不死的怪物——卡巴內襲擊了顕金驛。在顕金驛生活的蒸汽工匠少年——生駒，逆著東逃西竄的人流跑了出來。打算用他秘密發明的武器——貫筒，來和卡巴內戰鬥。為了他自己的過去，和尊嚴。

終於得救的生駒朝著顯金站唯一剩下的駿城——甲鐵城前進。另一方面，在死屍中倖存的昌蒲他們的面前出現了一個無名少女。少女憑藉著無與倫比的戰鬥力朝著甲鐵城殺出了一條出路。

逃出顯金驛的甲鐵城，朝著幕府的要害——金剛郭駛去。但是，甲鐵城的人們早已內部對立，把身為卡巴內利的生駒他們驅趕出去。成為臨時領導的菖蒲對此事並沒有平定之力……。

生駒和無名被民眾關在了最後一節車廂。這意味著甲鐵城的戰力遭到了削弱。正在此時，人們遭到了卡巴內的襲擊。然而在那之中，還存在著歷經戰鬥而變強的卡巴內——瓦薩托利……。

巨大的卡巴內聚集物——黑煙出現在前方，甲鐵城陷入僵局進退不得。另一方面，生駒和無名墜入廢棄驛站的底部。周圍全是卡巴內，無名被壓於瓦礫之下，已是救援無望的絕望狀況。即便如此，生駒仍然繼續前進。

自從出了顕金驛以來，甲鐵城第一次到達了有人生活的驛站——倭文驛。生駒等人出去採購，體驗到了相隔許久的平安。另一方面，菖蒲去倭文驛就是否能分些食物進行交涉。然而，無論哪個驛站，食物都異常珍貴……

無名所景仰的兄長大人，是率領獵捕卡巴內的特殊部隊——狩方眾的美馬。然而，對於這個人人都歌頌為英雄的美馬，生駒並不相信。因為，他正是把無名變成卡巴內瑞的元兇。

甲鐵城到達了去往金剛郭的最後一個要塞——磐戶驛。幕府因警戒著匯集了民眾聲望的美馬，想要關閉去往金剛郭的道路，但是美馬請求與磐戶驛的領主進行會談…… 終於，美馬和狩方眾的倒幕開始了。

甲鐵城與克城相連，逞生他們身處狩方眾的嚴密管理之下，被強制採集血液。在絕望的人群中，生駒沒有放棄，策劃了反攻作戰。為了自由、尊嚴，為了挽回無名。

美馬終於實現了與父親——現任將軍興匡相隔10年的再次會面。他在背地裡一直準備著無名的鵺。另一方面，生駒總算保住一命，但喪失了自信和勇氣、內心感到害怕而蜷縮成一團。生駒就算看到卡巴內，也僅僅只是感到害怕……

在美馬的計略，以及化身為鵺的無名和流入的卡巴內之下，金剛郭開始崩壞。此時，生駒到達了那裡。再次改造了自己身體的生駒，為了拯救無名，踏入了全是敵人的金剛郭。