Gran et Vyrn vivent sur l'île lointaine et endormie de Zinkenstill. Leur vie tranquille est bouleversée par le bruit d'une explosion soudaine et la vue d'un cuirassé dans le ciel. Ils suivent une lumière qui tombe du cuirassé dans les bois interdits, où ils rencontrent une fille mystérieuse.

Gran rêve de sa jeunesse et se souvient des mots laissés par son père dans une lettre : "Je vous attendrai à Estalucia, l'île des Astrals". A son réveil, il trouve Lyria à son chevet, heureuse de le voir en bonne santé après l'incident avec Pommern et l'Hydre. Katalina et Lyria expliquent à Gran la situation dans laquelle il se trouve maintenant, et qu'il doit maintenant prendre la décision audacieuse de voyager avec elles.

Gran et ses compagnons sont pris au piège par le général Furias de l'armée impériale, qui a l'intention de reprendre Lyria. Cependant, Rackam, le timonier, leur offre un moyen de s'en sortir. Ils proposent de l'engager comme timonier pour les faire sortir de l'île, mais il refuse et leur dit qu'il ne veut pas voler à moins que ce ne soit avec le Grandcypher, le vieux dirigeable qui l'a captivé depuis son plus jeune âge.

Grâce à ses talents de barreur, Rackam fait naviguer le Grandcypher jusqu'à la masse de nuages sombres, où Tiamat les attend. Gran et ses camarades doivent affronter cette grande bête primitive pour sauver l'archipel de Port Breeze et sa divinité tutélaire.

Après avoir sauvé l'archipel de Port Breeze de la menace de Tiamat, Gran et ses compagnons partent pour le duché de Valtz. Siero les présente à un "opérateur spécial" du Duché de Valtz, qui leur demande de rechercher l'archiduc Tzaka, la personne la plus puissante de Valtz, qui a disparu. Ils acceptent la mission et commencent immédiatement à enquêter, mais quelqu'un les suit...

Gran et ses compagnons se rendent dans une usine secrète à la recherche d'un indice sur la disparition de l'archiduc Tzaka. Lyria dit avoir entendu une voix l'appeler et conduit le groupe dans les recoins les plus profonds du site, où l'archiduc et un géant de fer l'attendent.

Gran et ses compagnons se rendent sur une autre île pour se ravitailler, et se chargent d'une mission d'exploration archéologique pour Siero. Le groupe atteint l'entrée de la ruine, mais une série d'événements les divise en deux groupes. Coupés les uns des autres, ils avancent pour se retrouver et rencontrent en chemin les chasseurs de trésors Mary et Karva.

Le groupe se dirige vers les îles d'Auguste, une île qui contient un océan entier. En examinant une substance mystérieuse, Rackam rencontre un vieil ami qui les conduit à la capitale de Mizarea. Là, le groupe se sépare pour s'occuper de tâches plus modestes, tandis que Gran et Lyria s'aventurent à visiter les lieux.

Les îles d'Auguste sont sous le feu de l'attaque de l'Empire d'Erste. Gran poursuit Lyria, qui a été enlevée, et se précipite vers l'aire d'atterrissage du dirigeable, où les vaisseaux de guerre de l'empire ont fait leur apparition. Pendant ce temps, Pommern s'enfuit avec Lyria, mais à ce moment-là, une bête primitive, le Léviathan, surgit de la mer, accompagnée d'une gigantesque colonne d'eau.

Gran et ses compagnons se rendent sur les îles Lumacie pour réveiller Lyria, qui est dans le coma. Rosetta les conduit à un arbre géant niché au cœur d'une forêt. Elle invoque Yggdrasil, la bête primitive qui protège Lumacie, et explique qu'avec son aide, Gran peut entrer dans la conscience de Lyria.

Lyria retourne avec Gran et les autres à Auguste. Ils voient la ville, encore plus dévastée par la fureur du Léviathan. Eugen est sur le point d'abandonner quand Lyria dit : "Je veux aider le Léviathan". Dans le même temps, les chevaliers qualifiés commencent à travailler pour protéger Auguste.