É o Ano 0096 do Século Universal, quase um século após o Incidente de Laplace, que transformou a história de uma humanidade recém iniciada na colonização espacial. Banagher Links é um jovem nascido após a Guerra de Um Ano e para quem, como todos os de sua geração, a guerra é um pesadelo distante. Mas um encontro do destino pode ser o auspício de um novo e iminente conflito.

A misteriosa garota encontrada por Banagher diz querer impedir uma guerra iminente. Os dois seguem ao encontro da Fundação Viste, Cardeas Viste, com o intuito de impedi-lo de passar adiante o item capaz de fazer explodir o conflito.

Os neo-zeônicos Mangas atacam Viste furiosamente em busca da Caixa de LaPlace, e Banagher é envolvido no conflito, um presságio da guerra anunciada por Audrey. É quando surge o Gundam.

Banagher Links descobre a verdade sobre seu pai e se tornou o piloto do Unicorn Gundam. Mas a guerra iminente que envolve a caixa de Laplace ainda paira no ar.

Full Frontal entra em conflito com as Forças Terrestres e Banagher comandará o Unicorn novamente, enquanto Audrey é feita refém.

Banagher encontra Full Frontal frente a frente na fortaleza neozeônica. Na Federação, Audrey precisa da ajuda de Riddhe para conseguir impedir uma nova guerra.

Junto com as forças especiais da ECOAS, a Nahel Argama começa uma operação para recapturar Banagher e o Unicorn Gundam. Palau, o satélite de mineração que abriga a fortaleza dos Mangas, torna-se um novo campo de batalha. Em meio ao caos, Banagher reencontra-se com Mineva, que lhe diz que está indo para a Terra para obter apoio do pai de Riddhe.

Marida, encarcerada pela Federação, diz a Banagher para não mudar seu jeito de ser. Ela lhe diz que ele possui o poder para despertar outro sistema que reside no Unicorn Gundam. Por ordem de Martha Carbine, neta de Syam Viste e presidente interina da Fundação Viste, Marida é transferida para a Terra. Foi Martha quem enviou Alberto para impedir a abertura da Caixa de Laplace, da qual a Fundação depende para sobreviver. Enquanto isso, Banagher segue para um novo conjunto de coordenadas reveladas pelo programa La+, localizadas nos destroços de Laplace, a residência do primeiro-ministro que foi destruída por um ataque terrorista na aurora do Século Universal.

O Unicorn Gundam chega aos destroços de Laplace, destravando o lacre do Programa La+. Lá, um discurso feito 96 anos antes por Ricardo Marcenas, o primeiro líder do governo da Federação Terrestre, começa a tocar. Daguza percebe que o Gundam é mais do que apenas uma máquina de matar criada para erradicar Zeon, e conta a Banagher que ele incorpora algo mais, controlado apenas pelo coração humano. Neste momento, o Sinanju de Frontal inicia um ataque, escoltado por Angelo e o resto de sua guarda pessoal, e Daguza é morto. Reagindo à fúria de Banagher, o Unicorn Gundam ativa seu sistema NT-D e assume o Modo de Destruição, sobrepujando o Sinanju. Contudo, ao tentar servir de escudo para Frontal, a máquina de Gilboa é derrubada. E quando o Unicorn Gundam cai rumo à Terra, Mineva testemunha um raio de luz cruzar o céu.

Após salvar Banagher e o Unicorn Gundam, que caíram na Terra, o Garencieres aterrissa no Saara Ocidental. Enquanto isso, militantes de Zeon infiltrados na Terra lançam um ataque-distração em Dakar, capital da Federação Terrestre. Ronan, oficial do governo, envia Bright Noa para caçar o Garencieres. Mineva, que chegou à Terra com Riddhe, foge para a mansão Marcenas com medo de ser utilizada para fins políticos. Mas as palavras de um velho terráqueo, que fala das boas intenções dos idealizadores da colonização espacial, lhe ajuda a perceber o que ela deve fazer, e a convence a se entregar. Enquanto isso, Martha, tia de Alberto, está recondicionando a cyber-Newtype Marida para poder controlá-la. Por fim, Zinnerman decide cruzar o deserto para entrar em contato com os militantes de Zeon, levando Banagher consigo.

Banagher segue em sua jornada pelo deserto na Terra, enquanto novos conflitos eclodem em Dakar e na Base de Torrington.

A equipe Tri-Stars intercepta e destroi, que criou e cuidou de Loni como se fosse seu pai. Cheia de ódio e tristeza, Loni continua seu massacre. Ela volta a si graças os desejos de Kirks, mas o Shamblo continua tresloucado com a fúria Zeonista, até que Riddhe usa o beam magnum do Unicorn Gundam para abatê-lo. Arrasado com a morte de Loni, Banagher se vê agora diante de um Unicorn Gundam negro.

Atacado pelo Banshee, Banagher e o Unicorn Gundam são capturados e levados para o Ra Cailum. Riddhe se surpreende ao saber que Alberto é meio-irmão de Banagher. Ronan Marcenas entrega Mineva para Martha, tia de Alberto, que a coloca a bordo do gigantesco Garuda e tenta usá-la para forçar Banagher a falar. Sem saída, Banagher continua a esconder as novas coordenadas da Caixa de Laplace. Bright, comandante da Londo Bell, reconhece que Banagher possui as mesmas possibildiades das gerações anteriores de pilotos de Gundam e lhe encoraja. Através de Kai Shiden, Bright contata a Garencieres e organiza uma operação conjunta para resgatar Mineva.

Banagher, em meio à missão de resgate de Mineva, precisa confrontar Marida, recondicionada por Martha e agora chamada de Ple Twelve, para colocar fim a um conflito entre os dois Unicorns.

Com Banagher, Mineva e outros a bordo, a Garencieres decola para o espaço. No meio do caminho, sofre avarias no motor, mas Banagher se recusa a desistir. Durante a luta, o Unicorn Gundam é envolto em uma misteriosa luz, e seu poder leva a Garencieres com segurança para se encontrar com a Nahel Argama. Contudo, o HQ das Forças da Federação Terrestre decidem eliminar a Nahel Argama e a Garencieres devido à sua ligação com a Caixa de Laplace. Ao voltar para o espaço, Banagher e os outros se deparam com o imenso General Revil, a maior nave de batalha das Forças da Federação Terrestre. Eles são salvos desta enrascada por Full Frontal e a frota de Neo Zeon. Tendo escapado da perseguiçlão do General Revil graças ao ataque do Sinanju, a Nahel Argama é forçada a unir forças com os Mangas.

Os lados envolvidos na busca pela Chave de Laplace revelam seus planos, e Full Frontal fala sobre seu plano de uma esfera de propriedade mútua dos Site, seu ideal definitivo para a autonomia dos espaçonoides.

Após Full Frontal elucidar seu plano de uma comunidade mútua das Sides, onde a Terra seria excluída das decisões políticas, perdendo força, Riddhe segue no Banshee Norn para confrontar o Unicorn Gundam. Quando a Nahel Argama entra em um novo confronto, uma fatídica batalha se aproxima.

Com a Nahel Argama em seus últimos momentos, Marida realiza um sacrifício final para ajudar Banagher e Mineva.

Banagher e Mineva chegam à Caixa de Laplace, e seu conteúdo finalmente será revelado.

Full Frontal decide não medir esforços para se apoderar da Caixa de Laplace, autointitulando-se herdeiro desta em nome dos espaçonoides. Assim começará seu confronto final contra Banagher e o Unicorn.

Um artigo até então oculto do Tratado do Século Universal que pode modificar toda a dinâmica do governo mundial. Ronan Marcenas, aterrorizado pelo conteúdo da Caixa de Laplace, autoriza um laser-colônia para destruir Magallanica, a caixa, Banagher, e até seu próprio filho, Riddhe. Agora, os dois Gundams precisarão, unidos, lutar pela sua própria sobrevivência e pela chance de um futuro diferente para todos os espaçonoides.