白い…白い聖機人が｣戴冠式を終え、皇位に即いたラシャラ皇の船を襲撃する白い聖機人。それはこの世界では常識外の騎体だった。ラシャラの聖機師、キャイアを翻弄する凄まじき力を持つ白い聖機人にはもう一つの秘密があった。

「あ奴は我の従者として、聖地へ連れて行く」ラシャラ皇の乗るスワンの眼前に女神を模したと言われる、白銀に輝く巨大な聖地の門が見えて来る。そこは大陸中から聖機師や王侯貴族の子弟が学ぶ巨大な学園であった。

「寮で働く？」聖地に広がる広大な森林で狩りをする剣士に、ラシャラ皇は聖地で働くように命じる。それは剣士を自分の従者として、教会や聖機師、王侯貴族達、特権階級へ認識させるためであった。

「スワンが穴だらけじゃと？」それはスワンに埋まる水晶を掘り出していた剣士の仕業であった。問い詰めるキャイアは、剣士の大事なペンダントの鎖を壊してしまう。

「本件は全員一致で可決いたしました」ラシャラの提案により、剣士は皇族、大貴族のみで構成された生徒会の会員に任命される。そこには雑用係という名目の裏に、ある思惑が潜んでいた。剣士は生徒会役員と繋がりたい聖機師達に追い回され始める。

「もちろんそれにかかる費用は、こちらが全て持ちますよ」マリアの母、女王フローラの招待を受け、ラシャラ達はハヴォニワの高級保養地へ向かう。旅の途中、剣士は友人のセレスと出会うが、彼の旅には、ある秘密が隠されていた。

「これより競武大会を開催する！」夏休み明けの倦怠を払拭するために、ダグマイアの提案した競武大会の開催が決定した。予選から盛り上がりを見せる大会であったが、そこには思いもかけない目的が隠されていた。

「行こう。我らが勝利者となる朝だ」ダグマイア率いる男性聖機師と山賊は、生徒達の寝静まる深夜、聖地の重要施設を占拠する。目を覚ました生徒達が見た物は無防備となった聖地に侵攻して来る。シトレイユ旗艦バベルであった。

「表情が優れんようだが、疲れたか？」ババルンによって占拠された聖地から、多くの生徒達と共に避難をするスワン。重苦しい空気を明るくしているのは剣士の存在だった。だが冷たく光る剣を持ち剣士に近付く影があった。

「何だ、あの黒い奴は!?」突如、シュリフォンを襲撃するダグマイア率いるババルン軍。その中にガイアの盾を持つ黒い聖機人がいた。シュリフォンの首都を壊滅させたダグマイアと黒い聖機人はさらに……。

「どうしてセレス・タイトが……」全ての謎を知るキャイアの父、ナウアのいる結界工房へ向かう途中、ババルン軍に追撃されているセレスと思いがけない再会を果たす剣士。だがセレスのとった行動は思いがけないものだった。

「こ、これは……壮観じゃの」黒い聖機人の持つガイアの盾に対抗する武器を手に入れるため、剣士達はユキネの故郷の村へと向かう。そこにあったのは『天地』と呼ばれている巨大な岩の柱であった。