Kizuna est un lycéen appartenant aux Hybrid Gears, êtres humains dans lesquels un noyau a été implanté afin de leur procurer des pouvoirs leur permettant de combattre des forces extra-terrestres. Il se voit transféré à l’Académie de défense stratégique d’Ataraxia, où il doit apprendre à maîtriser ses capacités. Il y fait la rencontre de trois jeunes filles, Hybrid Gears elles aussi, et découvre que la seule façon de recharger leurs noyaux s’avère quelque peu… gourmande en calories.

Kizana et la particularité de son pouvoir sont présentés aux élèves de l’Académie. Le jeune homme, intégré à l’équipe d’élite d’Heart Hybrid Gears, ne tarde pas à être envoyé sur le terrain pour une première mission, accompagné de Yurishia, Aine et Hayuru.

La personnalité d’Aine constitue un mystère pour Kizuna, qui tente d’en savoir plus. Reiri lui explique comment Aine est arrivée à Ataraxia et lui fait part des dernières découvertes au sujet des Hybrid Gears.

Alors que les forces armées de l’autre monde attaquent Ataraxia et l’île artificielle, les Heart Hybrid Gears de Kizuna et Aine subissent d’importants dégâts. Chidorigafuchi souhaite ardemment obtenir l’arme immorale afin de devenir la meilleure des Amaterasu. Face à l’adversité, parviendront-ils à se serrer… les coudes ?

Reiri interdit aux Amaterasu de se frotter de nouveau à Aldia, la combattante de Batlantis rencontrée sur l’île de Guam. Cette décision ne plaît guère à Himekawa, qui passe outre l’ordre du commandant. Ses équipiers ne tardent pas à voler à son secours, mais Aldia s’avère bien plus forte qu’eux. Le recours à une arme ultime s’impose.

Le quartier général d’Ataraxia essaie de condamner les Entrances. Pendant ce temps, Kizuna se voit contraint d’assister, impuissant, aux chamailleries des Masters pour l’obtention d’une transfosexion. Dans l’autre monde, Aldia et son shogun, Bragel, s’intéressent tout particulièrement à Aine et Zeros.

Grabel et Aldia sont des adversaires redoutables, qui ne manquent pas de donner du fil à retordre aux Amaterasu et aux Masters. Pour avoir une chance de les vaincre, Reiri révèle à Kizuna qu’il existe un autre type d’arme. S’il souhaite l’obtenir, il lui faudra effectuer une multisexion.

Le temps d’une fête, les Amaterasu se transforment en girls band, mais leur représentation est compromise par l’absence d’Aine, qui demeure introuvable. Kizuna part alors à sa recherche. Pendant ce temps, à Batlantis, Grabel passe un mauvais moment entre les mains de ses geôlières.

Kizuna et Rei doivent faire face à des retrouvailles impromptues avec leur mère, dont le comportement est pour le moins étrange. L’opération de reconquête de Tokyo nécessite de renforcer les rangs des Amaterasu. Alors que les préparatifs de la mission vont bon train, l’ennemi frappe le premier…

Arrivés à Tokyo, les Amaterasu font face au docteur Nayuta, qui révèle sa véritable nature, ainsi qu’aux forces de Batlantis. Lagrousse parvient à mettre Kizuna et ses acolytes en mauvaise posture. Une aide inespérée ne leur serait pas inutile…

Alors que Kizuna et Aine tentent d’effectuer la transfosexion ultime, la plupart des Amaterasu et des Masters tombent dans un piège tendu par Zelcionne. Les deux protagonistes principaux ne se laissent toutefois pas abattre et s’engagent dans un combat final contre Batlantis.