Yukina, élève de seconde au lycée de Tateyama High, arrive à l'institut de recherche de Kurobe au moment où il est attaqué. En s'enfuyant, elle touche un mystérieux cube.

Tout juste sorti du cube, Kennosuke Tokisada Oma tente de sauver Yukina, mais il perd connaissance. Une géostructure émerge de Toyama Bay.

Kennosuke ressort victorieux, mais l'ennemi parvient à s'échapper. Il se fait capturer à nouveau, mais il parvient à s'enfuir et retrouve Koharu.

Alors que l'oncle de Yukina invite Kennosuke à vivre avec la famille, le monde moderne ne cesse de surprendre ce dernier.

Yukina reprend le chemin de l'école en espérant un retour à la vie normale... Mais elle est horrifiée quand elle aperçoit son nouveau camarade de classe.

Ken et Yukina affrontent de nouveau le crabe mecha. De leur côté, Akagi et Kayahara défient les autorités et se rapprochent de la zone des combats.

Quand le pilote du crabe jaune se donne la mort, Yukina perd toute envie de se battre. À l'école, personne ne sait où sont passés Akagi et Kayahara.

Les revendications des envahisseurs provoquent des heurts et Yukina part pour éviter la bataille. Lancé à sa recherche, Kennosuke réalise vite qu'il ne sait rien d'elle.

Une énorme géostructure ennemie apparaît, mais le centre ne peut y faire face sans Yukina. Ken, Akagi et Kawahara poursuivent les recherches.

Le pilote capturé est ramené au centre de recherche puis interrogé. Il dit être venu trouver un objet particulier. Ken semble le reconnaître.

Le pilote ennemi parvient à s'enfuir et à restaurer sa structure. Yukina tombe sur lui alors qu'elle s'apprête à se déployer.

C'est les grandes vacances, ce qui signifie encore plus d'entraînement pour Ken et Yukina. Cette dernière fait des progrès foudroyants. Akagi espère bien devenir pilote.

Ken dans son Kuromukuro et le GAUS affrontent ensemble une énorme géostructure. L'excitation monte autour du projet de Kayahara pour la grande fête de la culture.

La population commence à évacuer la zone, et les élèves de l'école sont transférés. Carlos reste sans voix sur sa situation.

Sophie obtient d'excellents résultats au GAUS à pilote unique, impressionnant Ken. Mais bientôt, il apprend que les parents de la jeune fille pensent quitter le Japon.

Graham ordonne qu'on passe les lieux au peigne fin pour trouver les deux pilotes ennemis. Pendant ce temps, le vaisseau Efidolg envoie une géostructure supplémentaire.

Tandis que Yukina et Ken reçoivent leurs salaires et décident de se rendre ensemble aux sources chaudes, les rumeurs vont bon train à l'école.

Yukina disparaît et l'Institut de recherche panique. Le Dr Hausen fait une découverte surprenante. Pendant ce temps, Sophie reçoit un message mystérieux.

Ken est en route, mais Yukina prépare déjà son évasion. Elle rencontre Mirasa qui l'attaque. Pendant ce temps, Sophie en apprend plus sur l'ennemi.

Ken et Yukina sont rentrés sains et saufs, mais le centre de recherche apprend que le vaisseau ennemi va bientôt se poser sur Terre. Il faut agir vite.

L'ennemi assiège le centre de recherche. À la maison, Yukina et les autres apprennent l'histoire de l'organisation Efidolg et de Takehito, le père disparu de Yukina.

Ken et Yukina emmènent Muetta à l'école, ce qui provoque un certain émoi parmi les quelques étudiants restants. Carlos finit d’écrire le scénario de film.

À la recherche de la vérité, Muetta finit par se retourner contre ses anciens camarades. La bataille finale approchant, tout le monde se prépare.

Ken et Zell sont choqués de découvrir un pouvoir qui permet de résister à l'ennemi. L'école est sur les dents dans l'attente du retour de Yukina et des autres.

Le combat avec l'Efidolg a permis aux personnages de se rapprocher de leurs objectifs. Kennosuke découvre le chemin qu'il doit emprunter.