Takashi Natsume, the timid youkai expert and master of the Book of Friends, continues his journey towards self-understanding and acceptance with the help of friends both new and old. His most important ally is still his gluttonous and sake-loving bodyguard, the arrogant but fiercely protective wolf spirit Madara—or Nyanko-sensei, as Madara is called when in his usual disguise of an unassuming, pudgy cat.

Natsume, while briefly separated from Nyanko-sensei, is ambushed and kidnapped by a strange group of masked, monkey-like youkai, who have spirited him away to their forest as they desperately search for the Book of Friends. Realizing that his "servant" has been taken out from right under his nose, Nyanko-sensei enlists the help of Natsume's youkai friends and mounts a rescue operation. However, the forest of the monkey spirits holds many dangerous enemies, including the Matoba Clan, Natsume's old nemesis.

Toujours en possession du livre des amis, Natsume continue de voir des yōkai venir vers lui pour lui réclamer leur nom ou pour tenter de lui dérober le précieux item. Pris à parti par un groupe de yōkai particulièrement agressif et n’hésitant pas à l'attaquer au sein même de l'école, Natsume se retrouve kidnappé dans une forêt que le clan Matoba semble vouloir exorciser. Au milieu des deux forces en présence, il essaiera alors de trouver une solution afin de protéger l'esprit de la forêt...

小さい頃から妖怪を見ることができた少年・夏目貴志。彼は、祖母レイコが妖怪を子分とする証にその名を書かせた「友人帳」を継ぎ、自称用心棒の妖怪・ニャンコ先生と共に、妖怪達にその名を返す日々。ようやく手に入れた大切な場所で、友人達との深まる絆を感じながら、夏目は妖怪達との出会いや別れを繰り返していく…。

В четвёртом сезоне Нацумэ продолжает возвращать имена ёкаям, которые записаны в «Тетради дружбы», а ленивый Нянко-сэнсэй всё так же ворчит и балуется сакэ. И, хотя проблем у парня не убавляется, друзей становится всё больше. Многие духи теперь частенько выручают Нацумэ, памятуя о его добросердечности.

И это ставит перед Такаши неизбежный вопрос: чью сторону он примет? Ведь ёкаи и люди никогда не смогут ужиться. Или так только кажется?

从小就能看见妖怪的夏目贵志，透过在神社里遇见的妖怪“斑”，得知当年夏目的外婆铃子总是在打倒妖怪后，将他们的名字写进一本“友人帐”里，作为妖怪臣服于她的证明。从那之后，许多想要得到友人帐或夺回自己名字的妖怪们，便以夏目为目标。而猫咪老师为了得到友人帐而与夏目约定成为他的保镖，如果夏目死了，友人帐就归它所有。自此夏目与猫咪老师踏上归还妖怪名字的漫长道路。