在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄。在咖啡厅，服务员星野辉子被名为人吉尔朗的神秘人拜托，抢夺商业间谍的机密。然而事实并非如此，辉子在抢夺中还暴露了自己是魔女的秘密。没想到尔朗隶属于保护和管理这些超人的组织“超人课”，他的目的究竟是什么呢？

城市突然遭到黑雾袭击，而这一现象的原因尚不明确。某日，星野被尔朗带到监狱，见到了这次任务的主要目标，妖精风郎太。风郎太被尔朗带到超人课，为了制止风郎太做坏事，超人课决定监视他，风郎太称操纵黑雾的是塔耳塔洛斯虫人。就在这时，风郎太遇到了名叫卡姆贝的神秘女孩……

日本重工业的中心八束重工发生了多起爆炸，沉寂三年的连续爆炸犯又开始活动了，超人课负责调查此事。柴警官对超人课一直心怀不满，这次的犯人又正好是某个超人，柴警官与超人课分头行动，查找犯人。在郊外的工厂，他们遇到了一位迷之少女，她似乎正在寻找着什么……

自从专门铲除怪兽的超人“格罗斯欧根”回到母星后，怪兽事件就一直是个难题。尔朗主张打倒所有怪兽，对此辉子并不赞同。随着怪兽出现增多，数年间减少活动的超人们和新的超人也都接连活跃起来。辉子、风郎太和尔朗三人遇到了怪兽电台的社长松本，松本称怪兽是人类孕育出的东西。

乌鲁提莫大师是外星人和地球人所生的天才科学家，是个乘火箭在太阳系里往返的超人，他在火星抓住的宇宙怪兽被美军当做兵器使用。美国国防部称配属在冲绳美军基地的巨大生物遭遇事故死亡，超人课前往调查，但并未找到怪兽的尸体。民众举办大规模游行，尔朗遭遇偷袭，在众目睽睽之下变身怪兽……

风郎太发现了尔郎的踪迹，他孤身一人走进剧场，发现这里正在表演的“Mountain Horse”四人与超人有关，尔郎则坐在台下喝闷酒。为了调查真相，风郎太潜入杉本事务所。Mountain Horse之所以获得这份不可思议的力量，与三年前的武道馆之夜有关，三年前的演唱会上究竟发生了什么？

犹大曾是犯罪组织噬钻者的一员，如今他刑满释放，成为了超人课的一员。机械少女阿斯被人们视作“正义一方的伙伴”，只要是阿斯的决定，那一定就是正义的。日本总理决定让日本参加DFE地球防卫军，但许多民众持反对态度，对此总理想要利用阿斯，削弱反对游行的影响。

多次险些毁灭日本的邪恶超人“路西法之瞳”再度现身，并发出预告函，称要从收藏家那里抢走与天弓骑士有关的物品。少年侦探BL团被收藏家委托当警卫，今晚就是预告所指的时间。BL团的团长音无弓彦身份成迷，星野进行调查却一无所获。尔朗把小时候救过自己一命的天弓骑士当做英雄，于是他决心插手这次事件。

川崎的乙醚工厂发生爆炸，看似无一幸免的爆炸事故，竟真的有幸存者出现，而且是离工厂最近的一家六口。这家人的异常引起了超人课的注意，大家怀疑那家人的真实身份全是超人。兵马对这家人的情况有所了解，原本是七口之家的神秘家庭少了一人，这个人现在究竟在哪里？他们的超能力又是什么？

欺诈超人被一位普通老爷爷绑架，超人课前来救援。就在此时，现场突然发生爆炸，一艘飞船凭空出现，这艘飞船隶属于组织IQ，他们会处决所有自己认为邪恶的存在。IQ不光消灭了老爷爷，就连被绑架的欺诈超人也一起杀害。IQ针对的下一个目标就是超人课，而兵马竟和这个组织有关……

一个名叫克劳德的怪人不断质疑超人存在的意义，超人课正是他们的眼中钉。在横须贺港的游行现场，柴警官和星野遇到了克劳德，双方谈判无果。克劳德的体内是能够变换金属的工厂，任何金属攻击都对他无效。克劳德破坏了装载有超人力量的潜水艇，他的目的究竟是什么？

克劳德又出手了，这次遭殃的是一家诊所，诊所的医生和护士全部遇难。众人来到地下室，发现这间诊所在用超人做实体实验，而克劳德的目的是为被害的超人们复仇。星野误以为克劳德的本体就是尔朗，而她也渐渐认同克劳德的做法。星野被克劳德蛊惑进而黑化，就连真正的尔朗就在眼前也无动于衷。

小笠原研究所有一百多位超人遇害，矛头直指怪剑克劳德，更有人猜测超人课也参与其中。课长牺牲，尔朗他们决心要为课长报仇。针对超人的游行愈演愈烈，超人法将被重新修订。笑美称只有把星野变成人虎才能让她恢复原样，并要尔朗承诺等星野恢复后就不再见她，各方势力在新宿引发混战。

尔朗闯入柴警官家里，悠闲地吃着泡面看电视，还霸占人家的插头让柴警官充不了电。两人大吵一架，没有电力的柴警官很快就失去了行动能力。超人课帮忙进行超人警卫保障的装备测试，今后超人课和民间超人都归国家共同保安队指挥，超人已经不是受保护的存在了，而是危险的“犯罪集团”……

神化46年的新宿，城市发生多起针对外星人的杀人事件，尔朗和柴警官都被列入了嫌疑人名单之中。超人课在监控中看到了嫌犯的身影，她似乎在寻找某个特定的外星人，大家猜测尔朗卷入了此事。果然，在跟踪尔朗之后，星野和笑美找到了杀人犯，但没想到尔朗竟然抱着美女犯人逃走了。

神化47年，冬季国际运动GP札幌大会即将开幕，备受瞩目的三位滑雪选手却在赛前被古怪的雷劈倒。超人课的星野、风郎太、笑美、兵马四人赶往札幌，没想到这三位选手被雷劈到后头上竟然开花了，这是一群怀揣着梦想的运动员，他们把身体改造成超人，结果惹怒“神明”遭雷劈……

途径北路隧道的长途快车发生火灾，政府宣称是超人涉嫌策划了这起事故，这让超人课十分火大。阴暗的地下世界，在岩浆之湖中，笑美前往寻找德比拉。德比拉一向憎恶人类，她的弟弟德比罗却对地上世界充满好奇。在新宿，德比罗用语言的力量聚集人们，他究竟打算做什么？

大量超人囚犯逃脱，超人课快要炸了锅。一辆巴士被邪恶超人闪电杰克劫持，车上的小女孩成为人质。小女孩的爸爸忍无可忍，没想到他一出手竟然变成了灰巨人，小女孩并未认出这是自己的爸爸，还把他叫做“人类侠”。一时间，人类侠四处做好事，成了各大报纸的头条人物。武士和无名盯上了最近十分活跃的人类侠，二人正准备拉拢他的时候，恰好被尔郎撞见了。

超人课收到了一个三百多年前的南极冰柱，里面封存着一位穿着和服的日本少女，看她的表情是在笑。里见买下了这尊冰柱，准备用以超人的宣传，兵马与冰柱擦肩而过，而他似乎早就认识这位冰封的少女。少女被解冻，总理大臣称呼她为铁面具剑，铁面在电视上看到了超人越狱的新闻，于是只身袭击尔朗和柴警官。

神化49年的东京横田基地，美军超人士兵乔纳森·莫伊尔逃亡，超人课接到了搜查申请。夜里，尔朗密会星野，称超人课被美军利用了，美军的目的是杀人灭口，而他则计划将乔纳森送回美国。就在星野为难时，躲在一旁的笑美现身，得知内幕后，超人课是会协助尔朗还是暗中阻挠？

神化49年的日本，立花总理因为中东石油危机才勉强保住职位，为了拉拢人气他从美国进口对超人兵器NUTS，超人管制政策被加强。NUTS的测试计划交给了帝告的里见，原IQ成员娜娜·玛利亚成了NUTS的测试人员，超人课也被迫参与其中。当“恶”涌现时更需要正义的超人拯救世间，然而那份正义需要通过模仿和复制来实现吗？

一部号称解密天弓骑士死亡原因的电影上映，有关神化34年的巨猿袭击东京事件，影片中尔朗的血被用来复活怪兽。头盔的真正力量逐渐展露，尔朗通过头盔看到一些景象后产生了奇怪的言行，让他动摇的是通过头盔看到的东西，还是一直扎根于心底的迷茫？在东京举行的NUTS展示会上，为了开拓命运，超人们开始了各自的行动。

神化50年的冲绳，乌鲁提莫在超人博览会中遇害，出手的人正是笑美。为了抓捕笑美和其他超人，公安部取缔超人总部，与公共保安部合并，成立了超兵战士队，兵马也在其中。笑美占领了乌鲁提莫城邦，超人课成了藏匿怪兽的邪恶组织，柴警官也被超兵战士队找到，围绕超人的战斗终于达到了高潮。

尔朗与一众超人展开火拼，战斗甚至发展到了敌我不分的地步。阻止了暴走中的尔朗，笑美吸收人虎的力量，为争夺尔朗与星野大打出手。原来尔朗计划着成为所有战斗的原罪，通过献上自己的生命来让人类和超人共处。幕后黑手里见竟然诞生于巨大陨石，庞大的能源就在他体内。核爆能力者与生体毁灭者的最后一战，另一个世界的大门打开了……