ポセイドンとの死闘から数日後・・243年前の聖戦でアテナに封印された魔塔が崩壊し、閉じこめられていた冥王ハーデスの百八人の冥闘士（スペクター）が復活！アテナの命を狙い、聖域に襲いかかる。

聖域第一の宮、白羊宮のムウの前にボロ布をまとった人物が現れる。ムウをして跪かざるをえない人物、彼こそがハーデスの命により、かつての黄金聖闘士のデスマスク、アフロディーテを従え、アテナの命を奪いに来た張本人であった！

ムウの危機に星矢が駆けつけ、ペガサス流星拳が炸裂!ムウとともに聖域を守ろうとするのだが、ムウは「早々に立ち去れ」とすげない。そればかりか、力ずくで星矢を聖域から追い出してしまうのだ。

デスマスクとアフロディーテを必殺技スターライトエクスティンクションで再び死の国へと葬ったムウだったが、刺客は彼等だけではなかった・・新たにかつての盟友、サガ・カミュ・シュラが冥闘士として復活し、ムウの前に立ちふさがる！

その頃　老師は紫龍とともに幸せに暮らすのだよ、と春麗に告げて五老峰からすがたを消す。不吉な予感を感じる紫龍のもとにも、かつての白銀聖闘士たちが冥闘士となり、ハーデスの刺客として襲って来る。彼らを倒した紫龍は、老師のあとを追い聖域に向かうのだった。

心に深い想いを秘めたカミュ、シュラ、サガの三人は金牛宮、双児宮をぬけ無人のはずの巨蟹宮にたどりついた、だがそこには死の国への道筋、黄泉比良坂がまちうけていた！次々と現れる亡者に道をさえぎられ、三人は巨蟹宮の迷路をなかなかぬけでることができない・・巨蟹宮はバルゴのシャカがつくりだした幻影に支配されていたのだ！

サガは巨蟹宮からシャカのいる処女宮めがけ巨大な小宇宙を放ち対抗する！

一方その頃、聖域に向かおうとする紫龍の前に現れたのは一輝だった。

一輝の導きにより、紫龍はムウに殺されたはずの星矢と再会するのだった。

サガ、カミュ、シュラそしてムウ、アイオリア、ミロの放ったアテナエクスクラメーションは奇跡的な均衡を保って六人の間を渦巻いていた！が、その二組の攻撃のあいだに割ってはいっていたものがいたのだ。それは、氷河、紫龍、瞬、星矢たち青銅聖闘士であった！なぜ、聖闘士同士が闘わねばならないのか！？その熱き問いかけに答えられない黄金聖闘士たち・・そして星矢たちの小宇宙のたかまりにより、処女宮であたかもビックバンがおきたかのような爆発がおきる。その様子をみつめていたアテナ沙織はサガたちをアテナ神殿につれてくるよう、ミロたちに命ずるのであった。アテナにはすべてを見通し、決意していたことがあったのだ！！

アテナ沙織を守ることができなかった・・・言い知れぬ絶望に身をこがす星矢たち。そのとき彼等の前に姿をあらわしたのは前教皇でありながらアテナの命を狙いに来たシオンだった。シオンが語る彼等の裏切りにかくされた衝撃の真実。アテナの血により目覚める聖衣とは？！そして、その頃サガ、カミュ、シュラはアテナの亡骸をかかげ、ハーデス城へと凱旋していた。三人を迎えたパンドラは疑惑にみちているラマダンティスを一蹴し、自らアテナの死体を検分しようと立ち上がっていた。

決戦の場、ハーデス城に立つ、新生聖衣をまとった星矢、紫龍、瞬、氷河。

そこで目にしたのは、ラマダンティスに打ちのめされるアイオリア、ミロ、ムウたちの姿だった。しかし、アイオリアたちは一刻も早くこの場を去り、アテナのもとへ向かえと言う。その言葉をうけて星矢たちはサガ、シュラ、カミュを追ってさらに奥深くハーデス城のなかに潜入する。アテナへの想いを星矢たちに託して次々と塵となって消えてゆく黄金聖闘士たち。最強の冥闘士ラマダンティスは再び星矢たちの前に立ちはだかる。そのおどろくべき力に翻弄される青銅聖闘士。

だが、傷つき、倒されても、彼等は立ち上がりラマダンティスにむかってゆく！果たして彼等の小宇宙は奇跡を起こすことができるのか！？