As with its prequel, Zoku Natsume Yuujinchou is about Takashi Natsume, a boy who has had the ability to see youkai since he was young, and his bodyguard youkai Madara, nicknamed Nyanko-sensei. Natsume attempts to return names written in his "Book of Friends" (which he inherited from his grandmother Reiko) to youkai in his village. Throughout these adventures, he meets some youkai that are friendly, some that want to steal the Book, and some that want to kill him, as Natsume learns about himself and his relationship with these mysterious beings along the way.

Второй сезон истории повествует о продолжении приключений Такаши Нацумэ — юноши, с детства имеющего способность видеть духов — и его телохранителя Мадары, названного Нянко-сэнсэем. Такаши продолжает возвращать духам их имена, освобождая их от «Тетради дружбы», унаследованной от бабушки Рэйко. Он сталкивается с духами, демонами, помогает им и часто попадает в ситуации, опасные как для него, так и для окружающих.

Natsume est un jeune adolescent qui aime rester seul. Depuis son enfance, il possède le pouvoir de voir les yōkai ce qui n'arrange en rien le contact avec les autres personnes. Il tient ce pouvoir de sa grand mère, Reiko qui, grâce à un carnet, pouvait contrôler tous les yōkai qu'elle avait vaincu et qui avaient alors signé de leur nom une page de son carnet. Aujourd'hui, le carnet étant dans ses mains, Natsume s'est juré de rendre tous les noms inscrits dedans, avec l'aide de Nyanko-sensei, son professeur, et de tous ses amis.

因为看得见妖怪而被人类疏远的女子夏目玲子，为了打发寂寞的日子，她向妖怪们发起挑战，并将败在自己手下的妖怪的名字写在一纸契约上，以此做为妖怪们成为自己属下的证据。 玲子的孙子夏目贵志得到了那些契约书所做成的“友人帐”，还继承了玲子的力量，能看到不会显现在人前的物体。而且也和玲子一样成为了被周围人疏远的一员。 可是，作为唯一继续了玲子血统的他却做出了一个重要的决定：将玲子夺过来的姓怪们的名字一一归还。在这样的夏目的身边，开始聚集起各种各样的妖怪们。 能看到妖怪的少年夏目贵志，与招财猫外表的妖怪喵先生一起，讲述一个奇异、悲伤、怀念、感人的怪谈故事。

妖を目に映すことができた夏目レイコは、妖たちに勝負を挑み、隷属させる証として名前を書かせたという。その契約書の束「友人帳」を手にした孫の夏目貴志もまた、レイコの力を受け継ぎ、人にあらざるものを見ることができた。用心棒である妖怪・ニャンコ先生の力を借り、妖たちに名前を返していくことを決めた夏目。人の心、妖たちの想いをわかり始めた夏目の元には、さまざまな妖が集い始め・・・