住在封閉島嶼「賽克汀瑟（ザンクティンゼル）」的少年格蘭，懷著飛往偉大天空的夢想，和夥伴羽蜥碧日夜地努力鍛鍊。在這個格蘭他們生活著的安靜的島嶼上，突然響起的轟鳴聲。向傳來聲音的方向望去，他們看到了浮在空中的軍艦的身姿和正從那裡掉落下來的某個光點。向光點落下的地方跑去，格蘭和碧走進了平時禁止進入的森林。在那裡，他們遇到了長著蒼藍色頭髮的不可思議少女露莉亞。她因為某個原因，被軍事國家艾爾斯蒂帝國（エルステ帝國）追捕。跟為保護露莉亞而背叛帝國的女騎士卡塔莉娜匯合，格蘭決定幫助她們走離島嶼。

在跟艾爾斯蒂帝國的戰鬥中倒下的格蘭再次站起來，使用露莉亞的力量召喚出星晶獸巴哈姆特（バハムート），擊退了帝國的軍隊。 用盡力量失去力氣的格蘭，在夢中回想起童年的記憶。 小時候格蘭收到了遙遠的父親的來信，信上寫著“在星​​之島伊斯塔魯西亞（イスタルシア）等著”，這正是格蘭嚮往著天空貌相的理由。 安然無恙地醒來後，格蘭從露莉亞那裡得知，自己「本已經失去了生命，現在只是用露莉亞的生命維持著才活著」這一衝擊性事實。 但是，卡塔莉娜告訴他前往「星之島」可能找到解決的辦法的時候，格蘭的心激動起來。

以「星之島」為目標，從賽克汀瑟起飛的格蘭等人，因為卡塔莉娜的小型騎空艇駕駛技術不行，在附近的島嶼上墜落。他們所在的地點是波特普利茨群島（ポート・ブリーズ群島）的主島艾因加納島（エインガナ島），這是祭祀著風之守護神提亞瑪特（ティア路マト），氣流平神提亞島的小草原。看到這艏破損的小型騎空艇，向格蘭他們埋怨起來。這個名為拉卡姆的騎空艇操舵士，對粗暴對待騎空艇之類的事。城鎮的人都說拉卡姆是個怪人，老是撿那些遇難的騎空艇回來修理。

意圖奪回露莉亞的帝國少校菲莉亞斯率領部隊襲擊、追趕格蘭等人，而幫助他們逃脫的正是操舵士拉卡姆。打算從這島嶼出發的格蘭，提議讓拉卡姆當他們的操舵士，但遭到對方的爽快拒絕。卡拉姆說，他在小時候迷上的一艏古老騎空艇·格蘭賽法號（グランサイファー），設法讓它起飛。幾年前，拉卡姆停止飛行的原因——他精心修繕的格蘭賽法號起飛結果墜落。墜落之後，無論怎麼修理，格蘭賽法號就是無法起飛，也不知到底哪裡出了故障。

就像明白了拉卡姆想拯救波特普利茨群島的那份覺悟，格蘭賽法號打破了沉默成功起飛。在強風中，憑藉著高超的操舵技術，避開無數襲來的飛來物和亂氣流，卡拉姆駕駛格蘭賽法號達到了星晶獸提亞瑪特所在的黑雲團。在這險峻道路的盡頭，與他們對峙的提亞瑪特，因為艾爾斯提帝國的策略的緣故，與自己的意志相悖而暴走起來。為了拯救波特普利茨群島和那個守護神提亞瑪特，格蘭他們向廣闊天空發起挑戰。

從提亞瑪特的威脅中拯救了波特普利茨群島，格蘭他們繼續他們的旅程。目的地是流淌著熔岩河，利用那熱量造就盛行鋼鐵業的巴爾茲公國（バルツ公國） 。在那裡，他們遇到想委託他們工作的萬事屋謝洛卡特。謝洛向他們介紹，委託主是巴爾茲公國的特務官，也就是國家重要機密相關的秘密諜報員。他想藉助拯救過波特普利茨群島的格蘭等人的力量，委託的內容是尋找巴爾茲公國的最高權力者扎大公（ザカ大公）。剛成為騎空團團長的格蘭決定接受這份委託。就在格蘭他們開始搜尋的時候，背後有個可疑的身影跟著他們…

被札卡大公的魔力起動的機械魔物包圍而窮途末路的格蘭等人，因為伊歐的呼喚在敵人膽怯的瞬間，他們總算逃脫了。 入口出口都被堵塞的一行人，為了尋求札卡大公的線索，進一步前往深部。 露莉亞聽到某人的呼喚，帶領眾人來到地下的秘密工廠。 在那裡，扎卡大公和鐵巨人羅克薩斯（コロッサス）正等著他們。 札卡大公似乎失去了理智，連自己的徒弟伊歐也都認不出來。 充滿血色的眼睛凝視著露莉亞，札卡大公想要得到讓羅克薩斯作為星晶獸覺醒的那份力量，逼近露莉亞。 而且，艾爾斯蒂帝國最高顧問黑騎士和某位神秘少女正注視著這一切…

在一個四處都是石壁的陰暗遺跡，藏寶獵人瑪麗和卡爾巴（マリー&カルバ，CV：長谷川明子&木村珠莉）為尋找寶物而探索著。同樣在這個時候，為了前往奧古川明子&木村珠莉）為尋找寶物而探索著。同樣在這個時候，為了前往奧古斯都列島而在某個島嶼補給物資的格蘭等人，接受萬事屋謝洛卡特的調查委託，前往森林深處的遺跡。然而，腳下的石板突然崩塌，他們掉進了遺跡的地下。他們分成兩組掉進了兩個洞口，在四處都是魔物和陷阱的遺跡內部分散了。格蘭、拉卡姆和伊歐，露莉亞、卡塔莉娜和碧，為了向對方匯合而開始在遺跡探索起來。在前方，格蘭他們遇到了正與魔物交戰中的瑪麗和卡爾巴。

露莉亞被艾爾斯蒂帝國的人捉走了，格蘭在奧古斯都的街道上窮追不捨。同樣這個時候，帝國軍對騎空艇的出發場所進行鎮壓，伯梅倫打算帶著露莉亞離開奧古斯都。帝國軍的暴行讓街上的人到受傷害，露莉亞，被伯倫梅稱她為“為破壞而生的工具”，露莉亞更是悲痛萬分。就在伯梅倫準備帶露莉亞上帝國軍軍艦的那一刻，格蘭及時趕到，與帝國軍戰鬥起來。在這混亂的奧古斯都的大海上，巨大的水柱伴隨著轟鳴聲升起。島嶼的水之守護神，星晶獸利維坦（リヴァイアサン）出現在大家面前。這條突然現身的巨龍，不僅摧毀了帝國軍軍艦，還開始破壞城市。

露莉亞封閉了自己的心扉，陷入沉睡。格蘭他們為了讓她甦醒，在神秘女子蘿塞塔的引導下到訪新的島嶼露馬希群島（ルーマシー群島）。在這個被稱為「被世界遺忘的島嶼」的露馬希，有著每踏一步都是長著巨木的茂盛原生林。在這片讓人失去方向感的森林中，蘿塞塔不加思索地往前走著。然後一行人來到了森林的最深處，那裡聳立著一棵非常巨大的樹。在那裡，掌管森林之恩惠的星晶獸尤克特拉希爾（ユグドラシル）出現在格蘭他們面前。格蘭借助蘿塞塔和尤克特拉希爾的力量，進入了生命與之相互連接的露莉亞的意識之中。

奧古斯都列島的首都ミザレア。在那裡，歐根等人對抗著持續暴走的利維坦。帶著甦醒的露莉亞，格拉等人返回奧古斯都，看到城市的慘狀感到愕然。歐根說，他們準備從這座島嶼撤離，不過格蘭想挽留他們。露莉亞感受到，利維坦為了淨化被污染的大海而耗盡力量，為了維持自己的生命就必須吸收人類的生命這個事實。看到抱著「我想拯救利維坦」那份決心的露莉亞，歐根決定助他們一臂之力。並且同時，以瑪麗和卡爾巴為代表的騎空士們為了守護奧古斯都紛紛行動！