ポセイドンとの死闘から数日後・・243年前の聖戦でアテナに封印された魔塔が崩壊し、閉じこめられていた冥王ハーデスの百八人の冥闘士（スペクター）が復活！アテナの命を狙い、聖域に襲いかかる。

聖域第一の宮、白羊宮のムウの前にボロ布をまとった人物が現れる。ムウをして跪かざるをえない人物、彼こそがハーデスの命により、かつての黄金聖闘士のデスマスク、アフロディーテを従え、アテナの命を奪いに来た張本人であった！

ムウの危機に星矢が駆けつけ、ペガサス流星拳が炸裂!ムウとともに聖域を守ろうとするのだが、ムウは「早々に立ち去れ」とすげない。そればかりか、力ずくで星矢を聖域から追い出してしまうのだ。

地上界と冥界をつなぐ狭間に立つハーデス城では、ハーデスの姉パンドラが逸るラダマンティスをたしなめ、静観を申しつけていた・・・。一方聖域では、ムウがハーデスの刺客となったサガたちを追い、アルデバランの金牛宮にたどり着こうとしていた。金牛宮へと足を踏み入れたムウは、そこで立ち尽くしたまま息絶えているアルデバランをみつける。彼の命を奪ったのは地暗星のニオベ！聖域にはすでに冥闘士たちがはいりこんでいたのだ！その頃聖域から遠く、城戸邸にいる瞬は遠く聖域に不穏な小宇宙を感じていた・・・胸騒ぎを抑えきれない瞬は辰巳の制止を振り切って、聖域に赴こうとする。そのとき瞬の前にシリウス、ディオ、アルゲティらよみがえった白銀聖闘士がたちふさがる・・

その頃、シベリアではやはり氷河が彗星を見て、不吉な予感にとらわれていた。

そこに現れたのはやはり死よりよみがえった白銀聖闘士バベル、モーゼス、ミスティの三人だった。渾身の一撃で彼等を撃退した氷河はマーマの眠る海溝をあとにして、聖域に赴く決心をする。一方聖域では、サガ、シュラ、カミュの三人が双児宮へと進んでいた。だが、無人のはずの双児宮でジェミニの聖衣をまとった人物が三人の前に立ちふさがる。その人物こそ、かつて教皇として陰謀を企てたサガの弟、カノンだった。カノンはアテナの許しを乞い、黄金聖闘士に連なるために教皇の間から小宇宙によって双児宮を守っていたのだ。

そんなカノンに、ミロはその決心が本物かどうか、過酷な試練をほどこすのだった・・・。

心に深い想いを秘めたカミュ、シュラ、サガの三人は金牛宮、双児宮をぬけ無人のはずの巨蟹宮にたどりついた、だがそこには死の国への道筋、黄泉比良坂がまちうけていた！次々と現れる亡者に道をさえぎられ、三人は巨蟹宮の迷路をなかなかぬけでることができない・・巨蟹宮はバルゴのシャカがつくりだした幻影に支配されていたのだ！

サガは巨蟹宮からシャカのいる処女宮めがけ巨大な小宇宙を放ち対抗する！

一方その頃、聖域に向かおうとする紫龍の前に現れたのは一輝だった。

一輝の導きにより、紫龍はムウに殺されたはずの星矢と再会するのだった。

白羊宮ではついに老師とシオンの闘いがはじまろうとしていた！

そこに駆けつけたのは老師の愛弟子、紫龍！だが、老師は紫龍に五老峰に帰れと命じ、老いた体でシオンに対峙するのだった。かつての盟友二人がその小宇宙を燃え上がらせ対決する！廬山百龍覇対クリスタルウォール！!一撃で決まるかにおもわれた勝負のゆくえは、突然、出現したライブラの聖衣によりはばまれる。冥王ハーデスの力によりよみがえったシオンの若さあふれるパワーに圧倒される老師。老いた体では若さを取り戻したシオンにはもはやかなわないのか！？だが、シオンは老師の小宇宙に隠されたおそるべきパワーを感じとるのだった！！

ムウは巨蟹宮の入口でおそるべきサイコキネシスにとらわれた。相手は地妖星パピヨンのミュウ。サガ達の影に隠れ、正規の冥闘士たちも十二宮に数多く入りこんでいたのだ。真の姿をなかなかあらわさないミュウにムウも苦心する。そのとき現れたのは、ムウによって消されたはずの星矢だった！ムウは星矢のアテナを守りたい！という熱い気持ちを知り、闘いに参加することを認めるのだった。そしてミュウとの闘いは自分にまかせ、星矢にはアテナを守るため先を急げと告げる。巨蟹宮を舞台に華麗にして死の恐怖にみちたムウ対ミュウの闘いがくりひろげられる・・・

アテナの命を狙う者、守ろうとする者、それぞれが十二宮を教皇の間をめざしてかけあがろうとしていた。そしてついに獅子宮まで冥闘士たちが到達する。獅子宮を守るのは、レオのアイオリア！牙をむいた黄金獅子が冥闘士たちを圧倒する。が、ワームのライミが一瞬の隙をついてアイオリアの自由を奪う。二人が闘う獅子宮を通りぬけたギガントたちは六番目の処女宮に突入するがそこには結跏趺座したシャカが身じろぎひとつせず、彼等をまちかまえていた！

シャカの前に姿を現したのは、消え去ったはずのサガ、カミュ、シュラだった！天魔降伏によりギガントら冥闘士たちを一瞬にして葬り去ったシャカは、アテナの首を狙うというサガたちの真意を問いただすため、沙羅双樹の園に彼等を招きいれる。シャカの真摯な問いにサガは凛とした目をむけ答えるのだった。『狙うはアテナの首！！』と。そして、シャカ対三人の黄金聖闘士の闘いがはじまる。

アテナが禁じた『アテナエクスクラメーション』でシャカを倒した三人は慙愧の涙を心のなかで流しながらも、真実の言葉を封印し、沙羅双樹の園を後にする。その扉の前には星矢とムウ、アイオリア、そしてミロたち黄金聖闘士が集結していた。シャカが死してまでアテナに伝えようとしたことは一体何だったのか！？シャカの死に怒るアイオリア、ムウ、ミロとサガ、カミュ、シュラそれぞれ『アテナエクスクラメーション』のフォーメーションで向かい合う。遂に、黄金聖闘士対黄金聖闘士の死力をつくした対決の幕がきっておとされた。

サガ、カミュ、シュラそしてムウ、アイオリア、ミロの放ったアテナエクスクラメーションは奇跡的な均衡を保って六人の間を渦巻いていた！が、その二組の攻撃のあいだに割ってはいっていたものがいたのだ。それは、氷河、紫龍、瞬、星矢たち青銅聖闘士であった！なぜ、聖闘士同士が闘わねばならないのか！？その熱き問いかけに答えられない黄金聖闘士たち・・そして星矢たちの小宇宙のたかまりにより、処女宮であたかもビックバンがおきたかのような爆発がおきる。その様子をみつめていたアテナ沙織はサガたちをアテナ神殿につれてくるよう、ミロたちに命ずるのであった。アテナにはすべてを見通し、決意していたことがあったのだ！！

アテナ沙織を守ることができなかった・・・言い知れぬ絶望に身をこがす星矢たち。そのとき彼等の前に姿をあらわしたのは前教皇でありながらアテナの命を狙いに来たシオンだった。シオンが語る彼等の裏切りにかくされた衝撃の真実。アテナの血により目覚める聖衣とは？！そして、その頃サガ、カミュ、シュラはアテナの亡骸をかかげ、ハーデス城へと凱旋していた。三人を迎えたパンドラは疑惑にみちているラマダンティスを一蹴し、自らアテナの死体を検分しようと立ち上がっていた。

決戦の場、ハーデス城に立つ、新生聖衣をまとった星矢、紫龍、瞬、氷河。

そこで目にしたのは、ラマダンティスに打ちのめされるアイオリア、ミロ、ムウたちの姿だった。しかし、アイオリアたちは一刻も早くこの場を去り、アテナのもとへ向かえと言う。その言葉をうけて星矢たちはサガ、シュラ、カミュを追ってさらに奥深くハーデス城のなかに潜入する。アテナへの想いを星矢たちに託して次々と塵となって消えてゆく黄金聖闘士たち。最強の冥闘士ラマダンティスは再び星矢たちの前に立ちはだかる。そのおどろくべき力に翻弄される青銅聖闘士。

だが、傷つき、倒されても、彼等は立ち上がりラマダンティスにむかってゆく！果たして彼等の小宇宙は奇跡を起こすことができるのか！？