Lyra se retrouve seule avec Pan et explore une cité déserte dans laquelle elle rencontre Will. Elle hésite à faire confiance au jeune homme, qui tente de la rassurer. Perturbé par l'apparition d'une nouvelle dimension, le Magisterium hésite quant à la marche à suivre. Marisa Coulter suggère d'interroger la sorcière qui est en cellule. De son côté, Lee Scoresby part à la recherche de Lyra, qui est au coeur d'une prophétie...

De retour dans son univers, Will veut s'assurer que sa mère se porte bien. Pendant ce temps, Lyra se rend au museum d'histoire naturelle où elle croise Lord Boreal. L'aléthiomètre la conduit dans le bureau de Mary Malone, une physicienne d'Oxford dont les recherches portent sur la matière noire ou poussière. Le père McPhail espère devenir le nouveau cardinal. Fils d'une sorcière, le docteur Lanselius tente d'apaiser le Magisterium, en vain.

Après la destruction de leur territoire par le Magisterium, les sorcières jurent de se venger. Ignorant l'aléthiomètre, Lyra retourne à Oxford voir Mary Malone mais elle y croise le chemin de l'inspecteur Walters, qui se lance à sa poursuite. Toujours à la recherche de Stanislaus Gumman, Lee Scoresby voit son ballon prendre la direction de Yenisei. À Cittàgazze, Will aperçoit quelqu'un dans la Tour des anges, dans laquelle il est pourtant impossible de rentrer.

À Cittàgaze, Will et Lyra cherchent un moyen de pénétrer dans la Tour des anges pour y récupérer un poignard. Ils ignorent que cet objet a des particularités magiques. Lord Boreal propose de financer les recherches d'Oliver et Mary, mais celle-ci refuse que ses travaux servent à des fins militaires. De son côté, Lee Scoresby retrouve Grumman, qui a besoin de lui pour retrouver le poignard subtil. Marisa Coulter apprend que Lord Boreal a retrouvé Lyra.

Will et Lyra mettent au point un plan pour dérober l'aléthiomètre que Boreal a subtilisé à la jeune fille, mais une invitée inattendue contrecarre leur projet. Ils sont en effet très surpris de découvrir Marisa Coulter sur place. Mary Malone n'hésite pas à prendre des risques. De son côté, le cardinal MacPhail prétend que l'attaque des sorcières est une punition méritée par le Magisterium, qui ne fait pas preuve de suffisamment de dévotion.

Après que Lord Asriel ait ouvert un pont menant à un nouveau monde. Totalement désemparée par la mort de son meilleur ami Roger, Lyra suit Asriel dans l'inconnu. Au sein d'une mystérieuse cité abandonnée, elle fait la rencontre de Will, un jeune garçon venant du même monde que le nôtre et qui, tout comme Lyra, est hanté par un passé trouble.