町ネズミのガンバとボーボは、ひと目海を見ようと川を下った。港に着いたのは夜で海はよく見えないが、港の倉庫でネズミたちのパーティーに参加して大さわぎ。そこへ一匹のボロボロに傷ついたネズミ、忠太がやってくる…。

ガンバは忠太と共に通称“ノロイ島”に向かう船の船倉に乗り込んだ。そこへノロイと戦う決心をしたネズミたち、ヨイショ、ガクシャ、シジン、そしてボーボが合流する。初めての航海でひどい船酔いになるガンバだったが…。

忠太の傷は治らず、高熱が続いていた。寄港した港の町で薬を調達することになるが、その町は、イカサマの生まれ故郷だった。下船したイカサマは港のネズミ相手にいかさまバクチをして追いかけられる。そこへ偶然、薬を手に入れたガンバとボーボが通りかかり、3匹は町のネズミと戦うハメに…。

ようやく忠太の体も回復し、のんびり航海を楽しむガンバたち。しかし突然大きな嵐に襲われ、船は沈没してしまう。かろうじて海に飛び込んだガンバたちだったが、ボーボが行方不明になる。ボーボを探し回るネズミたち。しかし空しく夕日が沈もうとしていた…。

ボーボはリンゴ箱の中で発見された。リンゴ箱の船で出発したガンバたちは、座礁した軍艦を見つけて上船する。軍艦の中には水につかった大量のカンヅメがあったが、巨大な魚がいるので近づけない…。どうするガンバ！？

なぜかタテに浮いてしまう潜水艦だったが、足こぎスクリューでどんどん進む。順調に航海を続けるガンバ達であったが、途中で巨大なクジラにはじき飛ばされ、小さな島に打ち上げられてしまう。しかも！それは満ち潮と共に水面に沈んでしまう小島だった！！

全員、無事に島にたどりついた。食べ物も豊かだったが、妙に静かなのが気にかかる。案の定、ガンバたちを不気味な黒い獣が襲う！みなは必死で海辺に逃げるが、ボーボがいないことに気づく。森の中を探し歩くガンバは、急に何者かに腕をつかまれた…。

島にはザクリと呼ばれ恐れられているキツネがいた。早く島を離れろ、とクリークは言うが、ガンバたちはどうしても放っておけない。しかしガンバたちの勝手な行動で、リスの仲間が犠牲になってしまう…。

イエナを助けるためザクリのねぐらを探すことにしたガンバ達。ボーボが自慢の鼻でイエナの匂いをかぎつけ、ザクリのねぐらを突きとめることができた。ガクシャの提案でねぐらを水攻めにする作戦が練られたが、その前にイエナを救出しなければ…。

ザクリを倒したガンバたちは島を出発するが、海は大なぎでイカダは一向に進まない。そこへ巨大な船体が近づき、波を受けたガンバが海に放り出されてしまう。ガンバは体に全く力が入らず、ただ空しく海に浮いていた。そこへ1頭のイルカが現れて…。

イカダはついに陸地に到着。ここからカラス岳を越えれば、対岸にノロイ島が見えるはずだ。馬車にもぐり込み、のどかな村をいくガンバたち。途中、トラゴローと名乗る旅のネズミに出会う。トラゴローにだまされ、みんなはさんざんな目に合うが…。

カラス岳を目指して強引に進むガンバのリードに、ガクシャをはじめ仲間たちから文句が出始める。やがて広大な砂地に出ると、ついにガクシャとガンバの意見の対立が表面化してしまう！7匹は砂地を進む組と森を迂回する組に別れ、別行動をとることに…。

砂地をいくことになったガンバ達は途中で迷子の子ウサギに出会う。その子ウサギを家に返してやろうとすると、猟犬たちが襲って来る。なんとか猟犬の牙をのがれ、子ウサギを家に送り届けるガンバたち。しかし、子ウサギはガンバと一緒にいくとだだをこねて…。

ガクシャたちは、嵐に巻きこまれたガンバたちの捜索に必死だった。そうとは知らず、ガクシャたちに先を越されまいと絶壁をよじ登り、ひと眠りするガンバたち。ところがガンバは眠っている間に鷹にさらわれてしまう！

ガンバは遅れを取り戻そうと山頂をめざす。ボーボたちも、ガンバを捜しつつ前進していた。一方、ガクシャたちは山の北壁を登り、なだれに巻きこまれる。雪の中から彼らを掘り起こしたのは、ガンバだった！ 再会を喜ぶガンバ達だったが…。

仲直りしたガンバたちはリーダーを譲り合い、結局山のふもとまで全員が順番にリーダーになることに。それぞれ自分の番には持てる力を十分に発揮するガンバたち。谷川を下り、線路に出た時、ボーボが列車に引っ掛かってしまう！

ふもとの町に下りたガンバたち。食べ物を求めて高蔵に入ると、以前ノロイの襲撃を受けたネズミ達が、すでにノロイがいないにもかかわらず、蔵から一歩も出ずに暮らしていたのだ。ガンバは彼らを臆病者呼ばわりしてしまう…。

ガンバたちはなんとか海峡を渡ろうとするが、あまりの潮の速さに手も足も出ない。そんなガンバたちを襲うオオミズナギ鳥たち。鳥のリーダー、ツブリは、ガンバたちをノロイの仲間と勘違いしたのだ。そんな彼らの誤解が解けた時、ガンバに海峡を渡るいいアイデアが浮かぶ。

ノロイ島に上陸したガンバたちは、草原でイタチの襲撃に合う。危機一髪、ノロイの合図でイタチたちは退いていくが、姿を見せぬノロイにもてあそばれていることを思い知るガンバたち。ガンバたちはとうとう忠太の仲間の待つ穴に到着するが、そこはもぬけのカラだった…。

海に飛び込んで難を逃れたガンバたちだが、休む間もなくノロイの追跡は続く。かろうじて逃げ込んだ穴に、忠太の姉、潮路が姿を現し、火山の火口にある隠れ家にガンバ達は案内された。島のネズミたちの歓迎を受けるが、翌朝、水をくみに出たガンバと潮路は、ノロイの襲撃を受ける。

食料を調達に村に下りたガンバたちは、イタチに追われてせっかくの食料も台なしにしてしまう。その時、空からツブリが食料を運んで来てくれる。高蔵のネズミたちも一緒だ。しかし食料を火口に運ぶ途中、またしてもノロイが襲い、高蔵ネズミの一郎たちは命を落としてしまった…。

火口には島中のネズミたちが集結しつつあった。活気にあふれる砦。しかし多くはイタチに火口に追い込まれた、というのが現実だった。そんな中に、潮路の幼なじみの太一がいた。実は太一は弟の順太をノロイに人質に取られていた…。

砦を捨てたガンバたちは海岸の岩穴にたどり着いた。しかし食料がなくては、どの道やっていけない。その時、ノロイが食べ物を持ってやって来る。戦いはやめよう、共に共存しよう、と言うノロイ。計略に決まっているが、飢えたネズミ達は出ていこうとしてしまう…。

ある日の夜、イタチたちがいっせいに襲ってきた。次々と負傷者が増えていく様を見ていられなくなった長老がイタチの前に躍り出た。傷つき、倒れた長老に、潮路は早瀬川の歌を歌う。その歌詞を聞いて、ガクシャは何か考えこむ。

年に一度、今夜だけ早瀬川のうずが消える！ガクシャの言葉通りうずが消え始め、ネズミたちは最後の望みをかけて早瀬川を渡っていく。もしも一緒にうずに巻き込まれてしまえば、ノロイもろともおだぶつだ！ガンバの最後の戦いが始まる！