かつて住んでいた街・神ノ原に戻って来た主人公・焔レン。しかし、レンはその頃の記憶を無くしている。 レンのスマホに見知らぬゲーム「モンスターストライク」が突然インストールされたことをきっかけに、絶体絶命のバトルが始まった！

突然、モンスター・フェンリルXとのバトルに巻き込まれたレン。スマホから飛び出してきた、自称モンスター界のプリンス・オラゴンと共に戦おうとするが、オラゴンをコントロールすることができずに苦戦を強いられてしまう！ 絶体絶命な状況の中、突如レンの目の前にある少女が現れる。少女はいったい……!?

神ノ原に住むほとんどの中学生がプレイしているというゲーム「モンスト」。レンは、モンスト好きが集まる”とある場所”に行こうと、葵から誘いを受ける。

モンスター同士のド迫力バトルに惹かれたレンは、早速バトルに挑もうとする。しかし、葵はあることに強いこだわりを持っていて……!?

謎の中学生チームから突然バトルをしかけられたレンたち。脱出不可能な空間に閉じ込められピンチを迎える！レンと葵はなんとか応戦しようとするが……。

明とチームを組むために、葵の勧誘計画がはじまった！ 説得には自信があると豪語する葵は、あの手この手で明の気を引こうとするが……!?

かつてチームを組んでいた皆実の勧誘に来たレンたち。そこには、猛烈な言葉攻めで超絶的なバトルをする皆実の姿が!! そんな皆実を、葵は勧誘をしようとするが……!?

葵ちゃんをモンスト以外でギッタンギッタンに――。皆実の宣言どおり、葵のとんでもない動画がアップされた!! 皆実の暴走を止めることはできるのだろうか!?

恥ずかしい動画の削除をかけて、皆実にバトルを挑むレンたち！激しい攻撃に圧倒される中、レンはあることに気づき......？

バトルに勝利したレンたちは、洗脳状態から目覚めた皆実をチームメンバーに迎えた。4人チームを組むため、再び明に声を掛ける葵だが......。

洗脳された人たちとオラゴンには何か関係がある......!? 疑念を抱いたレンたちが、オラゴンの秘密を徹底解剖する！

モンストコロシアムが神ノ原の異変に関係している――!? 秘密を探るためコロシアムに潜入するレンたち。そこには、禍々しいオーラをまとった影が…...。

明の活躍で形勢逆転のはずが、闇のオーラに包まれたイザナミ零に為す術もなく追い込まれていく。 絶望的な状況の中、レンたちの勝機は……!?

イザナミ零との死闘の末勝利したレンたちの前に、新たなる脅威が立ちはだかる！ Ｋ（キング）の目的は何なのか、「闘神」とは一体…!? モンストアニメ新章、開幕！

正気を失い暴れ狂う神威、リングアウトしたフォックスメタル――。闘神ドゥームの力はケタはずれだった！ そんな絶体絶命の窮地の中、レンはある法則に気づき……!?

闘神ドゥームを退けたレンたちは、様々な脅威を引き起こす「モンスト」に違和感を感じていた。 答えはお前たちの記憶の中にある――。Kの言葉が意味するものとは？

渋谷で春馬を探すレンたちは、その道中、強大なモンストゲートに遭遇する！ 迎え撃とうとした瞬間、謎の一撃によってモンスターが撃破される。そこには春馬の姿が……。

反逆の堕天使 ルシファーに必死に立ち向かうレンたちだが、その力の差は歴然だった。ストライクショットが全く効かないバリア、破壊的な威力のエナジーサークル――。 そして最後には……！

春馬に大敗を喫したうえ、衝撃的な言葉を突き付けられたレンたち。 傷心の面持ちで過ごす中、ストライクリングに光が灯る！ それは、新しいモンスターとの出会いを告げる希望の光だった。

もっと強くなければ春馬は会ってくれない――。神ノ原でトップになるため、皆実は「モンスト部」の設立を宣言した！ しかし、モンスト部など認めないという"生徒会長"が現れ……。

本来の力を発揮することができず力尽きる龍馬――。呆気ない幕切れに困惑するレンの傍ら、真っ向から勝負を挑む葵とナポレオンの逆転劇が幕を開ける！ 果たして勝負の行方は...…!?

次こそ龍馬を使いこなさないと――。気持ちが焦るレンだが、桜以上の実力を持つゼウスに太刀打ちできずにいた。 神威やナポレオンも苦戦する中、レンは明から言われた"ある言葉"を思い出し......!?

連戦の疲れを癒しにカフェを訪れたレンたち。そこには、皆風を崇高するがあまり暴走している茜の姿が！彼女を止めようとモンストバトルを挑むが、そこはコンサート会場のようで……!?

"アイドルの命"を見抜き、辛くもリボンを退けたレンたち。しかしバトルフィールドは戻らず、謎の炎に包まれていく！ 業火の中から現れたのは......!?

攻撃をしかけても効果がなく、余裕の表情を見せるニルヴァーナ。酒を貪りながら放たれる狂気の攻撃に、レンたちは耐え忍ぶしか無かった。 しかし、意外な場所に"穴"があることに気づくと......!?

葵と皆実から祝勝会の買い出しという名の"デート"に誘われるレン。 予定が被っていることに気づかず約束をしてしまうが、バレたらただでは済まない！この窮地をどう乗り越えるのか!?

太陽たちと共に再び渋谷へ訪れ、春馬との再会を果たすレンたち。しかし、春馬は会話を拒絶し姿を消してしまう……。 後を追おうとしたその時、新たなる敵が立ちはだかる！

アリスのガトリング砲やトランプ兵を使ったトリッキーな攻撃に翻弄されるデッドラビッツ。 隙を狙って一矢報いるが、攻撃を受けたアリスは様子が一変！ 狂気のストライクショットが炸裂する......!!

卑弥呼の埴輪型ロボットに対し、ナポレオンはウサギ軍団を召喚！ ロボットから放たれるレーザーと軍団の砲撃でバトルは大混戦する！ 一方、明と太陽は薫と対峙。神威とロキの前に、"悪魔の影"が立ちはだかる......！

ロミオの圧倒的な力に倒れる神威。卑弥呼のストライクショットの直撃を食らうナポレオン。 絶望的な状況だが、明と葵は諦めない――。春馬にもう一度会うため、最後の力を振り絞る！

渋谷に再び降臨したルシファー。 「余興だ…」そう言い残すと、街中のカラスをバハムートに変え、レンたちに襲いかかる――!!

敵の猛攻に必死に抵抗するが、圧倒的な大群の前に仲間たちは力尽きていく……。 ひとり取り残されたレンだが、仲間と春馬を守るため、龍馬と共に奮闘する！

1000体のバハムートを一掃し、新たな力を魅せつけた龍馬。その眼前に、ついに春馬とルシファーが立ちはだかる。ルシファーとの死闘、再び――!!

炎の龍と堕天使のぶつかり合いで、街中に閃光が走る——！ 互いに譲らない激闘の一方、春馬の表情は苦痛に歪んでいた。その背後には、揺らめく謎の影が……。

春馬に苦痛を与えていたのは、"木の闘神 メメント・モリ"だった！木の闘神なら、火属性の龍馬は有利――。 一気に勝負を決めようとした瞬間、あたりには霧が立ち込めて......!?

春馬を取り戻すために、志乃、茉莉子、薫がメメント・モリに立ち向かう！ロミオとアリス、卑弥呼の強力な友情コンボでメメント・モリに応戦する。しかし、突如現れた"黒い棺桶"が、バトルの行方に暗雲を……!?

メメント・モリとの戦いには、春馬だけではなく"K"——春馬の父”玄馬”の存在も関係していた。闘神が現れた理由とは？ 神ノ原の異変との関係は？ 玄馬の目的が明らかになる。

Kの目的を知ったレンたちは、情報収集のために神ノ原へ戻ることに。 一方明は、春馬に"確認したいこと"があると言い残し、ひとり春馬の母が眠るメディカルセンターへと向かう――。

Kの暗躍を阻止するため、神ノ原のどこかにあるという素粒子研究センターを目指すことに。手がかりを探すため、レンたちのもとに太陽や志乃たちが集結する！ 一方、XFLAG PARKを間近に控えた気合十分のオラゴンは、リボン親衛隊を結成する!?

人の想いが集まる場所を探せ――。春馬の助言をもとに、XFLAG PARKが行われる幕張メッセに来たレンたち。 大盛り上がりの会場内で、本来の目的を忘れて楽しむレンたちだが......!?

突如として姿を消した志乃――。春馬は志乃の行方の手がかりを探すために神ノ原を訪れる。 共に探そうとするレンたちだが、そこに不気味な大蛇が襲いかかる......！

クシナダのワープや十字レーザーに苦戦する龍馬とアリス。葵が気づいた"ある法則"をきっかけに反撃を開始するも、クシナダがプラズマを発して——!?

クシナダを打ち破り志乃を取り戻したが、激戦による爪痕は深く、モンスターとの闘いは現実世界に大きな影響を与え始めていた。 これからの闘いに不安を覚えるレンたちの元に、春馬から「素粒子研究センターの場所を突き止めた」と連絡が入る——！

素粒子研究センターを破壊し街中に降臨したバベルは、神ノ原の人々を襲いはじめる！ バベルが言い放った「死よりも深い絶望」が意味するものとは……!?

春馬の記憶を取り戻すため、バベルへ総攻撃を仕掛けるレンたち。しかし、バベルは龍馬たちの攻撃をものともしない……。 苦境に立たされたレンたちのもとに、"白衣の天使"が舞い降りる！

バベル撃破へ決意を新たにしたレンたちは、ナイチンゲールを筆頭に、卑弥呼やロミオとタッグを組んで攻撃を畳み掛ける！ しかし、”あること”をきっかけに、バベルはオラゴンへの集中砲火をはじめる......！

バベルにひとり立ち向かうオラゴンに、放たれた閃光が直撃する......！ 苦しむオラゴンに触れた瞬間、あたりを謎の光が包み込む。光の先には、レンとオラゴンの記憶の底にある、“大切な場所”が広がっていた——。

突如現れた謎の少年、その正体は「光の闘神 カルマ」だった！ これまで倒してきた闘神たちに次々と姿を変えるカルマ。その攻撃に翻弄されながらも、ある作戦で打ち破ろうとするレンたちだが…!?

カルマを攻撃するたびに弱体化し、身動きが取れなくなる"因果の法則"に翻弄されるレンたち。明はあることに気づき神威で攻撃するが、カルマの凶刃に倒れてしまう。 攻撃の術を失う明だが、玄馬より託されたスマホを使い、突破口を切り開く——！

葵、皆実、明の記憶が全て奪われ、絶望の淵に立たされるレン。 その時、スマホから"聞き馴染みのある声"が鳴り響く！レンはスマホを手に取り、最後の力を振り絞ってカルマとの最終決戦に挑む――!!

闘神を倒し平穏な日常を過ごすレンたち。そこへ、謎の少女・パンドラが突如出現！\"絶対に開けてはならない箱\"を持つパンドラが、世界を揺るがす大事件を巻き起こす……!?