받아 마음을 다잡는다.

드디어 시작된 바쿠고와 우라라카의 대결. 실력의 열세 속에서 최선을 다한 우라라카는 결국 패배한다. 그런 우라라카를 안타까워하던 미도리야는 우연히 엔데버와 마주치고 다시 한 번 토도로키의 아픔을 느낀다. 2회전에서 맞붙게 된 미도리야와 토도로키는 스테이지에서 마주 서게 된다.

미도리야와 토도로키의 제2회전 제1시합이 드디어 시작된다. 토도로키의 월등한 실력에 맞서기 위해 ‘원 포 올’을 사용하던 미도리야는 아버지에 대한 원망으로 왼쪽 힘을 사용하지 않는 토도로키를 자극한다. 미도리야에 의해 엄마와의 기억이 떠오른 토도로키는 마침내 왼쪽 힘을 사용하고 두 사람은 온 힘을 다해 대결을 펼친다.

토도로키와 바쿠고의 결승전은 토도로키가 왼쪽 힘을 사용하지 않은 채 끝이 난다. 토도로키는 병원으로 어머니를 찾아가고 미도리야는 ‘원 포 올’을 제대로 다루기 위한 고민을 다시 시작한다.

히어로 사무소에서의 직장체험을 앞두고 A반 학생들은 코드네임인 히어로명을 만든다. 올마이트의 옛 스승인 그랜 토리노에게 지명을 받은 미도리야는 1주일간의 직장체험을 위해 그랜 토리노를 찾아간다.

유에이 고교 1학년들은 프로 히어로 사무소에서 각자 직장 체험을 시작한다. 그랜 토리노와 만난 미도리야는 ‘원 포 올’을 제대로 다루기 위해 노력하고 새로운 깨달음을 얻는다.

미도리야를 비롯한 A반 학생들은 저마다 직장 체험을 이어나간다. 미도리야는 그랜 토리노와 훈련을 하면서 조금씩 성장해간다. 형에 대한 복수심으로 스테인을 찾던 이이다는 드디어 스테인과 마주 서게 된다.

이이다는 히어로 킬러 스테인에게 죽임을 당하기 직전에 미도리야의 도움으로 목숨을 건진다. 미도리야까지 스테인의 개성에 당하지만, 때마침 나타난 토도로키 덕분에 위기를 넘긴다. 형의 복수만을 생각했던 이이다는 미도리야와 토도로키의 모습에 깨달음을 얻는다.

미도리야와 토도로키는 힘겹게 스테인과 맞서고, 이이다는 이 두 사람의 모습에 히어로로서의 마음가짐을 다시 한 번 깨닫는다. 세 사람의 합동작전으로 어렵게 스테인을 사로잡았지만 미도리야가 노우무에게 끌려가게 된다. 그 순간 스테인이 개성을 써서 노우무를 처치하고 그대로 정신을 잃는다.

히어로 킬러 스테인이 체포되고 전국이 스테인에 대한 뉴스로 가득하다. 미도리야, 이이다, 토도로키는 함께 스테인과 맞선 후에 조금 더 성장하고 가까워진다. 스테인의 사상에 이끌린 빌런들은 빌런연합으로 모여들기 시작한다.

미도리아들이 스테인과 싸우던 그 때, 1-A 멤버들은 직장 체험으로 분투한다. 그런 가운데 해난 히어로 셀키 아래 훈련에 매달렸던 츠유짱에게 밀항자가 나타났다는 신고가 들어오는데…

직장체험을 마치고 돌아온 1-A반은 각자의 직장체험에 대한 이야기를 나눈다. 히어로 기초학 시간에 한층 발전한 미도리야의 모습에 올마이트와 반 친구들은 놀라워하고 바쿠고는 압박감을 느낀다. 올마이트는 ‘원 포 올’과 ‘올 포 원’에 대해 미도리야에게 설명하고 자신의 이야기를 하는 데 망설인다.

기말고사를 앞둔 1학년 A반은 시험 성적 걱정에 어수선하고 야오요로즈는 반 친구들과 스터디를 한다. 기말고사 필기시험을 마친 A반은 실기시험장으로 향하지만 실기 내용은 예상과 달리 학생 2인 1조와 유에이 교사의 대결이다. 아스이와 토코야미 조는 대결 상대인 엑토플라즘과 마준한다.

아스이, 토코야미 팀과 이이다, 오지로 팀은 각각 엑토플라즘과 파워 로더를 상대로 기말고사 실기시험에서 승리한다. 자신감이 떨어진 야오요로즈는 자신의 생각은 뒤로 한 채 토도로키에게 의지하지만 곧 자신감을 되찾고 이레이저 헤드에게 승리한다. 한편 우라라카, 아오야마 팀은 13호를 상대로 고전한다.

우라라카와 아오야마 팀, 지로와 코다 팀, 하가쿠레와 쇼지 팀, 미네타와 세로 팀은 각각 13호, 프레젠트 마이크, 스나이프, 미드나이트를 상대로 대결을 벌인다. 그리고 드디어 마지막 열 번째 대결인 미도리야와 바쿠고 팀 대 올마이트의 대결이 시작된다.

기말고사 실기시험 열 번째 대결인 미도리야, 바쿠고 팀 대 올마이트. 미도리야와 바쿠고가 의견 차이를 좁히지 못하는 가운데 올마이트의 공격을 받고 그 압도적인 힘에 기가 눌린다. 미도리야와의 협력을 거부하던 바쿠고는 점차 생각을 바꿔 올마이트에게 함께 맞서고 마침내 실기시험을 통과한다. 한편 스테인 추종자들이 빌런연합의 시가라키를 찾아온다.

히어로 킬러 추종자인 토가, 다비가 빌런 연합에 찾아오자 시가라키는 화를 낸다. 모두 다 함께 합숙을 떠나게 된 1학년 A반은 들뜬 마음에 쇼핑몰에 가기로 한다. 혼자 남게 된 미도리야는 시가라키를 만나서 이야기를 나누게 되고 우라라카 덕분에 위험한 순간을 벗어난다. 시가라키는 올마이트에 대한 적개심을 불태우고 여름방학을 앞둔 미도리야는 히어로를 향한 노력을 계속한다.