被孤兒院趕出門，在橫濱街頭遊蕩的中島敦，擔心自己會橫死街頭，下定決心不管做什麼都要想辦法活下去。正當他打算洗劫路人的時候，遇到落河自稱尋短的奇妙男子太宰治，並將他帶回武裝偵探社說要介紹工作……

加入武裝偵探社的敦，因為沒辦法控制自己的特殊能力，覺得無法勝任這個工作。接到國木田的緊急聯絡後，太宰和敦趕回偵探社，發現偵探社被炸彈魔佔據，並挾持一名職員作人質，要求社長出面交涉……

敦順利通過入社測試，成為偵探社的正式員工。當菜鳥的慣例是要猜出前輩們上一個職業，敦一一推出前輩們的上一個職業，唯獨太宰仍然是個謎。就在這時，有名女子委託偵探社調查暗巷內的不法行徑……

由於太宰出手相救，順利從芥川手中得救的敦，得知港區黑幫懸賞70億要活捉他，而且可能會讓偵探社變成黑幫攻擊目標，讓他內心自責不已。為了不給任何人添麻煩，敦決定離開偵探社，並主動聯絡黑幫的樋口……

受到港區黑幫武鬥派黑蜥蜴的攻擊，武裝偵探社依舊從容地將其擊退。太宰要敦去幫忙江戶川亂步辦案，因為亂步雖然有超越常人的推理能力，卻是連電車都不會坐的大路癡……

偵探社收到委託，調查橫濱的觀光客連續失蹤案。國木田向駭客田口六藏尋求情報，得到被害者的照片和「蒼之使徒」這個謎樣的名字……

蒼之使徒預告自己設置了炸彈，如果沒有在時限內解除，將在市區引發大規模爆炸，同時散播關於武裝偵探社的醜聞。這次作戰關係到偵探社的存亡，社長福澤也親自向所有成員下令……

雖然太宰突然行蹤不明，但是武裝偵探社的員工們似乎習以為常。偵探社專職醫生與謝野晶子強拉敦陪她購物，途中卻在電車上遇到港區黑幫襲擊……

受人利用，以特殊能力暗殺目標的少女泉鏡花，被敦救回偵探社接受治療。國木田要求敦將鏡花交給警方，但是這麼做鏡花肯定死罪難逃，敦內心不斷糾結……

太宰的前搭擋中原中也來探監，懷疑他是別有企圖才故意被監禁在此。此時，敦被芥川綁架以船運往金主所在之處，為了幫助敦逃走，鏡花決定與芥川同歸於盡……

重傷陷入昏迷的芥川，面對綁架人虎失敗，還有舊仇家尋仇，只有後輩樋口依舊站在芥川這一邊。她深知自己能力不足，但仍堅持所選的道路；另一邊，敦跟賢治出門查案，賢治的率直單純和問案手法，讓他佩服不已……

懸賞敦的幕後黑手，是名為「公會」的特殊能力集團。綁架失敗後，團長法蘭西斯決定親自拜訪偵探社，帶著大筆金錢意圖買下偵探社的特殊能力營業許可證，被社長福澤一口回絕……

深夜濃霧，織田作之助來到酒吧「路平」，看見太宰已經坐在店內獨自啜飲。之後，受命採購走私品歸來的坂口安吾也來到酒吧。在惡名昭彰的組織港區黑幫的手下工作的這群男人，聚在一起飲酒是他們的日常。某日，安吾突然失蹤，保管黑幫武器的倉庫遭竊，首領命令織田作去搜尋安吾的下落。

織田作時常去某家小飯館，除了喜歡吃老闆做的咖哩飯之外，還有一個很特別的祕密。他把以前因為黑幫械鬥失去雙親的孤兒，託付給老闆代為照顧。織田作為了找尋安吾的蹤跡，前往和他初次相遇的某個地方。另一邊，設下陷阱欲活捉Mimic士兵拷問的太宰前去確認成果，到了現場只發現一堆屍體。

港區黑幫召開五大幹部會議，首領對所有幹部下令全力迎擊犯罪組織Mimic，混戰之中Mimic的首領紀德現身了，他操縱不明的異能力壓制芥川的行動，幸虧織田作適時出面解救了芥川。最後織田作好不容易找到了安吾，但是安吾的態度似乎不尋常，此時一群身穿精良裝備的黑衣部隊突然出現。

由安吾引薦，港區黑幫首領森鷗外和內政部特殊能力特務課最高指揮官長官，雙方進行非正式會談。織田作親眼看見收養的孤兒們被虐殺，他再也無法維持以往的冷靜，最後決定獨自前往Mimic的老巢與敵對組織首領一決死戰。

鏡花希望未來可以不需要靠殺人維生，因此加入武裝偵探社。她第一份工作是去法院幫社長跑腿送文件，卻在法院引起大騷動。第一份工作卻嚐到失敗的鏡花顯得很沮喪，阿敦鼓勵她下次會更好。此時鏡花的手機響起，手機裡不明的聲音命令鏡花的夜叉白雪殺了阿敦，阿敦頓時陷入危機之中。

瑪格麗特和納撒尼爾受命看管協會的據點－一艘豪華郵輪。他們收到一封黑函，威脅說要取走他們倆的性命還有整艘郵輪，發信人是港區黑幫首領森鷗外。然後黑幫成員梶井基次郎出現在郵輪甲板上，納撒尼爾認為梶井的檸檬炸彈威力不強，這個刺客應該可以輕鬆解決，殊不知…。

擔心一般偵探社社員受到敵襲，社長安排奈緒美和春野到深山旅館內避難，但是港區黑幫把旅館位置透漏給協會，協會派人去綁架兩位女社員。谷崎趕到現場，爭取時間幫助奈緒美和春野逃難。太宰察覺到自己被跟蹤，從暗處揪出樋口並逼問她情報，才知道港區黑幫首領為了戰爭釋放幫內危險份子－Q。

法蘭西斯當著鏡花的面綁架阿敦，鏡花使出所有招式仍然擋不住攻擊，連逃跑的動線，也都被協會參謀總長路易莎的計畫所掌握，最後無法解救阿敦的鏡花，陷入自責的絕望之中。阿敦被囚禁在協會的空中要塞白鯨號。同時Q也被協會綁架囚禁在郊區，法蘭西斯利用Q的能力發動「緊急計畫」…。

阿敦提議偵探社和港區黑幫結盟，雖然看似荒唐的意見，但兩大組織首腦還是進行了密談。但是森鷗外認為結盟可能會對組織不利而拒絕結盟，福澤諭吉表示至少今晚的行動黑幫不要干涉。當晚，太宰前往郊區小屋拯救Q時，遇到同樣領命而來的中原中也，過去傳說中最強的組合－雙黑搭檔再次攜手合作。

協會刺客坡邀請亂步參加他的推理遊戲，亂步和與謝野醫師赴會卻被坡的異能力困在小說的世界裡。坡說只要亂步能破解他的謎題，就可以得到協會的機密文件。另一方面，太宰去醫院探望安吾，希望警方釋放鏡花，同時太宰也向阿敦提出單獨潛入白鯨號的作戰計畫。

阿敦在白鯨號內找尋控制裝置，擋在他前面的是宿敵芥川。芥川要求阿敦再次一決高下。阿敦完全無法理解芥川為何在橫濱即將毀滅之際，滿腦子只想到私人恩怨。阿敦照著太宰的指示從芥川的阻擋順利脫身，奔向控制裝置所在地，卻發現控制裝置的守衛是全協會最難纏的那個人。

法蘭西斯賭上自己所有的財產放手一搏，卻被芥川和阿敦聯手擊敗。雖然搶到白鯨號的控制裝置，但是白鯨號仍然被不明人士遠端操控著，直撲橫濱市中心而去。萬念俱灰的阿敦，聽到通話系統傳來鏡花的聲音，鏡花說用她乘坐的無人機當炸彈，將白鯨號擊墜就可以拯救所有人…。

Port Mafia leader Mori Ougai orders a fifteen-year-old Dazai Osamu to investigate the appearance of a certain individual in the Yokohama Settlement area.

Dazai Osamu and Nakahara Chuuya are attacked by GSS soldiers in the middle of investigating an explosion caused years ago by Arahabaki.

Nakahara Chuuya and Dazai Osamu reveal the truth behind Arahabaki, Randou, the former Port Mafia boss and Chuuya himself.

Port Mafia executive Ace captures Fyodor, who was behind the destruction of the Moby Dick. Keeping him captured may prove to be more difficult.

The café that the Detective Agency members frequent is attacked by The Park, who are after the Guild’s property.

The Agency is tasked with finding and delivering an important document. A man is hit and killed by a truck. His identity shocks Atsushi.

Louisa reunites with Fitzgerald, but he’s not quite the man he used to be.

The leaders of the Port Mafia and the Detective Agency are attacked by an assassin in a mask, leaving both of them ill.

Tensions between the Detective Agency and the Port Mafia run high as they both scramble to save their own leaders while avoiding an all-out war.

The Detective Agency president is in safe hands for now, but unless he or the Port Mafia boss dies, a full-scale war between the two organizations is inevitable.

Mori Ougai and Fukuzawa Yukichi fight to the death in a desperate bid to save the organizations they lead from falling into a devastating war.

The gifted responsible for the virus is on the run as Nakagawa Atsushi and Akutagawa Ryunosuke chase after him. Meanwhile, the Detective Agency has the Rats’ hideout surrounded to try to capture Fyodor Dostoevsky.

在處理一起謀殺案時，福澤意外遇到了瞬間就能破案的亂步

福澤使亂步相信自己是一名異能者。他警告福澤劇場內將發生一起謀殺案。

亂步和一名警官一同回顧案發經過。與此同時，福澤發現亂步留下的有關犯人的線索。

亂步決心要證明獨步的清白。他與坡會面以查出魔人費奧多爾的同謀。

警方未能拘留對兩起案件負有責任的小栗蟲太郎，但亂步拒絕讓他逍遙法外。

偵探社在追查連環殺手，而亂步則追查偵探社即將滅亡的真相。

偵探社成員皆被視為罪犯，亂步被抓。 與此同時，獵犬作為援軍抵達。

與謝野揭露了自己在森鷗外手下作為異能力主義者，導致森和福澤的同盟決裂的過去。

法蘭西斯的交易原來是個陷阱。 在獵犬的追蹤下，偵探社的成員分散逃跑。

敦和鏡花幫助蟲太郎越獄。然而，他們被由坂口安吾帶領的特務科目包圍了。

借助露西的幫助，偵探社前往奪回書頁。與此同時，獵犬正前往天空賭場。

燁子與希格瑪正面交鋒。再次潛入港口黑手黨後，立原重新思考偵探社的清白。

在紐約街道上空的天空賭場，一枚與恐怖襲擊一起被探測到的硬幣炸彈爆炸了。 類似的事件隨時隨地都可能發生。 當國木田在病床上無助地收看新聞時，條野出現並達成了一項無情的交易。 與此同時，敦試圖從失去希格瑪的絕望中恢復過來，希格瑪是他奪回書頁的唯一線索。 然而，他卻莫名地陷入了昏迷。

天人五衰之首，神威擁有該書頁。 福澤向武裝偵探社的社員下達了“破案”的命令，多虧了亂步的努力，他們現在重獲了自由。 亂步大搖大擺地以通緝犯的身份走進一場會議，揭露了真相，成功說服部分警察採取行動。 與此同時，在聯合國，多次拯救世界於重重危機的“武士”，福地櫻痴在他為建立保護人類的組織——“人類軍”發表演講時，贏得了陣陣掌聲。

福地原來是天人五衰之首，神威。 當敦孤獨無助地站在強大的對手面前時，芥川出現了。 他接受太宰的命令，成為他的“眼睛”和尾隨敦。 為了打敗福地，敦和芥川試圖結合自己的異能來發動突襲，但是……福地伸手進入超空間並拔出了神刀雨御前。 “歡迎來到戰場。”

睡在棺材裡的天人五衰的最後一個成員，伯蘭。 被他咬傷的人都會成為他控制下的僕人。 福地將利用自己作為誘餌，讓敦逃走的芥川變成了伯蘭的僕人，並利用他在港口黑手黨中大肆破壞。 立原懷疑鐵腸的言論，說這一切都是武裝偵探社計劃的一部分，他請求許可進行調查，但遭到福地拒絕。 立原隨後建議將一個包含該事件證據的存儲設備交給偵探社擁護派的主要人物，並將該設備留給了福地。

大指令，可以讓使用者控制部下的思想，讓他們完全按照命令行事的異能武器。第一次世界大戰留下的可怕武器即將落入試圖統治全世界軍事力量的福地手中。 為了阻止即將統治世界的天人五衰，武裝偵探社的成員們首先前往機場。 此時，文正好在機場，不幸的事正在等待著她。當她無意間聽到獵犬談論偵探社的事時，條野感覺到她跟偵探社之間存在著某種聯繫。

條野在到達機場之前就發現了福地的真實身份，就跟立原一樣，被操縱時空的強大刀劍擊敗。 然而，在預測到他會失敗後，條野指示文跟蹤他到他與福地交戰的房間。 為了躲避似乎察覺到自己存在的福地，文躲藏在某個地方……與此同時，偵探社透過披露有恐怖分子伏擊的消息，成功地讓歐洲護衛官遠離機場。 不過，費奧多爾的計劃還是比亂步領先一步。

尼古拉和希格瑪出現在默爾索。 注射了 30 分鐘內致命的毒藥後，費奧多爾和太宰接受了死亡挑戰，他們將逃離監獄，為解藥而戰。 尼古拉熱情地透露世上最強大的警備機構正在地面上的出口處等待，同時向兩人提供了一系列可供選擇的工具。 就在這時，太宰選擇了那個工具……與此同時，福地意識到伯蘭已被帶走，並命令吸血鬼尋找罪魁禍首。

敦同意讓燁子與亂步會面。 然而似乎有些不對勁。與此同時，希格瑪已經受夠似乎對越獄不感興趣的太宰。

偵探社社員一一成為了人質。 不過，福澤現在已經清楚，福地的動機並不是毀滅國家。

敦在機場找到文和伯蘭，卻遭到芥川伏擊。 與此同時，隨著中也的到來，局勢發生了變化，費奧多爾和太宰之間的比賽變得對太宰不利。

敦的話未能傳遞給芥川，敦差點被羅生門撕碎。同時，在默爾索，太宰被中也開槍擊中頭部。福地背棄了與聯合國委員長的協議，利用大指令的力量觸發了所有軍隊的入侵。隨著無數軍用直升機在天空中翱翔，核導彈開始發射。人們絕望地望向天空。為了將伯蘭從福地的控制中解救出來，文拼命拔出聖劍…