La tercera temporada cubre el final del tercer año de presidencia y el comienzo del cuarto. Comienza con el anuncio del presidente de su candidatura a la reelección y el distanciamiento con su esposa. El guión incluye la investigación del presunto encubrimiento de la enfermedad del presidente Bartlet, que lucha por conseguir su segundo mandato enfrentándose con el terrorismo mundial. Acontecimientos reales y ficticios totalmente cruzados en uno de los episodios históricos realizado tras los atentados terroristas del 11 de septiembre, 2001.

העונה השלישית עוסקת בשנה השלישית והרביעית של הקדנציה של ברטלט, פותחת בהכרזתו של ברטלט לרוץ לקדנציה נוספת ועוסקת בהכנות לקראת הבחירות. עוד עלילות מקבילות בעונה השלישית: הקונגרס חוקר האם ברטלט הונה את בוחריו בכך שהסתיר את דבר מחלתו; איומים על חייה של סי-ג'יי קרייג, מזכירת העיתונות מביאים להצמדתו של מאבטח אליה והשניים מעורבים בקשר רומנטי, ושר ההגנה של קומאר מתכנן פיגועי טרור בארצות הברית.

Vi får följa historien om den påstådda mörkläggningen av president Bartlets sjukdom, de första stegen på vägen mot en andra presidentperiod och möten med världsomspännande terrorism. Fiktiva och verkliga händelser blandas om vartannat i det uppmärksammade Isak och Ismael-avsnittet, som spelades in i kölvattnet av händelserna den 11 september 2001.