Gran und Vyrn leben auf einer weit entfernten Insel namens Zinkenstill. Ihr ruhiger Alltag wird von einer Explosion unterbrochen, die ein großes Luftschiff erschüttert. Sie folgen einem Licht, dass von dem fliegenden Schiff in den Wald fiel, wo sie auf ein mysteriöses Mädchen treffen.

Gran erinnert sich in einem Traum an die Worte, die sein Vater ihn in einem Brief hinterließ: „Ich werde auf dich in Estalucia warten, der Insel der Sterne“. Als er die Augen aufschlägt, begrüßt ihn Lyria fröhlich. Sie und Katalina erklären ihm die Situation, in der sie sich momentan befinden.

Auf Suche nach Vorräten machen die Gefährten auf einer weiteren Insel halt. Abermals wird eine Mission an sie herangetragen: Sie sollen eine Ruine untersuchen. Dort treffen sie bald auf zwei Schatzjäger und einige Probleme …

Gran und die anderen brechen zur Insel der Sterne auf. Da Katalina keine Pilotin ist, müssen sie mit ihrem kleinen Flieger auf der Insel Eingana notlanden. Ein Mann namens Rackham beobachtet ihre Bruchlandung. In der Stadt ist Rackham als Sonderling bekannt, da er immerzu ein Luftschiff repariert, das nie wieder fliegen kann.

Gran und seine Gefährten werden von General Furias in die Enge getrieben, der Lyria wieder einfangen will. Rackham hilft ihnen zu entkommen und sie bitten ihn, als Pilot mit ihnen zu kommen. Er würde allerdings nur unter einer Bedingung mit ihnen kommen …

Rackham lenkt die Grandcypher in einen Sturm, wo Tiamat auf sie wartet. Gran und seine Freunde müssen diese Urbestie besiegen, um das Port Breeze Archipel zu beschützen.

Gran und seine Gefährten brechen nach Valtz auf. Dort werden sie damit beauftragt, den wichtigsten Mann der Stadt wiederzufinden. Auf ihrer Suche werden sie allerdings von jemandem verfolgt …

Die Gefährten wagen sich auf der Suche nach dem Vermissten in eine geheime Fabrik. Lyria hört eine Stimme nach ihr rufen und folgt ihr weit in das Innere des Gebäudes. Doch was wartet dort drinnen auf sie?

Der nächste Stopp auf ihrer Reise ist eine Insel, die einen ganzen Ozean beherbergt. Rackham trifft auf einen alten Bekannten, der sie in die Hauptstadt mitnimmt. Dort geht jeder seinen eigenen Geschäften nach und Gran geht mit Lyria auf eine Erkundungstour der Stadt.

Das Erste Imperium nimmt die Inseln unter Beschuss! Lyria wird entführt und Gran versucht sie zu retten. Zu allem Überfluss erscheint auch noch eine Urbestie, die nicht besonders freundlich gestimmt scheint …

Um Lyria wieder zu Bewusstsein zu bringen, reisen alle zu den Lumacie-Inseln. Rosetta führt sie in den Wald und erklärt Gran, wie er Lyria mit der Hilfe einer Urbestie wieder aufwecken kann.

Gran kehrt mit der erwachten Lyria und den anderen nach Auguste zurück, ist aber fassungslos, die Stadt in ihrem aktuellen Zustand zu sehen. Lyria spürt, dass Leviathan alles getan hat, um das verschmutzte Meer zu reinigen. Sie ist entschlossen, Leviathan zu helfen.

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Unaired 14 episode bundled with the blu-ray and DVD volume of Granblue Fantasy The Animation.

Leaving behind his homeland, Zinkenstill, Gran continues his journey with the other skyfaring crew members, hoping to reach the Island of the Astrals.

Gran and the others are on the run from the Erste Empire, when out of the blue, the Empire proposes peace talks, and the crew heads to the Albion Citadel for the negotiations.

Gran and his crew are acquitted, thanks to the Erste Empire's pardon. But the morning after the banquet, they wake up to find Katalina gone, having left behind only a letter.

Due to a past incident, Katalina feels indebted to Vira and wants to provide her support after the many years of pressure and loneliness Vira has endured as Lord Commander.

Releasing the primal beast Luminiera's power, Vira attacks Gran and the others. When she sees Vira in berserk mode, Katalina is consumed with guilt. And so she makes up her mind to face up to Vira's feelings, to make up for the past.

After leaving Albion, the Grandcypher lands on an island shrouded in thick mist, notorious for being inescapable.

Lyria, Io, and Orchis have been swallowed by Celeste. Left behind, Gran and the others search for a way to save them, along with a ghost girl, Ferry, whom they met in the village.

Celeste is being manipulated by someone. Someone who has forced the primal to attack the village and devour its undead residents. Gran takes the chance to leap into Celeste to rescue Lyria, Io, and Orchis.

Gran and the others head to Golonzo Island, known as the mecca of shipbuilding, in order to repair the damaged Grandcypher.

Under the command of Pommern, the imperial army takes Gran and Lyria away. Meanwhile, Noa is held captive in a research lab as he suffers from the effects of dark essence.

Gran and Lyria escape from the empire's garrison and are reunited with Rackam and the others. Noa tries to resurrect the Grandcypher that had been damaged by the empire's strike, but finds himself too weak to provide sufficient power. He suggests they ask Mithra, the primal beast of promises on Golonzo, to help them.

The Black Knight, trapped by her own past, is set on attaining Lyria's power, but Gran vows adamantly to protect Lyria. Their unwavering beliefs clash, neither willing to bend.

Djeeta and the crew head to an ancient castle after hearing rumors about the Wish Egg, a fairy tale treasure said to grant any wish.

Far away on a remote island, Gran steps into the ring for an exhibition match of ritual proportion. Once a year, top fighters from around the island must gather together for a duel to appease the gods, and anything less than victory could spell grave disaster for the locals. After grinding through some grueling training to master the art of wrestling, Gran enters his match as the mysterious masked fighter, the Masked Cypher. / Djeeta is just an ordinary student at St. Albion Girls' Academy, who one day, while spending some time in the animal shed, finds herself smitten with her upper classman. That upperclassman's name is Katalina, who is renowned for both her wit and beauty. Even as Djeeta shrinks back from Katalina's majesty, the two gradually grow closer. Unbeknownst to them, however, not everyone is excited for their newfound affection.