“現世（うつしよ）”にとどまる妖怪たちを、本来彼らが棲むべき“隠世（かくりよ）”へと送り届けることを生業としている “物怪庵（もののけあん）”――。その物怪庵の主・安倍晴齋（あべの　はるいつき）と、奉公人（アルバイト）・芦屋花繪（あしや　はなえ）と妖怪のモジャが、安倍の上司・立法（りっぽう）からの依頼で隠世へとやってきた。立法の仕事を手伝う二人と一匹だったが、芦屋のミスで、立法とともに隠世を治めるトップスリーのひとり、行政（ぎょうせい）のもとに書類を届けることになってしまう。果たして行政とは――？

芦屋が立法に頼まれ、行政に巻物を届けに行くことになった。その途中、巨大な猛獣の姿をした妖怪と出くわしてしまった芦屋は驚いて逃げ出すが、見た目とは違い親切な妖怪だと知ってひと安心。落し物をして困っているという妖怪の探し物を手伝った芦屋は、偶然にも行政の邸“鳴禽籠（めいきんろう）”に行くところだというこの妖怪の背中に乗って目的地まで送ってもらうことになる。　実はこの妖怪――。

隠世から現世にエゲンという妖怪が来ることになった。「隠世に学校をつくる！」という夢を持つエゲンは、現世にある安倍や芦屋の高校を期限付きで視察するのだという。真剣な様子で学校視察をするエゲンのために、張り切ってその手伝いをしようとする芦屋。ところがなぜかずっと不機嫌な安倍に困惑する。安倍には今回の視察に関して少し気になることがあったのだが、芦屋はそんなことにはまったく気づかず――。

無邪気なキツネの妖怪・ヤヒコは、山でかわいらしい妖怪を見つけた。この妖怪を連れ帰ったヤヒコは “キナコ”と名づけてかわいがり、キナコもヤヒコに懐く。ところがキナコは現世にとどまり続けるには弱すぎて、いずれ消滅してしまうかもしれないことがわかる。キナコを助けたいヤヒコは、物怪庵の安倍や芦屋に頼んで隠世へと祓ってもらうことにするが、「ヤヒコと一緒じゃないと隠世に行かない」と言うキナコと、事情があって隠世に行けないヤヒコが対立。そんな中、芦屋がある提案をする――。

泥棒の濡れ衣を着せられたモジャが、立法、行政と並ぶ隠世のトップスリー、司法（しほう）の邸“白洲獄（しらすごく）”に連行されてしまった。モジャの無実を訴えるため、安倍とともに隠世にやってきた芦屋は、対面した司法の思いがけない正体に驚く。一方で安倍は、今回の件に別の妖怪が関与していることを見抜いていた。それはもうひとりのトップスリー、行政。人間嫌いの行政は、隠世と縁の深い物怪庵に、人間の奉公人（アルバイト）がいることに強い不快感を抱いていた。そして、行政の策略により、芦屋と行政が対峙してしまう……。

芦屋の友達、嵯峨（さが）と伏見（ふしみ）の誘いで、安倍と芦屋が写真部の合宿に参加することになった。行政との一件があったからか、はなれた場所にいる妖怪の気配を察知できるようになった芦屋。だがまだその能力を使いこなせてはおらず、安倍は、この合宿の間に芦屋の察知能力を鍛えようと考えていた。その練習相手としてヤヒコが呼ばれるが、ヤヒコが面白半分で仕掛けたイタズラが、芦屋が秘めた別の力を引き出すことになる――！

突然、隠世から、立法が物怪庵にやってきた。立法は、自分の管理下にある物怪庵の奉公人（アルバイト）・芦屋に対し、行政が勝手に「隠世への出入り禁止」を言い渡したことに腹を立て、これを撤回させようと、行政とは“賭け”で決着をつけることにしたという。だが当事者である芦屋には、隠世に行き来することに迷いがあり……。そんな中、安倍や芦屋の同級生で、ヤヒコの面倒を見ている藤原禅子（ふじわら　ぜんこ）が、地域の自治会長から依頼を受けた僧侶の父とともに「幽霊が出た」という場所を調べるために訪れると、そこには――？

「一日だけ人間の姿になって、盆踊りの輪に入って一緒に踊りたい」――そう願う妖怪ケシを物怪庵に連れて来た芦屋と禅子は、安倍とも協力してケシを人間に変装させると、一緒に盆踊りを楽しむことにする。そして願いはかなえたものの、ケシを隠世に送り届けた途端、安倍が疲れ果てて眠ってしまう。実は安倍は、芦屋に内緒で行政絡みの仕事を一件終わらせたあとだった。自分のせいで安倍がムリをしたのではないかと考える芦屋は、二度と一人でムリをさせまいと――。

芦屋の母が急に体調を崩し病院に運ばれた。連絡を受け、安倍に頼んで病院まで送り届けてもらった芦屋は、母に取り憑いた妖怪アラナキを発見。慌ててアラナキを引き離す。おかげで母の体調はよくなるが妖怪の見えない母は不思議顔。そして芦屋は、母から失踪した父・榮（さかえ）とも昔、同じようなエピソードがあったと聞いて驚く。一方、偶然病室の外で話を聞いていた安倍は、今耳にした、“芦屋榮”という名前に聞き覚えがあった――。

安倍と芦屋は、妖怪のコモンの依頼で、コモンが面倒を見ていた妖怪の5兄弟を隔世に祓うことになる。ただ、5兄弟の末弟チュンゴはまだ飛ぶことが出来ず、隠世での生活には対応できそうにないため、コモンのもとに置いていくことになっていた。そんな中、訓練場の吊橋から落ちそうになるコモン。それを引っ張り上げて助けたのは、飛べないはずのチュンゴだった。何かを察する安倍。なぜチュンゴは飛べないふりをしていたのか――？

コモンから聞いた、以前物怪庵にいたという人間の奉公人の話が気になる安倍は、その真偽を確かめたくなる。そんな安倍に立法は、白洲獄に何か資料が残っているかもしれないと助言。何とか白洲獄に入り込み、資料を調べていた安倍は関係のありそうな資料を見つけるが、そこに書かれていたこととは――？ 一方、禅子から妖怪がらみの相談を受け禅子の実家の寺にやってきた芦屋は、偶然ヤヒコから“芦屋榮”と会ったことがあると聞き――。

禅子から相談を受け、安倍とともに「妖怪を見た」との噂がある神社を訪れた芦屋が突然、妖怪に取り憑かれてしまった！ ササというこの妖怪は、金髪、金眼で、強力な妖怪さえも屈服させる力“威光（いこう）”を使う“人間”によって、長い間、狭い社に封印されていた。自分の自由を奪った人間とよく似た安倍に悪意をむき出しにするササ。安倍はそんなササに操られた芦屋の動きを止めるため気絶させるが、ササはさらに憎悪を募らせ……。そのとき、ふいに芦屋が起き上がった。だが、いつもと違う芦屋の様子と冷たい瞳に、安倍はある人物を思い浮かべる――。