“個性”で人々や社会を守る職業「ヒーロー」を多く輩出する名門・雄英高校の敵＜ヴィラン＞連合襲撃事件から2日後。出久のヒーロー科1年A組の面々は、事件直後にも関わらず意気が上がっていた。日本中から注目されるビッグイベント「雄英高校体育祭」の開催が担任の相澤から告げられたのだ！活躍次第でプロのスカウトの目にも留まるこのイベントに向けて、麗日お茶子は目の色を変えて人一倍やる気満々。それにはひとつの理由があり、出久はお茶子から家族の話を聞かされる。

「君が来たってことを世の中に知らしめてほしい！」オールマイトから雄英体育祭に向け大きな期待を投げかけられ、出久は戸惑う。そんな中、ヒーロー科1-Aの教室に敵情視察のため他クラスから多くの人間が押し寄せてきた。みんなの闘志を目の当たりにし、自分を見つめ直した出久は気合を入れ直す。それぞれが特訓の日々を重ねて、いよいよ体育祭当日がやってきた！第一種目は「障害物競走」。しかしここは雄英高校。ただ障害物競争と呼ぶにはあまりにも過酷なレースがスタート！

「雄英体育祭」が開幕、1年ステージの第1種目「障害物競争」がスタートした。まず生徒たちの前に立ち塞がった巨大な仮想敵＜ヴィラン＞ロボに対し、優勝候補の轟はすさまじい冷気の“個性”を放つなど、その力を見せつける。しかし、爆豪をはじめ、他の生徒たちも負けておらず、それぞれ“個性”を発揮して先行する轟を追う。そして出久は、“個性”を使わず機転を利かせた作戦で勝負！1位をめざしゴールに向かって競り合う爆豪と轟を相手に予想外の猛追を見せる！勝負は最終関門へ！

大逆転で障害物競走1位を獲得した出久。第2種目は、障害物競走の順位によって割り振られたポイントを奪い合う「騎馬戦」。1位で1000万ポイントを与えられた出久は、お茶子、サポート科の発目明、常闇踏陰とチームを組む。2位の轟は「戦闘で左手の炎は使わない」とあくまで右手の氷結だけで戦うことを誓い飯田たちとチームに。開始と同時に、他チームから次々と狙われる出久チームだったが、見事な連携で回避する。一方、爆豪チームは、物間寧人がまとめるヒーロー科1-B組の作戦に翻弄され…。

体育祭1年ステージ第2種目「騎馬戦」終盤戦。轟・飯田・八百万・上鳴チームは、それぞれの“個性”を活かした攻撃で他チームを足止めにし、出久チームに襲い掛かる。出久チームも冷静な洞察力でかわし続けるが、飯田の裏技で形勢が一気に逆転する。そんな中、あくまで「完膚なきまでの1位」を目指す爆豪は、自分を出し抜いた物間に向かって突進！そして、出久も決勝ラウンド進出を目指して、ついに“個性”ワン・フォー・オールを発動させる！果たして、騎馬戦を制するのは…！？

体育祭は1対1のトーナメント戦へ。そんな中、轟は騎馬戦で出久からオールマイトに似た“なにか”を感じ、出久に自らの境遇を語り始める。轟は、No.2ヒーローのエンデヴァーがオールマイトを超えるヒーローにするために個性婚で作った子供だったのだ。母の心を傷つけた父親を否定するため、轟は父親の“個性”である右手の炎を使わずに勝つことを告げる。それを受け、出久も「自分を救けてくれた人のために、ヒーローになるために勝つ」と宣言する。そして出久の1回戦、普通科の心操との戦いが始まるが…。

雄英体育祭本戦の1回戦、出久と普通科・心操人使の戦いがスタート。開始早々、心操の尾白を侮辱する言葉に反論しようとした出久は、心操の“個性”である「洗脳」にかかってしまう。心操から場外負けを指示され、出久の身体は勝手に動き出し、まっすぐ場外へと向かう。しかし、出久の頭の中で何かが反応し、指にワン・フォー・オールを発動させた激痛で正気に戻り、踏みとどまった！心操の“個性”を破った出久は反撃を開始する！一方、1回戦に向かう轟は通路でエンデヴァーに呼び止められ…。

父エンデヴァーへの憎悪を募らせる轟は、1回戦で瀬呂を秒殺。2回戦で出久と対戦することになった。B組の塩崎に対し上鳴は余裕の表情で放電しようとするものの、塩崎の“個性”でこちらも秒殺。飯田は対戦相手の発目明の「対等に戦いたい」というスポーツマンシップに心を打たれ、彼女が作ったサポートアイテムを身に付けて試合に臨むが…。常闇vs八百万、青山vs芦戸、切島vs鉄哲と試合が続く中、爆豪とお茶子の対戦が迫る。爆豪対策を伝えようとする出久をさえぎり、お茶子は言う「決勝で会おうぜ！」

爆豪とお茶子の戦いが始まった。「無重力」の個性で浮かせば勝利に近づくお茶子は、先手必勝とばかりに開始と同時に突進するが、爆豪の「爆破」の前に近づくことすらできない。一方的な展開となり、勝負をつけない爆豪に観客からブーイングが飛ぶ。しかしその爆豪の戦い方は、お茶子の力を認め、警戒してこそのものだった。そんな中、お茶子が試合中に密かに仕掛けていた決死の作戦を繰り出す！「私もデクくんみたいに」勝負をかけて爆豪に突っ込むお茶子だったが…。そして、いよいよ出久と轟の決戦が近づく！

出久VS轟。開始早々、轟は一瞬で勝負を決めようと“個性”で強力な氷結を繰り出すが、出久は自損覚悟で「ワン・フォー・オール」を発動して対抗する。轟の攻撃を“個性”で凌ぐ度に負傷していく出久。「オールマイトのようなヒーローになりたい」その一心でボロボロになりながらも立ち向かってくる出久に、心が揺れ動く轟。むかし母からもらった言葉を思い出し、ついに轟は左手の“個性”を解放する！炎熱を身にまとう。「俺だってヒーローに…！！」お互い100%のぶつかり合いの行方は…！？

封印していた父エンデヴァーの“個性”を使って出久に勝利した轟だったが、まだ心の中には迷いがあった。一方、大怪我を負った出久は、治癒してくれたリカバリーガールに、破滅的な戦い方を戒められる…。一方、準々決勝で爆豪と切島が対戦し、切島の「硬化」を破った爆豪が勝利。そして飯田は、兄のプロヒーロー・インゲニウムへの優勝報告を目指し、轟との準決勝へ。長期戦は不利と見て必殺のレシプロバーストで勝負に出る！同じ頃、インゲニウムが「ヒーロー殺し」と呼ばれる敵（ヴィラン）の凶刃に倒れ…。

雄英体育祭が閉幕。テレビ中継されていたことで、出久ら1年A組の生徒たちは一躍有名人に。そんな彼らの次の授業では、生徒が自分のコードネーム、いわゆるヒーロー名を考えることになった。プロとして活躍するヒーローの仕事に同行する「職場体験」をするためだ。生徒それぞれがテンション高くヒーロー名を披露していく中、重傷の兄インゲニウムのことを思う飯田は複雑な表情で…。そして、出久にはあるプロヒーローから職場体験の指名が入る。そのヒーローは、オールマイトの師匠・グラントリノだった。

出久が職場体験のために訪ねたオールマイトの師匠・グラントリノ。一見とぼけた老人だが、一転してすさまじい速さで動くその姿に出久は驚く。いきなりの実戦形式の訓練であっさり抑えられてしまった出久は、グラントリノの言葉をヒントに「ワン・フォー・オール」を自在に使うための特訓に励むが…。一方飯田は、兄の仇である“ヒーロー殺し”ステインを狙い、兄がやられた現場である保須市にやってきていた。そしてそのステインに死柄木弔が接触。死柄木はステインに敵＜ヴィラン＞連合の仲間になれと迫るが…。

個性を全身に張り巡らせる「ワン・フォー・オール フルカウル」をつかんだ出久。まだ不十分ながらも出久の成長を見たグラントリノは、早速出久を敵＜ヴィラン＞退治に連れ出した。そんな中、衝突しながらも手を組むことになった死柄木とステインが保須市に現れる。死柄木が3体の脳無を放ち、街は大パニックに！偶然脳無が襲った電車に乗っていた出久とグラントリノも保須市に向かう。そして、街が混乱する中、信念に従いヒーロー殺しを続けようとするステインに、憎悪に燃える飯田が対峙する！

自分の悪名をとどろかせようと死柄木が放った脳無が暴れ回り、保須市の街は大混乱に。その中でついに兄の仇ステインを見つけた飯田は、憎悪のまま襲い掛かるが難なくかわされ、抑えつけられてしまう。飯田を「ヒーローの贋物」として殺そうとするステイン。そんな絶体絶命のピンチに出久が駆けつけた！出久は「ワン・フォー・オール フルカウル」で立ち向かうが、ステインの「凝血」の個性で追い詰められていく。そこに出久から連絡を受けた轟も現れ、出久と2人でステインに挑む！そんな2人の姿を見た飯田は…！

動けない飯田たちを守るため、身を挺してステインに立ち向かう出久と轟。飯田は2人の姿から自分の心の未熟さを痛感しながらも、力を振り絞って立ち上がる。そして出久のフルカウル、飯田のレシプロバースト、轟の炎熱の連携によりついにステインを倒した！しかし安心したのもつかの間、“空を飛ぶ脳無”が現れ、出久を連れ去ろうとする。それを助けたのは、なんとステイン！「贋物のヒーローと、いたずらに力を振りまく犯罪者も殺す。正しき社会のために。」そんな己の信念を貫くステインの姿だった…。

ステインは倒され、逮捕された。その戦いで飯田は腕に後遺症が残る怪我を負ってしまう。さらに許可なく個性を使って戦った出久、飯田、轟は、警察から処分対象であることを告げられるが…。一方、グラントリノは、弟子であるオールマイトに対し、ステインと敵＜ヴィラン＞連合がつながっていたことを告げ、ステインのカリスマ性により、これまで世間に潜んでいた“悪意”たちが連合に繋がっていくことを危惧する。その言葉に、オールマイトは自らの宿敵である「オール・フォー・ワン」の影を感じるのだった。

出久たちがステインと戦っていたその頃、爆豪やお茶子、八百万たちヒーロー科1-Aの他のメンバーも職業体験で奮闘していた。梅雨ちゃんが海難ヒーロー・セルキーの巡視船での職業訓練に臨む中、密航者が海域に現れたという通報が入る。梅雨ちゃんはセルキーから相棒のシリウスと共に巡視船での待機を命じられ、少し不満顔。しかし、セルキーが乗り込んだ密航者の船は囮で、敵（ヴィラン）のインスマスがもう一隻の船で港に近づいていく！セルキーからの信号を受け、梅雨ちゃんとシリウスはインスマスの船に乗り込む！

職場体験が終わり、出久をはじめ生徒たちが学校に戻ってきた。ヒーロー基礎学の授業で出久は「ワン・フォー・オール フルカウル」を披露してクラスメイトを驚かせる。その放課後、出久はオールマイトから「ワン・フォー・オール」の成り立ちと、それが生まれた根源であり、“個性”を奪い他に与えることができる“個性”を持つ巨悪「オール・フォー・ワン」のことを聞かされる。「オール・フォー・ワン」は、オールマイトらヒーローたちが守る「平和」を壊そうと、自らの後継として死柄木を育てようと、暗躍していた―！

期末テストが迫ってきた！このテストで赤点だと夏の林間合宿には参加できないため、1-Aの生徒たちはそれぞれ猛勉強に励む。そんな中、爆豪は成長を続ける出久に敵対心をムキ出しにする。テストの筆記試験を終え、迎えた演習試験当日。その試験内容は、より実戦に近い教えを重視するため、雄英教師vs2人1組の生徒によるバトルだった！そして出久はなんと爆豪とコンビを組んでオールマイトと対戦することに！早速試験がスタート、切島&砂藤のコンビはセメントスと、梅雨ちゃん&常闇のコンビはエクトプラズムと対決する！

期末テストの演習試験、雄英教師vs生徒のバトルがスタート！梅雨ちゃん&常闇のコンビは、エクトプラズム相手にに苦戦するが、お互いの個性を活かして見事にクリア！続いて轟&八百万は相澤と対戦する。八百万は体育祭から自信をなくし、轟の指示に従うばかり。そこを相澤が奇襲、2人はピンチに！轟は何か言いたげな八百万に、彼女の考える作戦を仕掛けることを提案。轟の言葉で自分を見つめ直した八百万、作戦は成功するのか！？そして飯田&尾白はパワーローダーと、お茶子&青山は13号と合いまみえる！

13号の「ブラックホール」でピンチに陥ったお茶子&青山だが、青山からお茶子へのあるひと言をきっかけに形勢が逆転！上鳴&芦戸は、校長の頭脳の前になすすべなく敗北！続く耳郎&口田はプレゼントマイクの「ヴォイス」で追い詰められるが、ここで口田の個性「生き物ボイス」が炸裂する。障子&葉隠はスナイプとの索敵合戦に勝利。峰田&瀬呂vsミッドナイトは、瀬呂が眠らされ峰田は逃げ惑うのみ。しかし、機転を利かせた作戦と必殺グレープラッシュでクリアする！そしていよいよ出久&爆豪vsオールマイトが始まる…！

出久&爆豪チームvsオールマイトの演習試験がスタート！出久の言葉に爆豪はまったく耳を貸さず、2人はまるで噛み合わない。そこにオールマイトはすさまじい威圧感で襲い掛かる！爆豪は出久を無視してに立ち向かうがまるで歯が立たない。「デクの力を借りるくらいなら負ける方がマシだ」そんな爆豪に出久は言う。「勝つのを諦めないのが君じゃないか！」お互いにさまざまな想いが積もり重なってしまった出久と爆豪。試験をクリアするため、ヒーローに一歩でも近づくため、2人はついに協力し合い、オールマイトに立ち向かう！

期末試験が終わり、夏の林間合宿が近づいてきた。出久たちは合宿に向けてショッピングモールに買い物に出かける。その中で出久に迫る一人の影…死柄木弔。出久の首に手をかけ、死柄木は言葉を投げる。「俺とヒーロー殺し、何が違うんだ？」出久は答える。「僕もヒーロー殺しも始まりはオールマイトだった」。それを聞いた死柄木に≪信念≫が宿る。「オールマイトを殺し、オールマイトのいない世界を創り、正義が脆弱であることを暴いてやる」。出久と死柄木…「全部、オールマイトだ」。ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いは、これから―！！