Kuroba Kaito é um estudante de 17 anos que gosta de mágica por influência de seu pai, Kuroba Toichi, que foi morto misteriosamente. Oito anos depois da morte de seu pai, Kaito descobre uma sala secreta em sua casa que foi preparada pelo seu pai para abrir naquele dia. Encontrando as ferramentas e a fantasia do Kaitou Kid, o Ladrão Fantasma, na sala, Kaito veste o disfarce e vai atrás do Kid que havia reaparecido após oito anos de ausência. Kaito descobre que Kid é Jii Kounosuke, mordomo de seu pai, que revela que Toichi foi o primeiro Kid. Jii conta que ele usou o papel de Kid para atrair o assassino de Toichi. Depois de descobrir que seu pai foi assassinado, Kaito continua usando o disfarce do ladrão fantasma em busca do assassino de seu pai.