Quatre-vingt-seize ans après l’avènement du Siècle Universel, l’espace est émaillé de conflits entre les Fédérés et des groupuscules de survivants de Zeon. Les Manchettes, l’un de ces groupuscules, souhaitent s’emparer de la Boîte de Laplace.

Banagher aide Audrey Burn, une jeune fille tombée du ciel. Les Manchettes semblent la connaître et la recherchent activement, mais Banagher et Audrey parviennent à fuir jusqu’à la demeure de Cardeas Vist…

La colonie est prise dans la tourmente du combat entre Manchettes et Fédérés. Pendant ce temps, Banagher part à la recherche d’Audrey et reçoit un don pour le moins inattendu : le Gundam Unicorn.

L’Unicorn est récupéré par un vaisseau de la Fédération. Les soldats découvrent l’identité de son pilote avec stupeur, mais Banagher n’est pas la seule personne dont l’identité va surprendre l’équipage…

Mineva est prise en otage par la Fédération. Les agents de l’ECOAS pensent pouvoir en tirer profit, mais ils se heurtent à la résistance imprévue de Full Frontal, qui semble n’avoir cure de la princesse de Zeon.

Banagher est fait prisonnier et emmené à Palaos. Là-bas, il rencontrera Full Frontal en chair et en os. Pendant ce temps, la Fédération monte une opération de sauvetage.

Les Fédérés lancent une opération de grande envergure afin de récupérer Banagher et le Gundam des mains de Neo Zeon. Au cours de la bataille, Banagher est contraint d’affronter Marida.

Marida et son Kshatriya sont capturés à bord du Nahel Argama, dont une partie de l’équipage découvre la terrible vérité au sujet de la Cyber-Newtype. Banagher, de son côté, doit se résoudre à faire un choix.

Alors qu’ils se rendent aux coordonnées indiquées par le programme La+, Banagher et d’autres Fédérés sont attaqués par un groupe de Neo Zeon. Ces derniers ont deux objectifs : provoquer l’activation du NT-D et reprendre Marida Cruz des mains de la Fédération.

Riddie emmène Mineva à la résidence du président Ronan Marcenas, son père, mais la princesse de Zeon pourrait bien servir de monnaie d’échange. Mineva, comme à l’accoutumée, décide de prendre les devants.

Banagher et l’équipage du Garancières traversent le désert. Leur proximité soudaine permet à Banagher d’en apprendre plus sur les Manchettes et sur Neo Zeon en général, mais ce répit est de courte durée.

Banagher assiste à la bataille de Torrington et commence à se battre avec le capitaine du Garancières pour obtenir le droit de décoller. Une fois sur place, il se rend une nouvelle fois compte des réalités de la guerre, cruelle et aveugle. Il fait face à Lori, hantée par le fantôme de ses parents.

Banagher est fait prisonnier par le pilote du Banshee. Alors qu’il pénètre sur le vaisseau de la Fédération, l’Unicorn lui indique de nouvelles coordonnées… Sur le même navire, le commandant Bright Noa ne semble guère goûter les intrigues de la Fondation Vist.

Le Banshee, piloté par Marida Cruz, tente de faire obstacle à Banagher. S’ensuit un combat entre les deux versions de l’Unicorn, pendant que le capitaine Zinnerman du Garancières tente de sauver Mineva des griffes de la Fondation Vist.

Banagher a récupéré Mineva, qui se trouve désormais à bord du Garancières. Malheureusement, le navire des Manchettes ne parvient pas à rejoindre l’orbite, où le Nahel Argama l’attend pour le tracter. Banagher va alors accomplir une prouesse et servir de jonction entre les deux vaisseaux.

Micott et d’autres Fédérés tentent un dernier coup de poker pour bouter Neo Zeon en dehors du Nahel Argama. Ils trouveront un soutien inattendu pour parvenir à leurs fins.

Neo Zeon se scinde en deux factions, celles de Full Frontal et de Mineva. La faction Mineva aide le Nahel Argama, qui tente de récupérer la Boîte de Laplace avant que l’histoire se répète.

Marida aide Banagher à échapper au Banshee Norn du sous-lieutenant Riddie, mais le jeune homme s’engouffre de suite dans un combat contre Angelo, le fidèle parmi les fidèles de Full Frontal. Une tragédie va venir changer la donne des combats et rapprochera Banagher et Mineva de la Boîte de Laplace.

Banagher et Mineva arrivent sur le Megallanica d’Industrial 7, où ils sont accueillis par Syam Vist lui-même. Celui-ci leur explique en quoi consiste la malédiction de la Boîte de Laplace et leur révèle le secret après lequel toutes les forces en présence courent depuis des années…

Banagher affronte Full Frontal avec l’aide du sous-lieutenant Riddie Marcenas. Le représentant autoproclamé des Spacenoïdes n’est cependant pas la seule menace pour le jeune Newtype, qui l’apprendra en vivant une expérience hors du commun.

Banagher a vaincu Full Frontal, mais il fait maintenant face à une autre menace. Martha Carbine et le président Ronan Marcenas ont activé la colonie laser, qui vise le Megallanica. Banagher et Riddie tentent le tout pour le tout et créent un Psycho-Field pour repousser l’attaque, qu’ils reçoivent de plein fouet…