自室でアニメ『精霊機想曲フォーゲルシュバリエ』を観ていた水篠颯太の目の前に、画面の向こうに映っていたはずのアニメのキャラクター、セレジア・ユピティリアと、軍服を纏った謎の少女が現れる。両者の戦いに巻き込まれた颯太は、2人を追って代々木公園へと向かう。そこにPCゲーム “追憶のアヴァルケン” のキャラクターであるメテオラ・エスターライヒまで現れて──

自分たちの物語を作った創造主＝原作者に会いたいというセレジアたちの要望を受け、颯太は『精霊機想曲フォーゲルシュバリエ』の原作者、松原崇とコンタクトを取る。池袋で松原を待ちかまえるセレジアたち。そこへ『マジカルスレイヤー・まみか』の主人公、煌樹まみかが現れる。悲しい物語を作る創造主たちを許せないと怒るまみかと対立したセレジアは、彼女と戦うのだが──。

漫画『閉鎖区underground -dark night-』の弥勒寺優夜の介入によって窮地を脱したセレジアたち。軍服の姫君が語る「創造主による物語の改変」に興味を示さない弥勒寺は、セレジアたちの邪魔をするつもりはないと告げると、姿を消す。その後、松原の家に集まった颯太たちは、『精霊機想曲フォーゲルシュバリエ』のイラストレーターであるまりねも交え、「セレジアの設定の改変」を試みる。

世界の法則から逸脱した能力を持つ「物語世界の住人」＝被造物が現実に干渉し続けることで、現実世界の滅ぶ「大崩潰」が起きると仮説を立てるメテオラ。自身が登場するゲームを通じて、創造主が作品だけでなくゲームを遊ぶ人々も愛していると感じた彼女は、創造主が愛した人々を守るため「大崩潰」を阻止することを決意する。一方、軍服の姫君の側に付いた『緋色のアリステリア』の主人公であるアリステリア・フェブラリィは、自身の創造主を捕まえるのだが──

脚本家の中乃鐘昌明から連絡を受け、彼の自宅を訪ねる松原たち。そこには“無限神機モノマギア”の主人公、鹿屋瑠偉の姿があった。一行が今後の相談をしていると、突如自衛隊の襲撃を受け、被造物が出現する現象の調査と対策を行っている特別事態対策会議の場へと連れてこられる。この会議で統括調整官を務めている菊地原亜希と話をつけたメテオラたちは、「大崩潰」を阻止するため、現実にやってきた被造物への接触と彼らの創造主の保護、そして軍服の姫君とその創造主の捜索に乗り出す。

新たな被造物の現界を察知したメテオラたち。しかし、現場に被造物の姿はなく、惨殺死体だけが残っていた。一方、メテオラたちと同じく被造物を味方に引き入れるため行動していたまみかとアリステリアは“夜窓鬼録”の築城院真鍳と出会う。彼女を仲間に誘うまみかだったが、アリステリアは真鍳から血の匂いが漂っているのを感じ取る。そこへ真鍳を追ってきたセレジアたちが駆けつけ、両者は激突するのだった。

戦うことでしか分かり合えない者たちを止めるため、弥勒寺とブリッツの戦いに割って入るまみか。彼女は、自分の世界の人たちのために、彼女自身が“マジカルスレイヤー・まみか”であるために、颯太に世界の真実を尋ねる。一方、動画投稿サイトから軍服の姫君の正体を突き止めた中乃鐘はセレジアたちを集めるのだが──

軍服の姫君の正体は、ソーシャルゲーム“悠久大戦メガロスフィア”のシロツメクサという登場人物の二次創作から生まれたキャラクター・アルタイルだった。彼女は多くのファンに承認されることで原作から分岐し、アルタイルという個としてその存在を確固たるものとしていた。颯太はメテオラたちに、アルタイルの正体を言い出すことが出来ず、煩悶する。その一方で、颯太からアルタイルの話を聞いたまみかは、世界を救うマジカルスレイヤーとしてアルタイルと対峙する。

アルタイルとの戦いで致命傷を負ったまみかは真鍳に遺言を残し、アリステリアの腕の中でその命を散らす。しかしまみかの最期の言葉は真鍳によって歪められ、アリステリアの怒りはメテオラへと向けられる。さらに真鍳は颯太へまみかの死を告げると、「まみかを殺したのはキミだ」と、彼の心へ追い討ちをかける。颯太を救いにきた弥勒寺とメテオラは真鍳に敵意を向けるが、そこへアリステリアも現れて──

弥勒寺はアリステリアを引きつけるものの、真鍳に妨害され、さらには彼女の言葉無限欺に翻弄されてしまう。一方、メテオラの救援に駆けつけたセレジアは弥勒寺に代わってアリステリアと対峙する。しかし、戦いに割って入ったアルタイルによってセレジアは武器を失い、さらにアリステリアの槍に貫かれてしまう。瀕死のセレジアを前に、松原は再び彼女の設定の改変を試みる──

大怪我を負ったセレジアとメテオラ、板額を失った弥勒寺。アルタイルらと対峙するが彼女たちは満身創痍の状態だった。戦いを招いた責任を感じ塞ぎこんでいた颯太は、鹿屋に励まされ、全てを明かすことを決意する。皆が集まる場で、真実を打ち明ける颯太。そこで語られたのは、アルタイルの創造主であるシマザキセツナとの出会いと、すでに彼女が亡くなっているという現実だった。

自分の罪に向き合い、シマザキセツナを救えなかったことを悔やむ颯太は、アルタイルを止めることを決意する。通常の被造物とは異なる存在のアルタイルを倒すため、対策を練るメテオラたち。しかし、派生作品の数だけ能力の広がりを見せるアルタイルに対し、設定の範疇を超えた力を持つことができない。そこでメテオラたちは、設定を改変した上で、観客に承認させる作戦を思いつくのだが──

シマザキセツナの自殺を発端とした被造物の現界。世界を憎むアルタイルと、彼女を阻止すべく立ち上がった万里の探求者にして至高の魔術師、メテオラ・エスターライヒとその仲間たち。そして世界の命運をかけた戦いの中で、メテオラには隠された役割があった。そう、これはインターミッションに仕組まれた、彼女にしかできない任務──ミッションだけに。

アルタイルを閉じ込める鳥籠の作成、そしてセレジアたちの強化を図る大プロジェクト「エリミネーション・チャンバー・フェス」が始動する。しかし、創造主たちに与えられた時間はあまりにも短かった。そんな中、プロのクリエイターたちの仕事を目の前で見た颯太は、アルタイルに向き合うため、自らも作戦に加わることを申し出る──

セレジアたちの前に美少女ゲーム“ほしぞらミルキー☆ウェイ”から現界した星河ひかゆが姿を見せる。戦闘力を持たないが、被造物として「エリミネーション・チャンバー・フェス」への参加を余儀なくされるひかゆ。そんな彼女のため、ひかゆの創造主である大西はとある案を思いつく。一方そのころ、アルタイルの側にも新たな被造物が加わっていて──

過酷なスケジュールで疲弊した創造主たち、作戦に向けて行動してきた被造物たちは、作戦開始を前に一時の休息を得る。世界のため、自分の場所へ帰るため、過去に向き合うため、それぞれの思いを胸に、士気を高める一向。そして始まる「エリミネーション・チャンバー・フェス」。セレジアたちは創造主たちが作り上げた鳥籠の中に入り、アルタイルを待ち受ける。

現実と物語、二つの世界の存亡をかけた戦いが始まる。承認力によって再びフォーゲルシュバリエに搭乗したセレジアはアルタイルに挑むが、世界の法則を理解したアルタイルに新たな力が通用せず、苦戦を強いられる。その頃、己の思いに決着をつけるため、ブリッツはひとり"ある人物"のもとへ向かっていた──

セレジアたちの戦いを見守る颯太の前に真鍳が姿を現す。颯太は己の欲求のために他者を利用する自分と同じだと語る真鍳。それは彼女が考える「面白い展開」への布石だった。一方、鳥籠の中ではアリステリア、ブリッツ、翔がアルタイルに反旗を翻し、セレジアたちにつく。しかし、アルタイルの手には最後の駒が残されていた──

セレジアたちの前に現れた最後の被造物、それはセレジアと同じ物語“精霊機想曲フォーゲルシュバリエ” の主人公であるカロンだった。思わぬ再会に喜ぶセレジアだが、自分の世界で巻き起こる終わらない戦いに疲れ果てていたカロンは、現実世界の崩壊を望むアルタイルへついてしまう。カロンとの戦いを拒むセレジアは、世界のためひとつの決断をする。

アリステリアとセレジアを失ったメテオラたち。アルタイルを封じ込めるために用意したはずの鳥籠は、彼女に対する観衆の共感、承認力によって、逆にアルタイルの力を増幅させる舞台と化していた。メテオラたちは劣勢を覆すため、ある切り札を投入する。それは、アルタイルと同じ姿、同じ力を持った被造物、シリウスだった──

シリウスを取り込み、他の被造物を圧倒するアルタイル。彼女の悲願である「大崩潰」の発生は目前に迫っていた。それでも現実世界を守りたいと願うメテオラたちは、最後の手段に出る。それはアルタイルの創造主であるシマザキセツナの現界だった。被造物として同じ世界での邂逅を果たしたアルタイルとセツナは、お互いの胸の内を語りはじめる。

「エリミネーション・チャンバー・フェス」の成功で幕を閉じた一連の事件。戦いを終えた被造物たちは物語世界へ帰還する準備が整うまでの間、現実を満喫していた。そして迎えた別れの日。それぞれの思いを胸に、自分がいるべき場所へと帰っていく被造物たち。彼らを見送った創造主たちは、新たな物語を創造していく──