Gran und Vyrn leben auf einer weit entfernten Insel namens Zinkenstill. Ihr ruhiger Alltag wird von einer Explosion unterbrochen, die ein großes Luftschiff erschüttert. Sie folgen einem Licht, dass von dem fliegenden Schiff in den Wald fiel, wo sie auf ein mysteriöses Mädchen treffen.

Gran erinnert sich in einem Traum an die Worte, die sein Vater ihn in einem Brief hinterließ: „Ich werde auf dich in Estalucia warten, der Insel der Sterne“. Als er die Augen aufschlägt, begrüßt ihn Lyria fröhlich. Sie und Katalina erklären ihm die Situation, in der sie sich momentan befinden.

Gran und seine Gefährten werden von General Furias in die Enge getrieben, der Lyria wieder einfangen will. Rackham hilft ihnen zu entkommen und sie bitten ihn, als Pilot mit ihnen zu kommen. Er würde allerdings nur unter einer Bedingung mit ihnen kommen …

Rackham lenkt die Grandcypher in einen Sturm, wo Tiamat auf sie wartet. Gran und seine Freunde müssen diese Urbestie besiegen, um das Port Breeze Archipel zu beschützen.

Gran und seine Gefährten brechen nach Valtz auf. Dort werden sie damit beauftragt, den wichtigsten Mann der Stadt wiederzufinden. Auf ihrer Suche werden sie allerdings von jemandem verfolgt …

Die Gefährten wagen sich auf der Suche nach dem Vermissten in eine geheime Fabrik. Lyria hört eine Stimme nach ihr rufen und folgt ihr weit in das Innere des Gebäudes. Doch was wartet dort drinnen auf sie?

Auf Suche nach Vorräten machen die Gefährten auf einer weiteren Insel halt. Abermals wird eine Mission an sie herangetragen: Sie sollen eine Ruine untersuchen. Dort treffen sie bald auf zwei Schatzjäger und einige Probleme …

Der nächste Stopp auf ihrer Reise ist eine Insel, die einen ganzen Ozean beherbergt. Rackham trifft auf einen alten Bekannten, der sie in die Hauptstadt mitnimmt. Dort geht jeder seinen eigenen Geschäften nach und Gran geht mit Lyria auf eine Erkundungstour der Stadt.

Das Erste Imperium nimmt die Inseln unter Beschuss! Lyria wird entführt und Gran versucht sie zu retten. Zu allem Überfluss erscheint auch noch eine Urbestie, die nicht besonders freundlich gestimmt scheint …

Um Lyria wieder zu Bewusstsein zu bringen, reisen alle zu den Lumacie-Inseln. Rosetta führt sie in den Wald und erklärt Gran, wie er Lyria mit der Hilfe einer Urbestie wieder aufwecken kann.

Gran kehrt mit der erwachten Lyria und den anderen nach Auguste zurück, ist aber fassungslos, die Stadt in ihrem aktuellen Zustand zu sehen. Lyria spürt, dass Leviathan alles getan hat, um das verschmutzte Meer zu reinigen. Sie ist entschlossen, Leviathan zu helfen.