Ikoma est un apprenti forgeron obsédé par une seule chose dans la vie : trouver un moyen de vaincre les kabane, des sortes de zombies qui terrorisent l'humanité et l'ont forcée à se retrancher dans des gares fortifiées.

Ikoma a survécu tant bien que mal et se dirige vers le Kôtetsujô afin de s'enfuir. En parallèle, Ayame et ses compagnons doivent leur vie à Mumei, une fille à la force surhumaine apparue pendant l'attaque des kabane.

À bord du Kôtetsujô, le peuple se méfie d'Ikoma et Mumei, qu'ils voient comme des kabane prêts à décimer la population du train. Ayame, propulsée chef des réfugiés, a du mal à exercer son autorité.

Ikoma et Mumei enfermés, le Kôtetsujô se prive de ses deux plus puissants défenseurs. À ce moment précis, des kabane attaquent le train. Comble de l'horreur, un puissant zombie capable d'assimiler la technique de ses adversaires fait partie des assaillants.

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Le Kôtetsujô récupère des survivants à la gare de Yatsushiro, dont une vieille connaissance de Mumei, Enoku. Ce dernier se moque de sa nouvelle faiblesse, prétendument due à son rapprochement avec des humains. Pour lui prouver le contraire, Mumei prend trop de risques lors de la bataille qui vient.

Le Kôtetsujô va affronter son plus redoutable ennemi jusqu'à présent, un agrégat de kabane nommé colonie hybride.

Le fameux frère de Mumei, Biba, fait son apparition. Alors que tout le monde le considère comme un héros, Ikoma ne lui fait pas confiance, car c'est lui qui a transformé Mumei en un kabaneri.

Le shogunat, méfiant envers Biba et la force de ses soutiens, ferme la porte vers Kongôkaku. Biba, de son côté, continue son plan comme si de rien n'était en assassinant le suzerain de la gare d'Iwado.

Le Kôtetsujô est relié au Kokujô, et les Chasseurs prennent régulièrement du sang à leurs prisonniers. Ikoma, en revanche, n'abandonne pas et jure de rendre la monnaie de sa pièce à Biba.

Biba retrouve enfin son père, le shogun, après dix ans de séparation. Son plan touche à sa fin, et pour accomplir ses desseins, il aura besoin de Mumei.

Kongôkaku ne tient pas l'assaut cumulé de Biba, Mumei et des kabane qui arrivent. Alors que la gare est envahie, c'est un nouvel Ikoma qui arrive dans un seul et unique but : sauver Mumei.