O Tenente Sakuma, após ser acusado de espionagem, acaba sendo enviado a uma escola secreta para espiões, pertencente ao Exército Imperial do Japão. Logo no primeiro dia, Sakuma diz ao Tenente Coronel Yuki, fundador da escola, que acha espionagem uma técnica covarde.

Tudo indica que Sakuma falhará logo na sua primeira missão. As razões para o Coronel Muto ter enviado a Agência D para essa missão ficarão claras para Sakuma, e ele começará a entender um pouco mais o Tenente Coronel Yuki.

O espião conhecido como "Hatano" recebe uma missão na França. Porém um imprevisto acontece e ele perde a memória. É possível para um espião agir como um espião, mesmo sem a sua memória?

Suspeita-se de que exista um informante na Polícia Militar Japonesa , responsável por manter a ordem em Xangai. Dessa vez é o espião conhecido como "Fukumoto" que garantirá que o informante seja desmascarado.

Em Londres, o espião conhecido como "Kaminaga" é capturado. E para piorar, o Serviço de Inteligência Britânico tem em mãos o manual de códigos usado pelo Japão, para a transmissão de mensagens.

Durante uma longa viagem de trem, o espião conhecido como "Tazaki" precisa receber uma mensagem codificada. Porém, parece que ele e seu informante foram descobertos.

Não apenas em terra firme agem os espiões japoneses. O espião conhecido como "Amari" embarca em um navio de passageiros para encontrar um homem que acabou de fazer cirurgia plástica no rosto.

O cenário volta a ser o Japão, no entanto um novo espião surge. O Exército Imperial Japonês está desconfiado de que um inglês pretende roubar os segredos relacionados a estratégias militares.

Um espião Britânico resolve investigar mais a fundo a Agência D e acaba descobrindo o passado de um homem que pode ser o Tenente-coronel Yuki atualmente.

O espião conhecido como "Miyoshi" se envolve em um acidente de trem na Alemanha. Durante a investigação deste incidente, o Coronel Wolff confidencia a um de seus subordinados a frustração que ainda sente por ter deixado um espião japonês escapar.

A morte de um agente duplo alemão é declarada como sicídio pela polícia. No entanto, o espião conhecido como "Odagiri" acredita que alguém tenha planejado o assassinato de modo a parecer um suicídio.