故事的主角是以治退专吃人类魂魄ヴァイアラス为职业的的露西亚，跟她一起与魔人战斗的还有偶然被露西亚的胸针刺到卷入事件之中而得到了神秘力量的少女。有一天露西亚在和一个叫与识的青年在公园中遭到了使用雷之力的少女的袭击，出于想要保护与识的强烈意愿，不知不觉中露西亚自身不可思意的力量也被唤醒了，于是接受了名桥的实验委托……

Venus Versus Virus revolves around the life of a young girl named Sumire Takahana who has had the power to see ghosts since she was a small child, though no one believes her. One night while running to her dorm building to make curfew, a broach flies out of no where and she pricks her finger on it and sees a demon. Suddenly, another girl clad in gothic lolita clothing arrives bearing a huge gun and kills the demon. Once the ordeal is overwith, the girl gives Sumire a flier for a local clothing store, Venus Vanguard. When Sumire comes to the store, the girl, whose name is Lucia Nabashi, she explains to her that because she pricked her finger on Lucia's broach, Sumire now has the power to see demons as well as ghosts. Additionally, Lucia now wants Sumire to help her rid the world of these demons called Virus that threaten to consume all of humanity.

Un soir, Sumire une jeune écolière quitte l'école pour se rendre dans une boutique de vêtements goths. A l'intérieur l'attends Lucia, la dirigeante de la boutique. Mais derrière cette petite boutique se cache en faite le quartier général de Venus Vanguard, une petite organisation qui chasse les Virus : des être humanoïdes sans âme, et qui tuent les humains afin de leur voler leur ame. Seul les personnes qui ont la capacité de les voir sont prit pour cible, et seul ces mêmes personnes peuvent connaître l'existence de Vénus Vanguard et demander leur aide.

Lucia qui à la capacité de voir les virus à l'intérieur des humains avec son oeil gauche, et Sumire qui peut se transformer en antivirus berserker incontrolable, vont aider ses personnes et faire face aux Virus.

Sumire Takahana ist eigentlich ein ganz normales Mädchen. Sie ist zwar sehr schüchtern, aber dennoch beliebt bei ihren Freundinnen. Außerdem arbeitet sie in einem Geschäft namens „Venus Vanguard“. Dies ist allerdings gleichzeitig der Grund ihrer derzeitigen Probleme, denn das Geschäft ist nur eine Fassade.

Im Keller ist das Hauptquartier für ein Exorzismusbüro, welches von Lucia Nabashi geleitet wird. In dieser Welt existieren „dunkle Geister“, sogenannte Viren, die Jagd auf diejenigen außergewöhnlichen Menschen machen, welche sie sehen können. Sumire ist ein solcher Mensch. Darum ist sie auch in ständiger Gefahr und muss von Lucia beschützt werden. Gleichzeitig ist Sumire aber auch die stärkste Waffe gegen die Viren. Kommt sie in Kontakt mit einem „Abwehrmittel“, wird sie zum zerstörerischen Berserker mit übermenschlichen Kräften. Leider kann sie diese Kraft nicht kontrollieren.

Venus Versus Virus ruota attorno alla vita di una giovane ragazza di nome Sumire Takahana che ha avuto il potere di vedere i fantasmi sin da quando era piccola, nonostante nessuno le crede. Una notte mentre corre verso il suo dormitorio per fare il coprifuoco, una spilla vola fuori dal nulla e lei ci punge un dito e vede un demone. All'improvviso, un'altra ragazza vestita con abiti da gothic lolita arriva con un'enorme pistola e uccide il demone. Una volta che il calvario è finito, la ragazza dà a Sumire un volantino per un negozio di abbigliamento locale, Venus Vanguard. Quando Sumire arriva al negozio, la ragazza, il cui nome è Lucia Nabashi, le spiega che poiché ha puntato il dito sulla spilla di Lucia, Sumire ora ha il potere di vedere i demoni così come i fantasmi. Inoltre, Lucia ora vuole che Sumire la aiuti a liberare il mondo da questi demoni chiamati Virus che minacciano di consumare tutta l'umanità.

ヴァイアラス、それは人間の魂を喰らう魔人、人ならざる存在。それゆえ人の魂を求めては彷徨い、奪いむさぼり続ける。そんな彼らを退治する者がいた。普段はアンティークショップを営み、依頼があればヴァイアラスと戦う退治屋の名橋ルチアだ。ルチアと共に戦うのは、ある出来事をきっかけにヴァイアラスを視る力を得てしまった少女・鷹花スミレ。今日もまた、二人のもとに助けを求める者の姿が…。

Venus Versus Virus gira em torno da vida de uma garota chamada Sumire Takahana que tem o poder de ver fantasmas desde que era criança, apesar de ninguém acreditar nela. Uma noite enquanto corria para o seu dormitório, um enxame de moscas apareceram do nada. Ela encostou o dedo nelas e viu um demônio. De repente, outra garota vestida ao estilo gothic lolita apareceu portando uma enorme arma e matou o demônio. Após colocar Sumire a par de muito do que há de oculto no mundo, a garota, chamada Lucia, pede ajuda a Sumire para livrarem o mundo desses demônios chamados Virus que ameaçam consumir toda a humanidade.

Los virus son criaturas que se alimentan de las almas de aquellos seres humanos capaces de verlos. Ruchia y Sumire son dos amigas que se encargan de exterminar a estos virus "a pedido" usando como cubierta una tienda de antigüedades, a donde acuden solo aquellos capaces de ver a los virus.