Reeva Payge robi czystkę w Wewnętrznym Kręgu, pozbywając się tych, którzy się z nią nie zgadzają. To posunięcie daje jej całkowitą kontrolę nad grupą. Sześć miesięcy później Podziemie Mutantów ratuje pewną dziewczynkę przed nalotem agentów Sentinel Services. Wbrew życzeniom reszty ekipy, Eclipse i Caitlin spotykają się z hakerem przestępcą, by uzyskać informację na temat Wewnętrznego Kręgu. Tymczasem Polaris zaczyna rodzić, a jej skurcze powodują, że wszystko, co metalowe ulega namagnesowaniu, siejąc spustoszenie w najbliższym otoczeniu.

Thunderbird kontaktuje się z prawniczką mutantów, która zrekrutowała go przed laty do Podziemia. Kobieta miała nadzieję, że będzie w stanie pomóc mu w odnalezieniu Wewnętrznego Kręgu. Lauren i Andy mają taki sam sen, co zakłóca szkolenie chłopca. Reeva ma zamiar spisać go na straty. Z kolei Andy'ego to wydarzenie skłania do ponownego zastanowienia się nad sensem rozstania się z siostrą. Tymczasem Reed musi zachować sekret w tajemnicy przed grupą. Jace ponownie wpada na trop mutantów.

Dziecko Polaris cierpi na groźną chorobę. Wewnętrzny Krąg nie jest w stanie jej wyleczyć, co skłania grupę do zwrócenia się z prośbą o pomoc do niepewnego źródła. Tymczasem Reed i Lauren ruszają w drogę, by dostarczyć nielegalne leki, lecz wskutek zamanifestowania się jego mocy ich plany się komplikują. Thunderbird oraz Blink spotykają się z przywódcą Morlocków - podejrzanej grupy mutantów, która żyje pod ziemią. Ten oferuje im pomoc w odnalezieniu Wewnętrznego Kręgu, jednakże obie frakcje mogą mieć całkiem odmienne cele.

Struckerowie, oprócz Andy'ego, zaczynają odbudowywać swoje nadszarpnięte zaufanie. Thunderbird, Blink oraz Eclipse odwiedzają Wire'a. Mają nadzieję, że przekonają go ponownie do udzielenia im pomocy. Jednakże po dotarciu na miejsce, dowiadują się od Grapha, brata Wire'a, że wydarzyło się coś strasznego. Ekipa odkrywa, że Wewnętrzny Krąg zamierza najechać na ośrodek, w którym przetrzymywani są mutanci.

Caitlin i Thunderbird starają się ze wszystkich sił uratować życie mutanta, który został ranny podczas chaotycznego wyzwolenia pacjentów szpitala psychiatrycznego przez Wewnętrzny Krąg. Ponadto odkrywają wskazówki dotyczące tożsamości potężnego mutanta, którego Polaris i Andy mieli sprowadzić do bazy. Tymczasem Jace dołącza do Czyścicieli, by ścigać zbiegów i jest coraz bliżej ponownego starcia z Podziemiem Mutantów.

Wewnętrzny Krąg zajmuje się organizacją zasadzki, ale Polaris nie jest pewna, czy powinna wziąć udział w akcji. Reeva wyznacza Esme zadanie przekonania pewnej mutantki do przyłączenia się do reszty grupy. Ta zwierza się Polaris z trudnej przeszłości, która dotknęła zarówno ją, jak i jej siostry. Tymczasem Thunderbird uczy Reeda, w jaki sposób panować nad swoimi mocami. Czyściciele atakują Podziemie w trakcie próby ratowania grupy bezdomnych mutantów.

Reeva ujawnia swoje plany związane z poważną misją z ramienia Wewnętrznego Kręgu, której celem jest zapewnienie potrzebnych im środków finansowych. Tymczasem Podziemie Mutantów musi poradzić sobie z niestabilnymi mocami Reeda, mając nadzieję, że pomoc medyczna Caitlin i Lauren zdoła utrzymać go w ryzach. Jace zostaje przedstawiony Benedictowi Ryanowi, ustosunkowanej osobie, która wspiera wysiłki Czyścicieli. Panowie jednak mają dość rozbieżne poglądy. Thunderbird w końcu konfrontuje Blink w kwestii jej kontaktów z Urgiem.

Reed, Caitlin i Lauren spotykają się z Dr Risman, lekarką zajmującą się leczeniem pacjentów z wyniszczającymi genami X. Jednak Laura dowiaduje się, że dr Risman nie jest tym, za kogo ją uważała. Po zasadzce w banku Inner Circle Thunderbird i Blink kontynuują współpracę, by schwytać sprawców. Tymczasem Polaris zastanawia się nad swoim trudnym związkiem z ojcem i podejmuje kroki w celu ochrony Dawn przed Wewnętrznym Kręgiem.

Napięcia w Wewnętrznym Kręgu sięgają zenitu. Andy broni Rebekę przed Reevą. Po dokonaniu odkrycia na temat badań doktor Risman, Lauren przekonuje Reeda i Caitlin do działania. Lekceważony Jace zaczyna snuć plany z Czyścicielami. Podziemie nadal współpracuje, żeby ratować mutantów.

Kontynuacja opowieści o losach rodziny Struckerów. Drugi sezon pokazuje sytuację po zniszczeniu podziemnej bazy. Pozbawieni schronienia mutanci muszą szukać nowej kryjówki. Z braku innego wyjścia dzielą się na grupy. Nawiązują też kontakt z podobnymi sobie osobnikami z całego świata. Postanawiają połączyć siły i stawić czoła jednostkom rządowym, które na nich polują.

Reed martwi się o Lauren, która chce dowiedzieć się więcej o mrocznych mocach swoich przodków. Lorna próbuje odzyskać zaufanie w Kręgu. Benedict Ryan zachęca Jace'a do współpracy z Czyścicielami. Marcos prosi Clarice o rozmowę z Morlokami.

Krąg Wewnętrzny i Czyściciele rosną w siłę. Naród jest podzielony, a marzenie X-Menów wydaje się coraz bardziej mgliste. Chcąc polepszyć sytuację w Podziemiu Mutantów, Evangeline proponuje narodowe zebranie. Lauren i Andy wciąż walczą ze sobą we śnie.

Po zaginięciu jednego z członków Kręgu Wewnętrznego, Reeva postanawia wzmocnić system ochrony. Zdesperowana i wściekła Reeva staje się agresywna. Caitlin i Reed szukają sposobu na ograniczenie mocy Lauren, którą wciąż męczą koszmary o przodkach i Kręgu Wewnętrznym.

Lauren opuszczają moce, a bardzo ich potrzebuje. Caitlin musi wziąć sprawy w swoje ręce. Reeva ujawnia wyjątkowo mroczny plan wobec Kręgu Wewnętrznego. Jace żałuje swoich czynów i targają nim sprzeczne uczucia.

Reeva Payge robi czystkę w Wewnętrznym Kręgu, pozbywając się tych, którzy się z nią nie zgadzają. To posunięcie daje jej całkowitą kontrolę nad grupą. Sześć miesięcy później Podziemie Mutantów ratuje pewną dziewczynkę przed nalotem agentów Sentinel Services. Wbrew życzeniom reszty ekipy, Eclipse i Caitlin spotykają się z hakerem przestępcą, by uzyskać informację na temat Wewnętrznego Kręgu. Tymczasem Polaris zaczyna rodzić, a jej skurcze powodują, że wszystko, co metalowe ulega namagnesowaniu, siejąc spustoszenie w najbliższym otoczeniu.